7z0t

Structure of the Escherichia coli formate hydrogenlyase complex (aerobic preparation, composite structure)

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Formate hydrogenlyase subunit 3

物种未注明

UniProt P16429

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 7 Formate hydrogenlyase subunit 5 × 1 (P16431) Formate hydrogenlyase subunit 2 × 1 (P0AAK1) Formate hydrogenlyase subunit 7 × 1 (P16433) Formate hydrogenlyase subunit 6 × 1 (P16432) Formate hydrogenlyase subunit 4 × 1 (P16430) Formate dehydrogenase H × 1 (P07658) NICKEL (II) ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 FE (III) ION × 1 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 MOLYBDENUM(VI) ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HYCC_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–608; UniProt 1–608

Formate hydrogenlyase subunit 5

物种未注明

UniProt P16431

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 7 Formate hydrogenlyase subunit 3 × 1 (P16429) Formate hydrogenlyase subunit 2 × 1 (P0AAK1) Formate hydrogenlyase subunit 7 × 1 (P16433) Formate hydrogenlyase subunit 6 × 1 (P16432) Formate hydrogenlyase subunit 4 × 1 (P16430) Formate dehydrogenase H × 1 (P07658) NICKEL (II) ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 FE (III) ION × 1 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 MOLYBDENUM(VI) ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HYCE_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–581; UniProt 1–569

Formate hydrogenlyase subunit 2

物种未注明

UniProt P0AAK1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 7 Formate hydrogenlyase subunit 3 × 1 (P16429) Formate hydrogenlyase subunit 5 × 1 (P16431) Formate hydrogenlyase subunit 7 × 1 (P16433) Formate hydrogenlyase subunit 6 × 1 (P16432) Formate hydrogenlyase subunit 4 × 1 (P16430) Formate dehydrogenase H × 1 (P07658) NICKEL (II) ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 FE (III) ION × 1 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 MOLYBDENUM(VI) ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HYCB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–203; UniProt 1–203

Formate hydrogenlyase subunit 7

物种未注明

UniProt P16433

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 7 Formate hydrogenlyase subunit 3 × 1 (P16429) Formate hydrogenlyase subunit 5 × 1 (P16431) Formate hydrogenlyase subunit 2 × 1 (P0AAK1) Formate hydrogenlyase subunit 6 × 1 (P16432) Formate hydrogenlyase subunit 4 × 1 (P16430) Formate dehydrogenase H × 1 (P07658) NICKEL (II) ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 FE (III) ION × 1 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 MOLYBDENUM(VI) ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HYCG_ECOLI
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–255; UniProt 1–255

Formate hydrogenlyase subunit 6

物种未注明

UniProt P16432

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 7 Formate hydrogenlyase subunit 3 × 1 (P16429) Formate hydrogenlyase subunit 5 × 1 (P16431) Formate hydrogenlyase subunit 2 × 1 (P0AAK1) Formate hydrogenlyase subunit 7 × 1 (P16433) Formate hydrogenlyase subunit 4 × 1 (P16430) Formate dehydrogenase H × 1 (P07658) NICKEL (II) ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 FE (III) ION × 1 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 MOLYBDENUM(VI) ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HYCF_ECOLI
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–180; UniProt 1–180

Formate hydrogenlyase subunit 4

物种未注明

UniProt P16430

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 7 Formate hydrogenlyase subunit 3 × 1 (P16429) Formate hydrogenlyase subunit 5 × 1 (P16431) Formate hydrogenlyase subunit 2 × 1 (P0AAK1) Formate hydrogenlyase subunit 7 × 1 (P16433) Formate hydrogenlyase subunit 6 × 1 (P16432) Formate dehydrogenase H × 1 (P07658) NICKEL (II) ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 FE (III) ION × 1 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 MOLYBDENUM(VI) ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HYCD_ECOLI
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–307; UniProt 1–307

Formate dehydrogenase H

物种未注明

UniProt P07658

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 7 Formate hydrogenlyase subunit 3 × 1 (P16429) Formate hydrogenlyase subunit 5 × 1 (P16431) Formate hydrogenlyase subunit 2 × 1 (P0AAK1) Formate hydrogenlyase subunit 7 × 1 (P16433) Formate hydrogenlyase subunit 6 × 1 (P16432) Formate hydrogenlyase subunit 4 × 1 (P16430) NICKEL (II) ION × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 8 FE (III) ION × 1 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 2 MOLYBDENUM(VI) ION × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FDHF_ECOLI
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–715; UniProt 1–715

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7z0t
沉积日期 deposition_date2022-02-23
结构标题 titleStructure of the Escherichia coli formate hydrogenlyase complex (aerobic preparation, composite structure)
关键词 keywordsFHL, group-4 membrane bound hydrogenase, [NiFe] hydrogenase, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7z0t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7z0t__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

7z0t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)51.05 Å
Rg(电子密度)52.22 Å
总 Rg52.03 Å
原子数20623
残基数2691
排除体积369950 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 7z0t__assembly_1__model_1 heptameric (7) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id7z0tA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — ADC-like domains
结构域编号 domain_id7z0tA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology228 — Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2
结构域编号 domain_id7z0tE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — NADH:ubiquinone oxidoreductase Nqo5 subunit
结构域编号 domain_id7z0tE02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B
结构域编号 domain_id7z0tG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12280 —
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7. 引用文献 (1)