SAXSdb — 7xsj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Syntaxin-binding protein 1

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Syntaxin-1A × 1 （P32851） Amyloid-beta A4 precursor protein-binding family A member 1 × 1 （O35430）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STXB1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–600； UniProt 1–594

Syntaxin-1A

Rattus norvegicus

UniProt P32851

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Syntaxin-binding protein 1 × 1 （P61765） Amyloid-beta A4 precursor protein-binding family A member 1 × 1 （O35430）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STX1A_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 7–249； UniProt 25–267

Amyloid-beta A4 precursor protein-binding family A member 1

Rattus norvegicus

UniProt O35430

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Syntaxin-binding protein 1 × 1 （P61765） Syntaxin-1A × 1 （P32851）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	APBA1_RAT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 7–83； UniProt 227–303

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7xsj
沉积日期 deposition_date	2022-05-14
结构标题 title	The structure of the Mint1/Munc18-1/syntaxin-1 complex
关键词 keywords	Munc18-1, Mint1-MID, Syntaxin-1, the Mint1-MID-Munc18-1-syntaxin-1 complex, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7xsj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7xsj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7xsj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.92 Å
Rg（电子密度）	31.04 Å
总 Rg	31.67 Å
原子数	6400
残基数	798
排除体积	114280 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7xsj__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Syntaxin-binding protein 1
分子量 formula_weight	68240.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6400

GPGSEFMAPIGLKAVVGEKIMHDVIKKVKKKGEWKVLVVDQLSMRMLSSCCKMTDIMTEGITIVEDINKRREPLPSLEAVYLITPSEKSVHSLISDFKDPPTAKYRAAHVFFTDSCPDALFNELVKSRAAKVIKTLTEINIAFLPYESQVYSLDSADSFQSFYSPHKAQMKNPILERLAEQIATLCATLKEYPAVRYRGEYKDNALLAQLIQDKLDAYKADDPTMGEGPDKARSQLLILDRGFDPSSPVLHELTFQAMSYDLLPIENDVYKYETSGIGEARVKEVLLDEDDDLWIALRHKHIAEVSQEVTRSLKDFSSSKRMNTGEKTTMRDLSQMLKKMPQYQKELSKYSTHLHLAEDCMKHYQGTVDKLCRVEQDLAMGTDAEGEKIKDPMRAIVPILLDANVSTYDKIRIILLYIFLKNGITEENLNKLIQHAQIPPEDSEIITNMAHLGVPIVTDSTLRRRSKPERKERISEQTYQLSRWTPIIKDIMEDTIEDKLDTKHYPYISTRSSASFSTTAVSARYGHWHKNKAPGEYRSGPRLIIFILGGVSLNEMRCAYEVTQANGKWEVLIGSTHILTPQKLLDTLKKLNKTDEEISS

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Syntaxin-1A
分子量 formula_weight	28880.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPGSEFDRDRFMDEFFEQVEEIRGFIDKIAENVEEVKRKHSAILASPNPDEKTKEELEELMSDIKKTANKVRSKLKSIEQSIEQEEGLNRSSADLRIRKTQHSTLSRKFVEVMSEYNATQSDYRERCKGRIQRQLEITGRTTTSEELEDMLESGNPAIFASGIIMDSSISKQALSEIETRHSEIIKLENSIRELHDMFMDMAMLVESQGEMIDRIEYNVEHAVDYVERAVSDTKKAVKYQSKARRKKIM

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Amyloid-beta A4 precursor protein-binding family A member 1
分子量 formula_weight	9493.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GPGSEFYRQEALGARLHHYDERSDGESDSPEKEAEFAPYPRMDSYEQEEDIDQIVAEVKQSMSSQSLDKAAEDMPEAEQDLER

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	7xsjA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2060 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1

结构域编号 domain_id	7xsjA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	830 — Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a

结构域编号 domain_id	7xsjB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

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晶胞边长 a length_a	156.238 Å
晶胞边长 b length_b	156.238 Å
晶胞边长 c length_c	78.857 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 4 21 2
空间群编号 int_tables_number	90
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	41.870 Å
R 因子 r_factor	0.2367
R_work r_work	0.2350
R_free r_free	0.2697

The structure of the Mint1/Munc18-1/syntaxin-1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Syntaxin-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Syntaxin-1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Amyloid-beta A4 precursor protein-binding family A member 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7xsj__assembly_1__model_1

7xsj__assembly_1__model_1 | I(q)

7xsj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

The structure of the Mint1/Munc18-1/syntaxin-1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Syntaxin-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Syntaxin-1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Amyloid-beta A4 precursor protein-binding family A member 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7xsj__assembly_1__model_1

7xsj__assembly_1__model_1 | I(q)

7xsj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)