7yqk

cryo-EM structure of gammaH2AXK15ub-H4K20me2 nucleosome bound to 53BP1

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	Histone H4 × 2 （A0A672PXK1） Histone H2AX × 2 （A0A6P5QZC6） Histone H2B × 2 （Q2M2T1） DNA (145-MER) × 1 DNA (145-MER) × 1 Polyubiquitin-B × 1 （J3QS39） UDR motif of 53BP1 × 1 TP53-binding protein 1 × 1 （A6NNK5）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H31_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–100； UniProt 37–136 作者链 E； PDB构建体 1–100； UniProt 37–136

Histone H4

Homo sapiens

UniProt A0A672PXK1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H2AX × 2 （A0A6P5QZC6） Histone H2B × 2 （Q2M2T1） DNA (145-MER) × 1 DNA (145-MER) × 1 Polyubiquitin-B × 1 （J3QS39） UDR motif of 53BP1 × 1 TP53-binding protein 1 × 1 （A6NNK5）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A672PXK1_SINGR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–83； UniProt 12–94 作者链 F； PDB构建体 1–83； UniProt 12–94

Histone H2AX

物种未注明

UniProt A0A6P5QZC6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H4 × 2 （A0A672PXK1） Histone H2B × 2 （Q2M2T1） DNA (145-MER) × 1 DNA (145-MER) × 1 Polyubiquitin-B × 1 （J3QS39） UDR motif of 53BP1 × 1 TP53-binding protein 1 × 1 （A6NNK5）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A6P5QZC6_MUSCR
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–112； UniProt 11–122 作者链 G； PDB构建体 1–112； UniProt 11–122

Histone H2B

Homo sapiens

UniProt Q2M2T1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H4 × 2 （A0A672PXK1） Histone H2AX × 2 （A0A6P5QZC6） DNA (145-MER) × 1 DNA (145-MER) × 1 Polyubiquitin-B × 1 （J3QS39） UDR motif of 53BP1 × 1 TP53-binding protein 1 × 1 （A6NNK5）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B1K_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–96； UniProt 30–125 作者链 H； PDB构建体 1–96； UniProt 30–125

Polyubiquitin-B

Homo sapiens

UniProt J3QS39

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H4 × 2 （A0A672PXK1） Histone H2AX × 2 （A0A6P5QZC6） Histone H2B × 2 （Q2M2T1） DNA (145-MER) × 1 DNA (145-MER) × 1 UDR motif of 53BP1 × 1 TP53-binding protein 1 × 1 （A6NNK5）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	J3QS39_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75

TP53-binding protein 1

Homo sapiens

UniProt A6NNK5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 2	Histone H3.1 × 2 （P68431） Histone H4 × 2 （A0A672PXK1） Histone H2AX × 2 （A0A6P5QZC6） Histone H2B × 2 （Q2M2T1） DNA (145-MER) × 1 DNA (145-MER) × 1 Polyubiquitin-B × 1 （J3QS39） UDR motif of 53BP1 × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A6NNK5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–118； UniProt 1440–1557

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7yqk
沉积日期 deposition_date	2022-08-07
结构标题 title	cryo-EM structure of gammaH2AXK15ub-H4K20me2 nucleosome bound to 53BP1
关键词 keywords	nucleosoeme, 53BP1, complex, H4K20me2, H2AXK15ub, gammaH2AX, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7yqk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7yqk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7yqk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.12 Å
Rg（电子密度）	38.92 Å
总 Rg	39.55 Å
原子数	13745
残基数	1277
排除体积	226280 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7yqk__assembly_1__model_1`	tridecameric （13）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	11762.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	13745

KKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	9409.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

KVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2AX
分子量 formula_weight	12194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

ARAKACTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGHYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTE

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B
分子量 formula_weight	10764.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

RKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (145-MER)
分子量 formula_weight	44520.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

ATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCGAT

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (145-MER)
分子量 formula_weight	44991.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGAT

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Polyubiquitin-B
分子量 formula_weight	8519.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	UDR motif of 53BP1
分子量 formula_weight	2075.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

KAADISLDNLVEGKRKRR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	TP53-binding protein 1
分子量 formula_weight	13447.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

SFVGLRVVAKWSSNGYFYSGKITRDVGAGKYKLLFDDGYECDVLGKDILLCDPIPLDTEVTALSEDEYFSAGVVKGHRKESGELYYSIEKEGQRKWYKRMAVILSLEQGNRLREQYGL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	7yqkA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	7yqkC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	7yqkD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	7yqkE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	7yqkG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	7yqkH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	7yqkO01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.38 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	90830

cryo-EM structure of gammaH2AXK15ub-H4K20me2 nucleosome bound to 53BP1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2AX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polyubiquitin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TP53-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7yqk__assembly_1__model_1

7yqk__assembly_1__model_1 | I(q)

7yqk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer