SAXSdb — 7y5n

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bone marrow proteoglycan

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–222	未记录	Pappalysin-1 × 2 （Q13219） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7Y5N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1H8U Crystal Structure of the Eosinophil Major Basic Protein at 1.8A: An Atypical Lectin with a Paradigm Shift in Specificity 提交 2001-02-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 106–222（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；100MM MALONIC ACID PH6, 140MM POTTASIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE., pH 6.00	分辨率 1.80 Å R-free 0.264
1H8U Crystal Structure of the Eosinophil Major Basic Protein at 1.8A: An Atypical Lectin with a Paradigm Shift in Specificity 提交 2001-02-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 106–222（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；100MM MALONIC ACID PH6, 140MM POTTASIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE., pH 6.00	分辨率 1.80 Å R-free 0.264
2BRS EMBP Heparin complex 提交 2005-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 106–222（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
2BRS EMBP Heparin complex 提交 2005-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 106–222（117 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
4QXX Structure of the amyloid forming peptide GNLVS (residues 26-30) from the eosinophil major basic protein (EMBP) 提交 2014-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 Z 131–135（5 aa）片段：GNLVS peptide (UNP residues 131-135)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；291 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M phosphate/citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.45 Å R-free 0.192
8HGG Structure of 2:2 PAPP-A.ProMBP complex 提交 2022-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–222（222 aa）链 B 1–222（222 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.64 Å
9DKZ In situ microED structure of the Eosinophil major basic protein-1 提交 2024-09-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 107–222（116 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7；secretory granule matrix cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot time of 6~8 sec, single-side back blotting	分辨率 3.20 Å R-free 0.311
9PPV In situ MicroED structure of human eosinophil major basic protein-1 提交 2025-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 106–222（117 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å R-free 0.313
9PPV In situ MicroED structure of human eosinophil major basic protein-1 提交 2025-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 106–222（117 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å R-free 0.313
9PSE In situ MicroED structure of IL-5 activated human eosinophil major basic protein-1 提交 2025-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 107–222（116 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Harvested from human donor peripheral blood and rested in 1640 RPMI medium supplemented with 0.1% human serum albumin (HSA) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å R-free 0.320
9PSE In situ MicroED structure of IL-5 activated human eosinophil major basic protein-1 提交 2025-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 107–222（116 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Harvested from human donor peripheral blood and rested in 1640 RPMI medium supplemented with 0.1% human serum albumin (HSA) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å R-free 0.320
9PSK In situ MicroED structure of IL-33 activated human eosinophil major basic protein-1 提交 2025-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 106–222（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Harvested eosinophiles resting in 1640 RPMI medium (Sigma-Aldrich) supplemented with 0.1% human serum albumin (HSA) (Sigma-Aldrich) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å R-free 0.340
9PSK In situ MicroED structure of IL-33 activated human eosinophil major basic protein-1 提交 2025-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 106–222（117 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Harvested eosinophiles resting in 1640 RPMI medium (Sigma-Aldrich) supplemented with 0.1% human serum albumin (HSA) (Sigma-Aldrich) cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å R-free 0.340

共 8 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRG2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–222； UniProt 1–222

Pappalysin-1

物种未注明

UniProt Q13219

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 81–1627 链 D； UniProt 81–1627	未记录	Bone marrow proteoglycan × 1 （P13727） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7Y5N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7UFG Cryo-EM structure of PAPP-A in complex with IGFBP5 提交 2022-03-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 81–1627（1547 aa）链 B 81–1627（1547 aa）	突变：E483A, S1144Y 突变：E483A, S1144Y	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 9.2；BTP (Bis-Tris-Propane) pH 9.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
7Y5Q Structure of 1:1 PAPP-A.STC2 complex(half map) 提交 2022-06-17	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 81–1627（1547 aa）链 B 81–1627（1547 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8A7D Partial dimer complex of PAPP-A and its inhibitor STC2 提交 2022-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 82–1617（1536 aa）链 Q 82–1617（1536 aa）	突变：E563Q 突变：E563Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Hepes buffer, 20 mM Hepes pH 7.4 100 mM NaCl, 1 mM CaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4 s	分辨率 3.06 Å
8A7E PAPP-A dimer in complex with its inhibitor STC2 提交 2022-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 82–1617（1536 aa）链 Q 82–1617（1536 aa）	突变：E563Q 突变：E563Q	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；HEPES buffer 20 mM Hepes pH 7.5 100 mM NaCl, 1mM CaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot time 4.5 sec	分辨率 5.02 Å
8D8O Cryo-EM structure of substrate unbound PAPP-A 提交 2022-06-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 81–1627（1547 aa）链 B 81–1627（1547 aa）	突变：E483A, S1144Y 突变：E483A, S1144Y	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 9.2；BTP (Bis-Tris-Propane) pH 9.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.35 Å
8HGG Structure of 2:2 PAPP-A.ProMBP complex 提交 2022-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–1627（1627 aa）链 D 1–1627（1627 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.64 Å
8HGH Structure of 2:2 PAPP-A.STC2 complex 提交 2022-11-14	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 81–1627（1547 aa）链 B 81–1627（1547 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.16 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAPP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1547； UniProt 81–1627 作者链 D； PDB构建体 1–1547； UniProt 81–1627

