SAXSdb — 7wwq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear protein localization protein 4 homolog

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin recognition factor in ER-associated degradation protein 1 × 1 （Q92890） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NPL4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–465； UniProt 96–560

Ubiquitin recognition factor in ER-associated degradation protein 1

Homo sapiens

UniProt Q92890

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Nuclear protein localization protein 4 homolog × 1 （Q8TAT6） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UFD1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–16； UniProt 258–273

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7wwq
沉积日期 deposition_date	2022-02-14
结构标题 title	Crystal structure of human Ufd1-Npl4 complex
关键词 keywords	p97, Ufd1, Npl4, edoplasmid reticulum-associated degradation, ubiquitin, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7wwq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7wwq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7wwq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.89 Å
Rg（电子密度）	22.88 Å
总 Rg	23.89 Å
原子数	3222
残基数	402
排除体积	57118 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7wwq__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nuclear protein localization protein 4 homolog
分子量 formula_weight	52799.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3273

GFKVFGAPNVVEDEIDQYLSKQDGKIYRSRDPQLCRHGPLGKCVHCVPLEPFDEDYLNHLEPPVKHMSFHAYIRKLTGGADKGKFVALENISCKIKSGCEGHLPWPNGICTKCQPSAITLNRQKYRHVDNIMFENHTVADRFLDFWRKTGNQHFGYLYGRYTEHKDIPLGIRAEVAAIYEPPQIGTQNSLELLEDPKAEVVDEIAAKLGLRKVGWIFTDLVSEDTRKGTVRYSRNKDTYFLSSEECITAGDFQNKHPNMCRLSPDGHFGSKFVTAVATGGPDNQVHFEGYQVSNQCMALVRDECLLPCKDAPELGYAKESSSEQYVPDVFYKDVDKFGNEITQLARPLPVEYLIIDITTTFPKDPVYTFSISQNPFPIENRDVLGETQDFHSLATYLSQNTSSVFLDTISDFHLLLFLVTNEVMPLQDSISLLLEAVRTRNEELAQTWKRSEQWATIEQLCSTVG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin recognition factor in ER-associated degradation protein 1
分子量 formula_weight	1956.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

IPNYEFKLGKITFIRN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	51

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晶胞边长 a length_a	152.958 Å
晶胞边长 b length_b	165.424 Å
晶胞边长 c length_c	192.877 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	F 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	22
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.720 Å
最低分辨率 resolution_low	30.240 Å
R 因子 r_factor	0.2426
R_work r_work	0.2407
R_free r_free	0.2769

Crystal structure of human Ufd1-Npl4 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear protein localization protein 4 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin recognition factor in ER-associated degradation protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7wwq__assembly_1__model_1

7wwq__assembly_1__model_1 | I(q)

7wwq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human Ufd1-Npl4 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear protein localization protein 4 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin recognition factor in ER-associated degradation protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7wwq__assembly_1__model_1

7wwq__assembly_1__model_1 | I(q)

7wwq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 引用文献 (1)