7x3e

Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 pre-A-particle in complex with nAb 9A3 (CVB1-pre-A:9A3)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 102.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Virion protein 1

物种未注明

UniProt W8GTF7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 360 PDB 声明:360-meric(360) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–278 未记录 VP2 × 60 (A0A2S0RQC2) VP3 × 60 (L7UV52) Capsid protein VP4 × 60 (A0A2S1FMR1) 9A3 heavy chain × 60 9A3 light chain × 60 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–278 未记录 VP2 × 1 (A0A2S0RQC2) VP3 × 1 (L7UV52) Capsid protein VP4 × 1 (A0A2S1FMR1) 9A3 heavy chain × 1 9A3 light chain × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–278 未记录 VP2 × 5 (A0A2S0RQC2) VP3 × 5 (L7UV52) Capsid protein VP4 × 5 (A0A2S1FMR1) 9A3 heavy chain × 5 9A3 light chain × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 36 PDB 声明:36-meric(36) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–278 未记录 VP2 × 6 (A0A2S0RQC2) VP3 × 6 (L7UV52) Capsid protein VP4 × 6 (A0A2S1FMR1) 9A3 heavy chain × 6 9A3 light chain × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–278 未记录 VP2 × 1 (A0A2S0RQC2) VP3 × 1 (L7UV52) Capsid protein VP4 × 1 (A0A2S1FMR1) 9A3 heavy chain × 1 9A3 light chain × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、125 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 W8GTF7_9ENTO
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–278; UniProt 1–278

VP2

物种未注明

UniProt A0A2S0RQC2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 360 PDB 声明:360-meric(360) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 70–332 未记录 Virion protein 1 × 60 (W8GTF7) VP3 × 60 (L7UV52) Capsid protein VP4 × 60 (A0A2S1FMR1) 9A3 heavy chain × 60 9A3 light chain × 60 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 70–332 未记录 Virion protein 1 × 1 (W8GTF7) VP3 × 1 (L7UV52) Capsid protein VP4 × 1 (A0A2S1FMR1) 9A3 heavy chain × 1 9A3 light chain × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 70–332 未记录 Virion protein 1 × 5 (W8GTF7) VP3 × 5 (L7UV52) Capsid protein VP4 × 5 (A0A2S1FMR1) 9A3 heavy chain × 5 9A3 light chain × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 36 PDB 声明:36-meric(36) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 70–332 未记录 Virion protein 1 × 6 (W8GTF7) VP3 × 6 (L7UV52) Capsid protein VP4 × 6 (A0A2S1FMR1) 9A3 heavy chain × 6 9A3 light chain × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 70–332 未记录 Virion protein 1 × 1 (W8GTF7) VP3 × 1 (L7UV52) Capsid protein VP4 × 1 (A0A2S1FMR1) 9A3 heavy chain × 1 9A3 light chain × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、115 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A2S0RQC2_9ENTO
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–263; UniProt 70–332

VP3

物种未注明

UniProt L7UV52

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 360 PDB 声明:360-meric(360) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 333–570 未记录 Virion protein 1 × 60 (W8GTF7) VP2 × 60 (A0A2S0RQC2) Capsid protein VP4 × 60 (A0A2S1FMR1) 9A3 heavy chain × 60 9A3 light chain × 60 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 333–570 未记录 Virion protein 1 × 1 (W8GTF7) VP2 × 1 (A0A2S0RQC2) Capsid protein VP4 × 1 (A0A2S1FMR1) 9A3 heavy chain × 1 9A3 light chain × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 333–570 未记录 Virion protein 1 × 5 (W8GTF7) VP2 × 5 (A0A2S0RQC2) Capsid protein VP4 × 5 (A0A2S1FMR1) 9A3 heavy chain × 5 9A3 light chain × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 36 PDB 声明:36-meric(36) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 333–570 未记录 Virion protein 1 × 6 (W8GTF7) VP2 × 6 (A0A2S0RQC2) Capsid protein VP4 × 6 (A0A2S1FMR1) 9A3 heavy chain × 6 9A3 light chain × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 333–570 未记录 Virion protein 1 × 1 (W8GTF7) VP2 × 1 (A0A2S0RQC2) Capsid protein VP4 × 1 (A0A2S1FMR1) 9A3 heavy chain × 1 9A3 light chain × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、115 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 L7UV52_9ENTO
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–238; UniProt 333–570

Capsid protein VP4

物种未注明

UniProt A0A2S1FMR1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 360 PDB 声明:360-meric(360) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–69 未记录 Virion protein 1 × 60 (W8GTF7) VP2 × 60 (A0A2S0RQC2) VP3 × 60 (L7UV52) 9A3 heavy chain × 60 9A3 light chain × 60 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–69 未记录 Virion protein 1 × 1 (W8GTF7) VP2 × 1 (A0A2S0RQC2) VP3 × 1 (L7UV52) 9A3 heavy chain × 1 9A3 light chain × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–69 未记录 Virion protein 1 × 5 (W8GTF7) VP2 × 5 (A0A2S0RQC2) VP3 × 5 (L7UV52) 9A3 heavy chain × 5 9A3 light chain × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 36 PDB 声明:36-meric(36) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–69 未记录 Virion protein 1 × 6 (W8GTF7) VP2 × 6 (A0A2S0RQC2) VP3 × 6 (L7UV52) 9A3 heavy chain × 6 9A3 light chain × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–69 未记录 Virion protein 1 × 1 (W8GTF7) VP2 × 1 (A0A2S0RQC2) VP3 × 1 (L7UV52) 9A3 heavy chain × 1 9A3 light chain × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A2S1FMR1_9ENTO
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–69; UniProt 1–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7x3e

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7x3e
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7x3e
沉积日期 deposition_date2022-02-28
结构标题 titleCryo-EM structure of Coxsackievirus B1 pre-A-particle in complex with nAb 9A3 (CVB1-pre-A:9A3)
关键词 keywordsCoxsackievirus B1, Neutralizing antiboy, Cryo-EM, VIRUS; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.11
零角强度 I(0) i0213107000.00
分子量 molecular_weight115200.0 kDa
排除体积 excluded_volume143360 ų
包络体积 envelope_volume188970 ų
水化壳体积 shell_volume47776 ų
包络直径 envelope_diameter108.9
壳层 Rg shell_rg40.04
包络 Rg envelope_rg32.63
形状 Rg shape_rg32.09
总 Rg total_rg32.81
总原子数 total_atoms8101
残基数 n_residues1041
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax102.5
Rg (实空间) rg_real32.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60
I(0) (实空间) i0_real2.1310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.96
I(0) (倒空间) i0_reciprocal213100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9041
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary40.6
偏度 Skewness skewness0.194
峰度 Kurtosis kurtosis-0.509
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha38330000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.912

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id7x3eB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id7x3eH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7x3eL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)