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7y5n
沉积日期 deposition_date	2022-06-17
结构标题 title	Structure of 1:1 PAPP-A.ProMBP complex(half map)
关键词 keywords	Hydrolase, METAL BINDING PROTEIN-HYDROLASE complex; METAL BINDING PROTEIN/HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.18 Å
零角强度 I(0) i0	567206000.00
分子量 molecular_weight	186060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	229140 Å³
包络体积 envelope_volume	337460 Å³
水化壳体积 shell_volume	69165 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.4 Å
壳层 Rg shell_rg	46.48 Å
包络 Rg envelope_rg	39.64 Å
形状 Rg shape_rg	40.14 Å
总 Rg total_rg	40.63 Å
总原子数 total_atoms	13034
残基数 n_residues	1639
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.3 Å
Rg (实空间) rg_real	40.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6720e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	567300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8931
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.176
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.424
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	39940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.863

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bone marrow proteoglycan
分子量 formula_weight	25236.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13034

MKLPLLLALLFGAVSALHLRSETSTFETPLGAKTLPEDEETPEQEMEETPCRELEEEEEWGSGSEDASKKDGAVESISVPDMVDKNLTCPEEEDTVKVVGIPGCQTCRYLLVRSLQTFSQAWFTCRRCYRGNLVSIHNFNINYRIQCSVSALNQGQVWIGGRITGSGRCRRFQWVDGSRWNFAYWAAHQPWSRGGHCVALCTRGGHWRRAHCLRRLPFICSY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Pappalysin-1
分子量 formula_weight	172475.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.79
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

REARGATEEPSPPSRALYFSGRGEQLRLRADLELPRDAFTLQVWLRAEGGQRSPAVITGLYDKCSYISRDRGWVVGIHTISDQDNKDPRYFFSLKTDRARQVTTINAHRSYLPGQWVYLAATYDGQFMKLYVNGAQVATSGEQVGGIFSPLTQKCKVLMLGGSALNHNYRGYIEHFSLWKVARTQREILSDMETHGAHTALPQLLLQENWDNVKHAWSPMKDGSSPKVEFSNAHGFLLDTSLEPPLCGQTLCDNTEVIASYNQLSSFRQPKVVRYRVVNLYEDDHKNPTVTREQVDFQHHQLAEAFKQYNISWELDVLEVSNSSLRRRLILANCDISKIGDENCDPECNHTLTGHDGGDCRHLRHPAFVKKQHNGVCDMDCNYERFNFDGGECCDPEITNVTQTCFDPDSPHRAYLDVNELKNILKLDGSTHLNIFFAKSSEEELAGVATWPWDKEALMHLGGIVLNPSFYGMPGHTHTMIHEIGHSLGLYHVFRGISEIQSCSDPCMETEPSFETGDLCNDTNPAPKHKSCGDPGPGNDTCGFHSFFNTPYNNFMSYADDDCTDSFTPNQVARMHCYLDLVYQGWQPSRKPAPVALAPQVLGHTTDSVTLEWFPPIDGHFFERELGSACHLCLEGRILVQYASNASSPMPCSPSGHWSPREAEGHPDVEQPCKSSVRTWSPNSAVNPHTVPPACPEPQGCYLELEFLYPLVPESLTIWVTFVSTDWDSSGAVNDIKLLAVSGKNISLGPQNVFCDVPLTIRLWDVGEEVYGIQIYTLDEHLEIDAAMLTSTADTPLCLQCKPLKYKVVRDPPLQMDVASILHLNRKFVDMDLNLGSVYQYWVITISGTEESEPSPAVTYIHGSGYCGDGIIQKDQGEQCDDMNKINGDGCSLFCRQEVSFNCIDEPSRCYFHDGDGVCEEFEQKTSIKDCGVYTPQGFLDQWASNASVSHQDQQCPGWVIIGQPAASQVCRTKVIDLSEGISQHAWYPCTISYPYSQLAQTTFWLRAYFSQPMVAAAVIVHLVTDGTYYGDQKQETISVQLLDTKDQSHDLGLHVLSCRNNPLIIPVVHDLSQPFYHSQAVRVSFSSPLVAISGVALRSFDNFDPVTLSSCQRGETYSPAEQSCVHFACEKTDCPELAVENASLNCSSSDRYHGAQCTVSCRTGYVLQIRRDDELIKSQTGPSVTVTCTEGKWNKQVACEPVDCSIPDHHQVYAASFSCPEGTTFGSQCSFQCRHPAQLKGNNSLLTCMEDGLWSFPEALCELMCLAPPPVPNADLQTARCRENKHKVGSFCKYKCKPGYHVPGSSRKSKKRAFKTQCTQDGSWQEGACVPVTCDPPPPKFHGLYQCTNGFQFNSECRIKCEDSDASQGLGSNVIHCRKDGTWNGSFHVCQEMQGQCSVPNELNSNLKLQCPDGYAIGSECATSCLDHNSESIILPMNVTVRDIPHWLNPTRVERVVCTAGLKWYPHPALIHCVKGCEPFMGDNYCDAINNRAFCNYDGGDCCTSTVKTKKVTPFPMSCDLQGDCACRDPQAQEHSRKDLRGYSHG

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7y5nC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.45 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	142469

fit	/app/data/saxs_computation/y5/7y5n/7y5n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y5/7y5n/7y5n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y5/7y5n/7y5n.dat

Structure of 1:1 PAPP-A.ProMBP complex(half map)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bone marrow proteoglycan

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Pappalysin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)