SAXSdb — 7xq8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimera of Heavy chain of VRC01 antibody Fab and Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Light chain of Fab fragments of the VRC01 antibody,Immunoglobulin kappa constant × 2 （P01834） B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain × 1 （P11912） B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain × 1 （P40259） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGHM-2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 141–614； UniProt 1–474 作者链 v； PDB构建体 141–614； UniProt 1–474

Light chain of Fab fragments of the VRC01 antibody,Immunoglobulin kappa constant

Homo sapiens

UniProt P01834

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Chimera of Heavy chain of VRC01 antibody Fab and Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu × 2 （P01871-2） B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain × 1 （P11912） B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain × 1 （P40259） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGKC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 144–250； UniProt 1–107 作者链 R； PDB构建体 144–250； UniProt 1–107

B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain

Homo sapiens

UniProt P11912

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Chimera of Heavy chain of VRC01 antibody Fab and Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu × 2 （P01871-2） Light chain of Fab fragments of the VRC01 antibody,Immunoglobulin kappa constant × 2 （P01834） B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain × 1 （P40259） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD79A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226

B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain

Homo sapiens

UniProt P40259

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Chimera of Heavy chain of VRC01 antibody Fab and Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu × 2 （P01871-2） Light chain of Fab fragments of the VRC01 antibody,Immunoglobulin kappa constant × 2 （P01834） B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain × 1 （P11912） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD79B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–229； UniProt 1–229

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7xq8
沉积日期 deposition_date	2022-05-07
结构标题 title	Structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype
关键词 keywords	immunology, B cell signalling, adaptive immunity, antibody, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7xq8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7xq8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7xq8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	62.90 Å
Rg（电子密度）	64.28 Å
总 Rg	63.64 Å
原子数	12452
残基数	1889
排除体积	213800 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7xq8__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chimera of Heavy chain of VRC01 antibody Fab and Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu
分子量 formula_weight	67895.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,v
原子数 atom_count	12452

MEFGLSWLFLVAILKGVQCQVQLVQSGGQMKKPGESMRISCRASGYEFIDCTLNWIRLAPGKRPEWMGWLKPRGGAVNYARPLQGRVTMTRDVYSDTAFLELRSLTVDDTAVYFCTRGKNCDYNWDFEHWGRGTPVIVSSGSASAPTLFPLVSCENSPSDTSSVAVGCLAQDFLPDSITFSWKYKNNSDISSTRGFPSVLRGGKYAATSQVLLPSKDVMQGTDEHVVCKVQHPNGNKEKNVPLPVIAELPPKVSVFVPPRDGFFGNPRKSKLICQATGFSPRQIQVSWLREGKQVGSGVTTDQVQAEAKESGPTTYKVTSTLTIKESDWLGQSMFTCRVDHRGLTFQQNASSMCVPDQDTAIRVFAIPPSFASIFLTKSTKLTCLVTDLTTYDSVTISWTRQNGEAVKTHTNISESHPNATFSAVGEASICEDDWNSGERFTCTVTHTDLPSPLKQTISRPKGVALHRPDVYLLPPAREQLNLRESATITCLVTGFSPADVFVQWMQRGQPLSPEKYVTSAPMPEPQAPGRYFAHSILTVSEEEWNTGETYTCVVAHEALPNRVTERTVDKSTEGEVSADEEGFENLWATASTFIVLFLLSLFYSTTVTLFKVK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Light chain of Fab fragments of the VRC01 antibody,Immunoglobulin kappa constant
分子量 formula_weight	27350.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,R

MVLQTQVFISLLLWISGAYGGSDYKDDDDKGSPGDEVDAGEIVLTQSPGTLSLSPGETAIISCRTSQYGSLAWYQQRPGQAPRLVIYSGSTRAAGIPDRFSGSRWGPDYNLTISNLESGDFGVYYCQQYEFFGQGTKVQVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain
分子量 formula_weight	28144.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MPGGPGVLQALPATIFLLFLLSAVYLGPGCQALWMHKVPASLMVSLGEDAHFQCPHNSSNNANVTWWRVLHGNYTWPPEFLGPGEDPNGTLIIQNVNKSHGGIYVCRVQEGNESYQQSCGTYLRVRQPPPRPFLDMGEGTKNRIITAEGIILLFCAVVPGTLLLFRKRWQNEKLGLDAGDEYEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVGSLNIGDVQLEKPAAAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain
分子量 formula_weight	29163.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MARLALSPVPSHWMVALLLLLSAEPVPAARSEDRYRNPKGSACSRIWQSPRFIARKRGFTVKMHCYMNSASGNVSWLWKQEMDENPQQLKLEKGRMEESQNESLATLTIQGIRFEDNGIYFCQQKCNNTSEVYQGCGTELRVMGFSTLAQLKQRNTLKDGIIMIQTLLIILFIIVPIFLLLDKDDSKAGMEEDHTYEGLDIDQTATYEDIVTLRTGEVKWSVGEHPGQEAAAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	697919

Structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimera of Heavy chain of VRC01 antibody Fab and Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Light chain of Fab fragments of the VRC01 antibody,Immunoglobulin kappa constant

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7xq8__assembly_1__model_1

7xq8__assembly_1__model_1 | I(q)

7xq8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimera of Heavy chain of VRC01 antibody Fab and Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Light chain of Fab fragments of the VRC01 antibody,Immunoglobulin kappa constant

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7xq8__assembly_1__model_1

7xq8__assembly_1__model_1 | I(q)

7xq8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)