7zm0

Structure of UCHL1 in complex with GK13S inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 111.3 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–223	突变：lysine-dimethylated	JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4	分辨率 2.24 Å R-free 0.288
10	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1–223	突变：lysine-dimethylated	JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4	分辨率 2.24 Å R-free 0.288
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–223	突变：lysine-dimethylated	JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4	分辨率 2.24 Å R-free 0.288
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–223	突变：lysine-dimethylated	JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4	分辨率 2.24 Å R-free 0.288
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–223	突变：lysine-dimethylated	JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4	分辨率 2.24 Å R-free 0.288
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–223	突变：lysine-dimethylated	JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4	分辨率 2.24 Å R-free 0.288
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–223	突变：lysine-dimethylated	JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4	分辨率 2.24 Å R-free 0.288
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–223	突变：lysine-dimethylated	JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4	分辨率 2.24 Å R-free 0.288
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–223	突变：lysine-dimethylated	JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4	分辨率 2.24 Å R-free 0.288
9	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–223	突变：lysine-dimethylated	JMF (3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.3 M ammonium sulphate, 110 mM K3PO4 and 90 mM K2HPO4	分辨率 2.24 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7ZM0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2ETL Crystal Structure of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 (UCH-L1) 提交 2005-10-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–223（223 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.40 Å R-free 0.274
2ETL Crystal Structure of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 (UCH-L1) 提交 2005-10-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–223（223 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.40 Å R-free 0.274
2ETL Crystal Structure of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 (UCH-L1) 提交 2005-10-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–223（223 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.40 Å R-free 0.274
2ETL Crystal Structure of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 (UCH-L1) 提交 2005-10-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–223（223 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.40 Å R-free 0.274
2LEN Solution structure of UCHL1 S18Y variant 提交 2011-06-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–223（223 aa）	突变：S18Y	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 0.7-0.8mM [U-99% 13C; U-99% 15N] UCHL1 S18Y variant-1, 20mM sodium phosphate-2, 100mM sodium chloride-3, 3mM DTT-4, 90% H2O-5, 10% D2O-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3IFW Crystal structure of the S18Y variant of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 bound to ubiquitin vinylmethylester. 提交 2009-07-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–223（223 aa）	突变：S18Y	GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.1M BICINE, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.40 Å R-free 0.256
3IRT Crystal Structure of the I93M Mutant of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 提交 2009-08-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–223（223 aa）	突变：I93M	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M TRIS Hydrochloride, 0.1 M Sodium Sodium Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.254
3IRT Crystal Structure of the I93M Mutant of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 提交 2009-08-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–223（223 aa）	突变：I93M	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M TRIS Hydrochloride, 0.1 M Sodium Sodium Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.254
3KVF Crystal structure of the I93M mutant of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 bound to ubiquitin vinylmethylester 提交 2009-11-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–223（223 aa）	突变：I93M	GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.1M BICINE, 2.4M Ammonium Sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.284
3KW5 Crystal structure of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 bound to ubiquitin vinylmethylester 提交 2009-11-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–223（223 aa）	未记录	GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.1M BICINE, 2.4M Ammonium Sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.83 Å R-free 0.286
4DM9 The Crystal Structure of Ubiquitin Carboxy-terminal hydrolase L1 (UCHL1) bound to a tripeptide fluoromethyl ketone Z-VAE(OMe)-FMK 提交 2012-02-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–223（223 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.35 Å R-free 0.250
4DM9 The Crystal Structure of Ubiquitin Carboxy-terminal hydrolase L1 (UCHL1) bound to a tripeptide fluoromethyl ketone Z-VAE(OMe)-FMK 提交 2012-02-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–223（223 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4M ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.35 Å R-free 0.250
4JKJ Crystal Structure of the S18Y Variant of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 提交 2013-03-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–223（223 aa）	突变：S18Y	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.15 Å R-free 0.245
4JKJ Crystal Structure of the S18Y Variant of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 提交 2013-03-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–223（223 aa）	突变：S18Y	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.15 Å R-free 0.245
4JKJ Crystal Structure of the S18Y Variant of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 提交 2013-03-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–223（223 aa）	突变：S18Y	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.15 Å R-free 0.245
4JKJ Crystal Structure of the S18Y Variant of Ubiquitin Carboxy-terminal Hydrolase L1 提交 2013-03-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–223（223 aa）	突变：S18Y	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.15 Å R-free 0.245
8DY8 Crystal structure of the R178Q mutant of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 (UCH-L1) 提交 2022-08-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–223（223 aa）	突变：R178Q	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES	分辨率 2.10 Å R-free 0.265
8DY8 Crystal structure of the R178Q mutant of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 (UCH-L1) 提交 2022-08-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–223（223 aa）	突变：R178Q	SO4 SULFATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；2.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES	分辨率 2.10 Å R-free 0.265
8EDE Crystal structure of covalent inhibitor 2-chloro-N'-(N-(4-chlorophenyl)-N-methylglycyl)acetohydrazide bound to Ubiquitin C-terminal Hydrolase-L1 提交 2022-09-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–223（223 aa）	未记录	WEU 2-[(4-chlorophenyl)-methyl-amino]-~{N}'-ethanoyl-ethanehydrazide × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294.15 K；0.1M tri-Sodium citrate 2.4M Ammonium sulfate	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
8EDE Crystal structure of covalent inhibitor 2-chloro-N'-(N-(4-chlorophenyl)-N-methylglycyl)acetohydrazide bound to Ubiquitin C-terminal Hydrolase-L1 提交 2022-09-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–223（223 aa）	未记录	WEU 2-[(4-chlorophenyl)-methyl-amino]-~{N}'-ethanoyl-ethanehydrazide × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294.15 K；0.1M tri-Sodium citrate 2.4M Ammonium sulfate	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–223（223 aa）	未记录	GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 1–223（223 aa）	未记录	GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–223（223 aa）	未记录	GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–223（223 aa）	未记录	GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–223（223 aa）	未记录	GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–223（223 aa）	未记录	GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–223（223 aa）	未记录	GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1–223（223 aa）	未记录	GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 1–223（223 aa）	未记录	GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8PW1 Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor 提交 2023-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 1–223（223 aa）	未记录	GKO (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.271
8XI7 The Crystal Structure of UCHL1 from Biortus. 提交 2023-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–223（223 aa）链 B 1–223（223 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.1M ammonium sulfate, 2% PEG 400, 100mM HEPES, pH 7.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.231
9O4M Crystal structure of Ubiquitin Carboxy Terminal Hydrolase L1 Q209C mutant covalently crosslinked to ubiquitin genetically encoded with N6-(6-bromohexanoyl)-L-lysine 提交 2025-04-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–223（223 aa）	突变：Q209C	6NA HEXANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.1 M DL-Malic acid	分辨率 2.00 Å R-free 0.262
9O4M Crystal structure of Ubiquitin Carboxy Terminal Hydrolase L1 Q209C mutant covalently crosslinked to ubiquitin genetically encoded with N6-(6-bromohexanoyl)-L-lysine 提交 2025-04-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–223（223 aa）	突变：Q209C	6NA HEXANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.1 M DL-Malic acid	分辨率 2.00 Å R-free 0.262

