SAXSdb — 7yat

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major prion protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 119–143 链 B； UniProt 119–143 链 C； UniProt 119–143 链 D； UniProt 119–143 链 E； UniProt 119–143 链 F； UniProt 119–143 链 G； UniProt 119–143 链 H； UniProt 119–143 链 I； UniProt 119–143 链 J； UniProt 119–143 链 K； UniProt 119–143 链 L； UniProt 119–143 链 M； UniProt 119–143 链 N； UniProt 119–143 链 O； UniProt 119–143 链 P； UniProt 119–143 链 Q； UniProt 119–143 链 R； UniProt 119–143 链 S； UniProt 119–143 链 T； UniProt 119–143 链 U； UniProt 119–143 链 V； UniProt 119–143 链 X； UniProt 119–143 链 Y； UniProt 119–143	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 3.7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7YAT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B10 SOLUTION NMR STRUCTURE OF RECOMBINANT SYRIAN HAMSTER PRION PROTEIN RPRP(90-231) , 25 STRUCTURES 提交 1998-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 90–231（142 aa）片段：90 - 231	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.2；303 K；压力 1	分辨率未提供
2KKG NMR structure of the octarepeat region of prion protein bound to pentosan polysulfate 提交 2009-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–106（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-15N] octarepeats-1, 5 % [U-2H] D2O-2, 20 % [U-2H] DMSO-3, 20 mM pentosan polysulfate-4, 10 mM sodium acetate-5, 75 % H2O-6, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] octarepeats-7, 5 % [U-2H] D2O-8, 20 % [U-2H] DMSO-9, 20 mM pentosan polysulfate-10, 10 mM sodium acetate-11, 75 % H2O-12, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] octarepeats-13, 80 % [U-2H] D2O-14, 20 % [U-2H] DMSO-15, 20 mM pentosan polysulfate-16, 10 mM sodium acetate-17, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2LH8 Syrian hamster prion protein with thiamine 提交 2011-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 125–228（104 aa）片段：UNP residues 125-228	未记录	VIB 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient NMR样品组成 0.3 mM [U-100% 15N] shPrP, 10 mM thiamine, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM shPrP, 12.5 mM thiamine, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM shPrP, 10 mM thiamine, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3NVE MMHFGN segment 138-143 from Syrian Hamster prion 提交 2010-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 138–143（6 aa）链 B 138–143（6 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.2 M Ammonium sulfate, 200 mM BisTris pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.269
4YXL Crystal structure of Syrian hamster prion protein complexed with POM1 FAB 提交 2015-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 90–232（143 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；25% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M lithium sulphate	分辨率 2.60 Å R-free 0.310
7LNA Infectious mammalian prion fibril (263K scrapie) 提交 2021-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 90–231（142 aa）链 B 90–231（142 aa）链 C 90–231（142 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
8WZX Cryo-EM structure of the hamster prion 23-144 fibril at pH 3.7 提交 2023-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 A 23–144（122 aa）链 B 23–144（122 aa）链 C 23–144（122 aa）链 D 23–144（122 aa）链 E 23–144（122 aa）链 F 23–144（122 aa）链 G 23–144（122 aa）链 H 23–144（122 aa）链 I 23–144（122 aa）链 J 23–144（122 aa）链 K 23–144（122 aa）链 L 23–144（122 aa）链 M 23–144（122 aa）链 N 23–144（122 aa）链 O 23–144（122 aa）链 P 23–144（122 aa）链 Q 23–144（122 aa）链 R 23–144（122 aa）链 S 23–144（122 aa）链 T 23–144（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 3.7；20 mM NaOAc, 140 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRIO_MESAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 B； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 C； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 D； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 E； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 F； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 G； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 H； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 I； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 J； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 K； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 L； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 M； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 N； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 O； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 P； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 Q； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 R； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 S； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 T； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 U； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 V； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 X； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143 作者链 Y； PDB构建体 1–25； UniProt 119–143

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7yat
沉积日期 deposition_date	2022-06-28
结构标题 title	CryoEM tetra protofilament structure of the hamster prion 108-144 fibril
关键词 keywords	Prion, fibril, hamster, PROTEIN FIBRIL; PROTEIN FIBRIL
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.01 Å
零角强度 I(0) i0	64096600.00
分子量 molecular_weight	59567.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73265 Å³
包络体积 envelope_volume	84189 Å³
水化壳体积 shell_volume	29409 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.4 Å
壳层 Rg shell_rg	30.94 Å
包络 Rg envelope_rg	23.30 Å
形状 Rg shape_rg	23.01 Å
总 Rg total_rg	23.84 Å
总原子数 total_atoms	4104
残基数 n_residues	600
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	64100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8412
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.116
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.632
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26850000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.980; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	336759

描述 description	Major prion protein
分子量 formula_weight	2500.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,X,Y
原子数 atom_count	4129

CryoEM tetra protofilament structure of the hamster prion 108-144 fibril

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major prion protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	25

fit	/app/data/saxs_computation/ya/7yat/7yat.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ya/7yat/7yat.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ya/7yat/7yat.dat