7xmc

Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli, apo structure with DMSO

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–663	未记录	Ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 （A0A024L5V9） Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 3 × 1 （P0ABJ3） Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4 × 1 （P0ABJ6） HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7XMC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FFT The structure of ubiquinol oxidase from Escherichia coli 提交 2000-07-26	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–663（663 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；9-10% PEG 1500, 100 mM NaCl, 100 mM MgCl2, 5% ethanol & 100 mM HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 3.50 Å
1FFT The structure of ubiquinol oxidase from Escherichia coli 提交 2000-07-26	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–663（663 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；9-10% PEG 1500, 100 mM NaCl, 100 mM MgCl2, 5% ethanol & 100 mM HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 3.50 Å
7CUB 2.55-Angstrom Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli in Native Membrane 提交 2020-08-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–663（663 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.55 Å
7CUQ 2.55-Angstrom Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli in Native Membrane 提交 2020-08-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–663（663 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.64 Å
7CUW Ubiquinol Binding Site of Cytochrome bo3 from Escherichia coli 提交 2020-08-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–663（663 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
7XMD Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli, the structure complexed with an allosteric inhibitor N4 提交 2022-04-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–663（663 aa）	未记录	HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 JYR methyl 3-oxidanyl-5-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-azanyl]-1-benzothiophene-2-carboxylate × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
8F68 E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase monomer 提交 2022-11-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–658（658 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
8F6C E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase dimer 提交 2022-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–658（658 aa）链 E 1–658（658 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 HEO HEME O × 2 CU COPPER (II) ION × 2 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
8QQK Cryo-EM structure of E. coli cytochrome bo3 quinol oxidase assembled in peptidiscs 提交 2023-10-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–663（663 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCL, 150mM NaCl, 2% Glycerol, filtered and degassed. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYOB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–663； UniProt 1–663

Ubiquinol oxidase subunit 2

Escherichia coli

UniProt A0A024L5V9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–315	未记录	Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1 × 1 （P0ABI8） Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 3 × 1 （P0ABJ3） Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4 × 1 （P0ABJ6） HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7XMC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WTI The Cryo-EM structure of the ubiquinol oxidase from Escherichia coli 提交 2020-05-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–315（315 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 U9V pentadecyl(tetradecyl)peroxyanhydride × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.38 Å
7N9Z E. coli cytochrome bo3 in MSP nanodisc 提交 2021-06-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–315（315 aa）	未记录	UQ8 Ubiquinone-8 × 1 LHG 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 9 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CDL CARDIOLIPIN × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.19 Å
7XMD Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli, the structure complexed with an allosteric inhibitor N4 提交 2022-04-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–315（315 aa）	未记录	HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 JYR methyl 3-oxidanyl-5-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-azanyl]-1-benzothiophene-2-carboxylate × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A024L5V9_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 3

Escherichia coli

UniProt P0ABJ3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–204	未记录	Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1 × 1 （P0ABI8） Ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 （A0A024L5V9） Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4 × 1 （P0ABJ6） HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7XMC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1FFT The structure of ubiquinol oxidase from Escherichia coli 提交 2000-07-26	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 25–204（180 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；9-10% PEG 1500, 100 mM NaCl, 100 mM MgCl2, 5% ethanol & 100 mM HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 3.50 Å
1FFT The structure of ubiquinol oxidase from Escherichia coli 提交 2000-07-26	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 25–204（180 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；9-10% PEG 1500, 100 mM NaCl, 100 mM MgCl2, 5% ethanol & 100 mM HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 3.50 Å
7CUB 2.55-Angstrom Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli in Native Membrane 提交 2020-08-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–204（204 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.55 Å
7CUQ 2.55-Angstrom Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli in Native Membrane 提交 2020-08-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–204（204 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.64 Å
7CUW Ubiquinol Binding Site of Cytochrome bo3 from Escherichia coli 提交 2020-08-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–204（204 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
7XMD Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli, the structure complexed with an allosteric inhibitor N4 提交 2022-04-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–204（204 aa）	未记录	HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 JYR methyl 3-oxidanyl-5-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-azanyl]-1-benzothiophene-2-carboxylate × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
8F68 E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase monomer 提交 2022-11-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 21–204（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
8F6C E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase dimer 提交 2022-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 21–204（184 aa）链 G 21–204（184 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 HEO HEME O × 2 CU COPPER (II) ION × 2 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
8QQK Cryo-EM structure of E. coli cytochrome bo3 quinol oxidase assembled in peptidiscs 提交 2023-10-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–204（204 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCL, 150mM NaCl, 2% Glycerol, filtered and degassed. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYOC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–204； UniProt 1–204