共 13 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UCHL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–227； UniProt 1–223 作者链 B； PDB构建体 5–227； UniProt 1–223 作者链 C； PDB构建体 5–227； UniProt 1–223 作者链 D； PDB构建体 5–227； UniProt 1–223 作者链 E； PDB构建体 5–227； UniProt 1–223 作者链 F； PDB构建体 5–227； UniProt 1–223 作者链 G； PDB构建体 5–227； UniProt 1–223 作者链 H； PDB构建体 5–227； UniProt 1–223 作者链 I； PDB构建体 5–227； UniProt 1–223 作者链 J； PDB构建体 5–227； UniProt 1–223

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7zm0
沉积日期 deposition_date	2022-04-18
结构标题 title	Structure of UCHL1 in complex with GK13S inhibitor
关键词 keywords	DUB, UCHL1, UCH-L1, UCHL-1, deubiquitinase, ubiquitin, cyanopyrrolidine, inhibitor, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.23 Å
零角强度 I(0) i0	770415000.00
分子量 molecular_weight	225410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	281080 Å³
包络体积 envelope_volume	380980 Å³
水化壳体积 shell_volume	78344 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.1 Å
壳层 Rg shell_rg	48.18 Å
包络 Rg envelope_rg	36.87 Å
形状 Rg shape_rg	38.25 Å
总 Rg total_rg	38.71 Å
总原子数 total_atoms	15864
残基数 n_residues	2117
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.3 Å
Rg (实空间) rg_real	38.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0890e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	770600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8279
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	55.6 Å
偏度 Skewness skewness	-0.111
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.579
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	243000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1
分子量 formula_weight	25153.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
突变 mutation	lysine-dimethylated
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	16195

GPGSMQLKPMEINPEMLNKVLSRLGVAGQWRFVDVLGLEEESLGSVPAPACALLLLFPLTAQHENFRKKQIEELKGQEVSPKVYFMKQTIGNSCGTIGLIHAVANNQDKLGFEDGSVLKQFLSETEKMSPEDRAKCFEKNEAIQAAHDAVAQEGQCRVDDKVNFHFILFNNVDGHLYELDGRMPFPVNHGASSEDTLLKDAAKVCREFTEREQGEVRFSAVALCKAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(3S)-1-(iminomethyl)-N-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]pyrrolidine-3-carboxamide
分子量 formula_weight	392.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	331

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	101.926 Å
晶胞边长 b length_b	144.414 Å
晶胞边长 c length_c	158.250 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.240 Å
最低分辨率 resolution_low	62.500 Å
R 因子 r_factor	0.2413
R_work r_work	0.2401
R_free r_free	0.2878

fit	/app/data/saxs_computation/zm/7zm0/7zm0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zm/7zm0/7zm0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zm/7zm0/7zm0.dat