7z50

Structure of the highly diabetogenic 4.1-T cell receptor targeting a hybrid insulin peptide bound to I-Ag7.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	H2-Ab1 protein × 1 （Q31135） 4.1 TCR beta chain × 1 4.1 TCR alpha chain × 1 Hybrid insulin peptide × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 1,2-ETHANEDIOL × 3 SODIUM ION × 1 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	H2-Ab1 protein × 1 （Q31135） 4.1 TCR beta chain × 1 4.1 TCR alpha chain × 1 Hybrid insulin peptide × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 1,2-ETHANEDIOL × 3 SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HA2D_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–195； UniProt 24–218 作者链 C； PDB构建体 1–195； UniProt 24–218

H2-Ab1 protein

Mus musculus

UniProt Q31135

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain × 1 （P04228） 4.1 TCR beta chain × 1 4.1 TCR alpha chain × 1 Hybrid insulin peptide × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 1,2-ETHANEDIOL × 3 SODIUM ION × 1 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain × 1 （P04228） 4.1 TCR beta chain × 1 4.1 TCR alpha chain × 1 Hybrid insulin peptide × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 1,2-ETHANEDIOL × 3 SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q31135_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 27–223； UniProt 28–224 作者链 D； PDB构建体 27–223； UniProt 28–224

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7z50
沉积日期 deposition_date	2022-03-06
结构标题 title	Structure of the highly diabetogenic 4.1-T cell receptor targeting a hybrid insulin peptide bound to I-Ag7.
关键词 keywords	Diabetes, T cell receptor, murine MHC class II, hybrid insulin peptide, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7z50__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7z50__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7z50__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.94 Å
Rg（电子密度）	36.13 Å
总 Rg	36.28 Å
原子数	6220
残基数	800
排除体积	109350 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7z50__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7z50__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain
分子量 formula_weight	23027.7 kDa
突变 mutation	I91C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	12716

EDDIEADHVGFYGTTVYQSPGDIGQYTHEFDGDELFYVDLDKKKTVWRLPEFGQLILFEPQGGLQNIAAEKHNLGCLTKRSNFTPATNEAPQATVFPKSPVLLGQPNTLICFVDNIFPPVINITWLRNSKSVTDGVYETSFLVNRDHSFHKLSYLTFIPSDDDIYDCKVEHWGLEEPVLKHWEPEIPAPMSELTESLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	H2-Ab1 protein
分子量 formula_weight	26263.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

LQTLALEVEDDPCGGGGGSGGGSGGSGDSERHFVHQFKGECYFTNGTQRIRLVTRYIYNREEYLRFDSDVGEYRAVTELGRHSAEYYNKQYLERTRAELDTACRHNYEETEVPTSLRRLEQPNVAISLSRTEALNHHNTLVCSVTDFYPAKIKVRWFRNGQEETVGVSSTQLIRNGDWTFQVLVMLEMTPHQGEVYTCHVEHPSLKSPITVEWRAQSESARSKSLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	4.1 TCR beta chain
分子量 formula_weight	27323.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MGVIQTPRHKVTGKGQEATLWCEPISGHSAVFWYRQTIVQGLEFLTYFRNQAPIDDSGMPKERFSAQMPNQSHSTLKIQSTQPQDSAVYLCASSRQGQNTLYFGAGTRLSVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	4.1 TCR alpha chain
分子量 formula_weight	23178.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

MGEQVEQLPSILRVQEGSSASINCSYEDSASNYFPWYKQEPGENPKLIIDIRSNMERKQTQGLIVLLDKKAKRFSLHITDTQPGDSAMYFCAASVRNYKYVFGAGTRLKVIADIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Hybrid insulin peptide
分子量 formula_weight	1559.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,W

LQTLALEVEDDPCGG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	333

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7z50G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7z50H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	213.615 Å
晶胞边长 b length_b	133.457 Å
晶胞边长 c length_c	102.560 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	49.820 Å
R 因子 r_factor	0.2232
R_work r_work	0.2212
R_free r_free	0.2611

Structure of the highly diabetogenic 4.1-T cell receptor targeting a hybrid insulin peptide bound to I-Ag7.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class II histocompatibility antigen, A-D alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

H2-Ab1 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7z50__assembly_1__model_1

7z50__assembly_1__model_1 | I(q)

7z50__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)