7xmd

Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli, the structure complexed with an allosteric inhibitor N4

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1

Escherichia coli

UniProt P0ABI8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 (A0A024L5V9) Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 3 × 1 (P0ABJ3) Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4 × 1 (P0ABJ6) HEME O × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 COPPER (II) ION × 1 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 methyl 3-oxidanyl-5-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-azanyl]-1-benzothiophene-2-carboxylate × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYOB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–663; UniProt 1–663

Ubiquinol oxidase subunit 2

Escherichia coli

UniProt A0A024L5V9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1 × 1 (P0ABI8) Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 3 × 1 (P0ABJ3) Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4 × 1 (P0ABJ6) HEME O × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 COPPER (II) ION × 1 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 methyl 3-oxidanyl-5-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-azanyl]-1-benzothiophene-2-carboxylate × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A024L5V9_ECOLX
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–315; UniProt 1–315

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 3

Escherichia coli

UniProt P0ABJ3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1 × 1 (P0ABI8) Ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 (A0A024L5V9) Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4 × 1 (P0ABJ6) HEME O × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 COPPER (II) ION × 1 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 methyl 3-oxidanyl-5-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-azanyl]-1-benzothiophene-2-carboxylate × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYOC_ECOLI
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–204; UniProt 1–204

Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 4

Escherichia coli

UniProt P0ABJ6

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 1 × 1 (P0ABI8) Ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 (A0A024L5V9) Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit 3 × 1 (P0ABJ3) HEME O × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 COPPER (II) ION × 1 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 methyl 3-oxidanyl-5-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-azanyl]-1-benzothiophene-2-carboxylate × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYOD_ECOLI
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–109; UniProt 1–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7xmd
沉积日期 deposition_date2022-04-25
结构标题 titleCryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli, the structure complexed with an allosteric inhibitor N4
关键词 keywordsrespiratory enzyme, membrane protein, heme protein, allosteric inhibitor, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 7xmd__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 排除 — —
排除原因: 来源记录无法明确判定原子或离子的元素,因此不能可靠计算。
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

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7. 引用文献 (1)