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4

Escherichia coli

UniProt P0ABJ6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–109	未记录	Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1 × 1 （P0ABI8） Ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 （A0A024L5V9） Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 3 × 1 （P0ABJ3） HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7XMC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7CUB 2.55-Angstrom Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli in Native Membrane 提交 2020-08-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–109（109 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.55 Å
7CUQ 2.55-Angstrom Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli in Native Membrane 提交 2020-08-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–109（109 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.64 Å
7CUW Ubiquinol Binding Site of Cytochrome bo3 from Escherichia coli 提交 2020-08-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–109（109 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
7XMD Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli, the structure complexed with an allosteric inhibitor N4 提交 2022-04-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–109（109 aa）	未记录	HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 JYR methyl 3-oxidanyl-5-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-azanyl]-1-benzothiophene-2-carboxylate × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
8F68 E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase monomer 提交 2022-11-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 13–108（96 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
8F6C E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase dimer 提交 2022-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 14–109（96 aa）链 H 14–109（96 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 HEO HEME O × 2 CU COPPER (II) ION × 2 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
8QQK Cryo-EM structure of E. coli cytochrome bo3 quinol oxidase assembled in peptidiscs 提交 2023-10-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–109（109 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCL, 150mM NaCl, 2% Glycerol, filtered and degassed. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYOD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7xmc
沉积日期 deposition_date	2022-04-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli, apo structure with DMSO
关键词 keywords	respiratory enzyme, membrane protein, heme protein, apo structure, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1
分子量 formula_weight	74424.5 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9649

MFGKLSLDAVPFHEPIVMVTIAGIILGGLALVGLITYFGKWTYLWKEWLTSVDHKRLGIMYIIVAIVMLLRGFADAIMMRSQQALASAGEAGFLPPHHYDQIFTAHGVIMIFFVAMPFVIGLMNLVVPLQIGARDVAFPFLNNLSFWFTVVGVILVNVSLGVGEFAQTGWLAYPPLSGIEYSPGVGVDYWIWSLQLSGIGTTLTGINFFVTILKMRAPGMTMFKMPVFTWASLCANVLIIASFPILTVTVALLTLDRYLGTHFFTNDMGGNMMMYINLIWAWGHPEVYILILPVFGVFSEIAATFSRKRLFGYTSLVWATVCITVLSFIVWLHHFFTMGAGANVNAFFGITTMIIAIPTGVKIFNWLFTMYQGRIVFHSAMLWTIGFIVTFSVGGMTGVLLAVPGADFVLHNSLFLIAHFHNVIIGGVVFGCFAGMTYWWPKAFGFKLNETWGKRAFWFWIIGFFVAFMPLYALGFMGMTRRLSQQIDPQFHTMLMIAASGAVLIALGILCLVIQMYVSIRDRDQNRDLTGDPWGGRTLEWATSSPPPFYNFAVVPHVHERDAFWEMKEKGEAYKKPDHYEEIHMPKNSGAGIVIAAFSTIFGFAMIWHIWWLAIVGFAGMIITWIVKSFDEDVDYYVPVAEIEKLENQHFDEITKAGLKNGN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquinol oxidase subunit 2
分子量 formula_weight	36209.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRLRKYNKSLGWLSLFAGTVLLSGCNSALLDPKGQIGLEQRSLILTAFGLMLIVVIPAILMAVGFAWKYRASNKDAKYSPNWSHSNKVEAVVWTVPILIIIFLAVLTWKTTHALEPSKPLAHDEKPITIEVVSMDWKWFFIYPEQGIATVNEIAFPANTPVYFKVTSNSVMNSFFIPRLGSQIYAMAGMQTRLHLIANEPGTYDGISASYSGPGFSGMKFKAIATPDRAAFDQWVAKAKQSPNTMSDMAAFEKLAAPSEYNQVEYFSNVKPDLFADVINKFMAHGKSMDMTQPEGEHSAHEGMEGMDMSHAESAHHHHHHHHHR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 3
分子量 formula_weight	22642.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MATDTLTHATAHAHEHGHHDAGGTKIFGFWIYLMSDCILFSILFATYAVLVNGTAGGPTGKDIFELPFVLVETFLLLFSSITYGMAAIAMYKNNKSQVISWLALTWLFGAGFIGMEIYEFHHLIVNGMGPDRSGFLSAFFALVGTHGLHVTSGLIWMAVLMVQIARRGLTSTNRTRIMCLSLFWHFLDVVWICVFTVVYLMGAM

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4
分子量 formula_weight	12037.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSHSTDHSGASHGSVKTYMTGFILSIILTVIPFWMVMTGAASPAVILGTILAMAVVQVLVHLVCFLHMNTKSDEGWNMTAFVFTVLIIAILVVGSIWIMWNLNYNMMMH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	HEME O
分子量 formula_weight	838.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
分子量 formula_weight	744.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
分子量 formula_weight	744.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.09 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	43374

Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli, apo structure with DMSO

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquinol oxidase subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (0)