7yxo

Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.4 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ancestral Glucocorticoid Receptor2

unidentified

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–248	未记录	SHP NR Box 1 Peptide × 1 （Q15466） DEX DEXAMETHASONE × 1 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.99 Å R-free 0.280
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–248	未记录	SHP NR Box 1 Peptide × 1 （Q15466） DEX DEXAMETHASONE × 1 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.99 Å R-free 0.280
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 2–248	未记录	SHP NR Box 1 Peptide × 1 （Q15466） DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.99 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7YXO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6W9K Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand binding domain in complex with Prednisolone and PGC1a coregulator fragment 提交 2020-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–248（248 aa）	未记录	TUA prednisolone × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.2 M ammonium acetate, 3.0 M sodium formate, and 0.1 M HEPES 8.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.192
6W9L Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand binding domain in complex with deacetylated deflazacort and PGC1a coregulator fragment 提交 2020-03-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–248（247 aa）	未记录	TUS (4aR,4bS,5S,6aS,6bS,9aR,10aS,10bS)-5-hydroxy-6b-(hydroxyacetyl)-4a,6a,8-trimethyl-4a,4b,5,6,6a,6b,9a,10,10a,10b,11,12-dodecahydro-2H-naphtho[2',1':4,5]indeno[1,2-d][1,3]oxazol-2-one × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.2 M ammonium acetate, 2.5 M sodium formate, and 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 1.45 Å R-free 0.200
6W9M Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand binding domain in complex with vamorolone and SHP coregulator fragment 提交 2020-03-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–248（247 aa）	未记录	TUV vamorolone × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289.15 K；25% PEG 300 and 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.220
7YXC Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–248（247 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CO3 CARBONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；85 mM sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M sodium acetate trihydrate, 25.5% (w/v) PEG8000, 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.25 Å R-free 0.245
7YXD Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-15	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–248（247 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
7YXD Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-15	结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–248（247 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
7YXD Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 2–248（247 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
7YXD Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-15	结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 2–248（247 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
7YXN Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–248（247 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M PIPES, pH 7.0, 0.1 M ammonium acetate, 2.5 M sodium formate	分辨率 2.46 Å R-free 0.247
7YXN Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–248（247 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M PIPES, pH 7.0, 0.1 M ammonium acetate, 2.5 M sodium formate	分辨率 2.46 Å R-free 0.247
7YXP Crystal structure of WT AncGR2-LBD WT bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–248（247 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 3.36 Å R-free 0.288
7YXR Crystal structure of mutant AncGR2-LBD (Y545A) bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-16	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–248（247 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M PIPES, pH 7.0, 0.1 M ammonium acetate, 2.5 M sodium formate	分辨率 2.50 Å R-free 0.224
7YXR Crystal structure of mutant AncGR2-LBD (Y545A) bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–248（247 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M PIPES, pH 7.0, 0.1 M ammonium acetate, 2.5 M sodium formate	分辨率 2.50 Å R-free 0.224

共 8 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	A0A1X8XLE9_9ZZZZ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–248； UniProt 2–248 作者链 C； PDB构建体 2–248； UniProt 2–248 作者链 E； PDB构建体 2–248； UniProt 2–248

SHP NR Box 1 Peptide

物种未注明

UniProt Q15466

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 17–27	未记录	Ancestral Glucocorticoid Receptor2 × 1 （A0A1X8XLE9） DEX DEXAMETHASONE × 1 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.99 Å R-free 0.280
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 17–27	未记录	Ancestral Glucocorticoid Receptor2 × 1 （A0A1X8XLE9） DEX DEXAMETHASONE × 1 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.99 Å R-free 0.280
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 17–27	未记录	Ancestral Glucocorticoid Receptor2 × 1 （A0A1X8XLE9） DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.99 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7YXO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1YUC Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to Phospholipid and a Fragment of Human SHP 提交 2005-02-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 15–28（14 aa）片段：NR Box1	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
1YUC Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to Phospholipid and a Fragment of Human SHP 提交 2005-02-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 15–28（14 aa）片段：NR Box1	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
1YUC Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to Phospholipid and a Fragment of Human SHP 提交 2005-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 15–28（14 aa）片段：NR Box1 链 D 15–28（14 aa）片段：NR Box1	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
1YUC Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to Phospholipid and a Fragment of Human SHP 提交 2005-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 15–28（14 aa）片段：NR Box1 链 D 15–28（14 aa）片段：NR Box1	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
2Q3Y Ancestral Corticiod Receptor in Complex with DOC 提交 2007-05-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 18–27（10 aa）片段：hSHP NR Box1	未记录	1CA DESOXYCORTICOSTERONE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.240
2Z4J Crystal structure of AR LBD with SHP peptide NR Box 2 提交 2007-06-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 115–124（10 aa）片段：residues 115-124	未记录	DHT 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.1M Bis-Tris Propane, 1.2M Potassium Sodium Tartrate tetrahydrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.234
4DOR Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, in its apo State Bound to a Fragment of Human SHP Box1 提交 2012-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 15–28（14 aa）片段：UNP residues 15-28 链 D 15–28（14 aa）片段：UNP residues 15-28	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
4DOR Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, in its apo State Bound to a Fragment of Human SHP Box1 提交 2012-02-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 15–28（14 aa）片段：UNP residues 15-28	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
4DOR Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, in its apo State Bound to a Fragment of Human SHP Box1 提交 2012-02-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 15–28（14 aa）片段：UNP residues 15-28	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
4ONI Structure of Human Orphan Receptor LRH1 bound to two bacterial phospholipids 提交 2014-01-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 12–30（19 aa）片段：NR Box1, UNP residues 12-30	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；298 K；20-30% PEG 3350, Bis Tris, 5% glycerol, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.202
4ONI Structure of Human Orphan Receptor LRH1 bound to two bacterial phospholipids 提交 2014-01-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 12–30（19 aa）片段：NR Box1, UNP residues 12-30	未记录	P6L (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；298 K；20-30% PEG 3350, Bis Tris, 5% glycerol, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.202
6W9M Structure of the Ancestral Glucocorticoid Receptor 2 ligand binding domain in complex with vamorolone and SHP coregulator fragment 提交 2020-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 17–27（11 aa）片段：eleven-residue fragment	未记录	TUV vamorolone × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；289.15 K；25% PEG 300 and 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.220
7YXC Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 17–27（11 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CO3 CARBONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；85 mM sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M sodium acetate trihydrate, 25.5% (w/v) PEG8000, 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.25 Å R-free 0.245
7YXD Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-15	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 17–28（12 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
7YXD Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-15	构建体不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 17–28（12 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
7YXD Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-15	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 17–28（12 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
7YXD Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-15	构建体不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 17–28（12 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
7YXN Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 17–27（11 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M PIPES, pH 7.0, 0.1 M ammonium acetate, 2.5 M sodium formate	分辨率 2.46 Å R-free 0.247
7YXN Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 17–27（11 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M PIPES, pH 7.0, 0.1 M ammonium acetate, 2.5 M sodium formate	分辨率 2.46 Å R-free 0.247
7YXR Crystal structure of mutant AncGR2-LBD (Y545A) bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-16	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 17–28（12 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M PIPES, pH 7.0, 0.1 M ammonium acetate, 2.5 M sodium formate	分辨率 2.50 Å R-free 0.224
7YXR Crystal structure of mutant AncGR2-LBD (Y545A) bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment 提交 2022-02-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 17–28（12 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；0.1 M PIPES, pH 7.0, 0.1 M ammonium acetate, 2.5 M sodium formate	分辨率 2.50 Å R-free 0.224
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 a 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 j 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 k 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 l 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 IMD IMIDAZOLE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 m 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 n 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 o 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 p 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 b 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 IMD IMIDAZOLE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 c 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 d 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 e 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 f 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 g 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 h 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244
9HDF Glucocorticoid Receptor Ligand Binding Domain in complex with dexamethasone 提交 2024-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 i 15–29（15 aa）	未记录	DEX DEXAMETHASONE × 1 CAC CACODYLATE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.085 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.17 M ammonium sulfate, 25.5% (w/v) polyethylene glycol 8000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 2.78 Å R-free 0.244

共 11 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NR0B2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–11； UniProt 17–27 作者链 D； PDB构建体 1–11； UniProt 17–27 作者链 F； PDB构建体 1–11； UniProt 17–27

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7yxo
沉积日期 deposition_date	2022-02-16
结构标题 title	Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment
关键词 keywords	Nuclear Receptor, Transcription Factor, Dexamethasone, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.85 Å
零角强度 I(0) i0	103526000.00
分子量 molecular_weight	87049.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111330 Å³
包络体积 envelope_volume	139380 Å³
水化壳体积 shell_volume	36934 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.0 Å
壳层 Rg shell_rg	37.83 Å
包络 Rg envelope_rg	34.02 Å
形状 Rg shape_rg	33.85 Å
总 Rg total_rg	34.17 Å
总原子数 total_atoms	6101
残基数 n_residues	732
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.4 Å
Rg (实空间) rg_real	33.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	103500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5955
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.603
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.266
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.683; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.078; Positv: 1.000; Valcen: 0.691; Smooth: 0.762

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ancestral Glucocorticoid Receptor2
分子量 formula_weight	28649.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	6109

FPTLISLLEVIEPEVLYSGYDSTLPDTSTRLMSTLNRLGGRQVVSAVKWAKALPGFRNLHLDDQMTLLQYSWMSLMAFSLGWRSYKQSNGNMLCFAPDLVINEERMQLPYMYDQCQQMLKISSEFVRLQVSYDEYLCMKVLLLLSTVPKDGLKSQAVFDEIRMTYIKELGKAIVKREGNSSQNWQRFYQLTKLLDSMHEMVGGLLQFCFYTFVNKSLSVEFPEMLAEIISNQLPKFKAGSVKPLLFHQ

来源 Source

来源生物 organism	unidentified
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32644
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SHP NR Box 1 Peptide
分子量 formula_weight	1204.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

RPAILYALLSS

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DEXAMETHASONE
分子量 formula_weight	392.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE
分子量 formula_weight	614.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	7yxoA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	7yxoC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	7yxoE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	180.200 Å
晶胞边长 b length_b	180.200 Å
晶胞边长 c length_c	169.180 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.990 Å
最低分辨率 resolution_low	90.100 Å
R 因子 r_factor	0.2437
R_work r_work	0.2417
R_free r_free	0.2801

fit	/app/data/saxs_computation/yx/7yxo/7yxo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yx/7yxo/7yxo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yx/7yxo/7yxo.dat

Crystal structure of WT AncGR2-LBD bound to dexamethasone and SHP coregulator fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ancestral Glucocorticoid Receptor2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SHP NR Box 1 Peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)