SAXSdb — 7zxs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 9

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 20–863 链 C； UniProt 20–863	片段：extcolor{red}{>FRAGMENT<} 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	KBO 2-ethyl-2-methanoyl-~{N}-[3-[[4-(quinolin-8-ylmethyl)piperazin-1-yl]methyl]phenyl]butanamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；The crystal is grown in a condition containing PEG 2K MME buffered by Tris pH 7	分辨率 1.81 Å R-free 0.203
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 20–863 链 D； UniProt 20–863	片段：extcolor{red}{>FRAGMENT<} 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	KBO 2-ethyl-2-methanoyl-~{N}-[3-[[4-(quinolin-8-ylmethyl)piperazin-1-yl]methyl]phenyl]butanamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；The crystal is grown in a condition containing PEG 2K MME buffered by Tris pH 7	分辨率 1.81 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7ZXS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6EOQ DPP9 - Apo 提交 2017-10-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–863（863 aa）链 C 1–863（863 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10%PEG 8000, 25% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Caodilate pH6.25,	分辨率 3.00 Å R-free 0.334
6EOQ DPP9 - Apo 提交 2017-10-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–863（863 aa）链 D 1–863（863 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10%PEG 8000, 25% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Caodilate pH6.25,	分辨率 3.00 Å R-free 0.334
6EOR DPP9 - 1G244 提交 2017-10-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–863（863 aa）链 B 1–863（863 aa）	未记录	9XH (2~{S})-2-azanyl-4-[4-[bis(4-fluorophenyl)methyl]piperazin-1-yl]-1-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)butane-1,4-dione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10% PEG 8000, 25% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Cacodilate pH 6.25	分辨率 2.90 Å R-free 0.332
6EOR DPP9 - 1G244 提交 2017-10-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–863（863 aa）链 D 1–863（863 aa）	未记录	9XH (2~{S})-2-azanyl-4-[4-[bis(4-fluorophenyl)methyl]piperazin-1-yl]-1-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)butane-1,4-dione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10% PEG 8000, 25% Glycerol, 0.16M Calcium Acetate, 0.08M Cacodilate pH 6.25	分辨率 2.90 Å R-free 0.332
6QZV DPP9 bound to a dipeptide (MP) from the N-terminus of BRCA2 提交 2019-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–892（892 aa）链 B 1–892（892 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；20 mg/ml of protein, 10% PEG 8000, 25% glycerol, 0.16 M calcium acetate, 0.08 M cacodilate pH 6.25. Drops are set in a 1:1 ratio.	分辨率 3.00 Å R-free 0.345
6QZV DPP9 bound to a dipeptide (MP) from the N-terminus of BRCA2 提交 2019-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–892（892 aa）链 D 1–892（892 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；20 mg/ml of protein, 10% PEG 8000, 25% glycerol, 0.16 M calcium acetate, 0.08 M cacodilate pH 6.25. Drops are set in a 1:1 ratio.	分辨率 3.00 Å R-free 0.345
6X6A Cryo-EM structure of NLRP1-DPP9 complex 提交 2020-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–863（863 aa）链 D 1–863（863 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6X6C Cryo-EM structure of NLRP1-DPP9-VbP complex 提交 2020-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–863（863 aa）链 D 1–863（863 aa）	未记录	GK2 [(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]boronic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7A3F Crystal structure of apo DPP9 提交 2020-08-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–892（892 aa）链 B 1–892（892 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.08 M Na-Cacodilate pH 5.25, 0.16 M Ca-Acetate, 30 % Glycerol, 10 % PEG 8K	分辨率 2.90 Å R-free 0.290
7A3F Crystal structure of apo DPP9 提交 2020-08-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–892（892 aa）链 D 1–892（892 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.08 M Na-Cacodilate pH 5.25, 0.16 M Ca-Acetate, 30 % Glycerol, 10 % PEG 8K	分辨率 2.90 Å R-free 0.290
7JKQ Human DPP9-CARD8 complex 提交 2020-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–863（863 aa）链 D 1–863（863 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7JN7 Human DPP9-CARD8 complex 提交 2020-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–863（863 aa）链 D 1–863（863 aa）	未记录	GK2 [(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]boronic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7SVL DPP9 IN COMPLEX WITH LIGAND ICeD-2 提交 2021-11-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–863（863 aa）链 B 1–863（863 aa）	未记录	D06 (2S)-2-amino-1-(1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-2-[(1r,4S)-4-(pyrrolidin-1-yl)cyclohexyl]ethan-1-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；10% PEG 8000 25% Glycerol 0.16 M Calcium Acetate 0.08 M Cacodilate pH 6.25	分辨率 2.46 Å R-free 0.341
7SVL DPP9 IN COMPLEX WITH LIGAND ICeD-2 提交 2021-11-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–863（863 aa）链 D 1–863（863 aa）	未记录	D06 (2S)-2-amino-1-(1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-2-[(1r,4S)-4-(pyrrolidin-1-yl)cyclohexyl]ethan-1-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；10% PEG 8000 25% Glycerol 0.16 M Calcium Acetate 0.08 M Cacodilate pH 6.25	分辨率 2.46 Å R-free 0.341
7SVN DPP9 IN COMPLEX WITH LIGAND ICeD-1 提交 2021-11-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–863（863 aa）链 B 1–863（863 aa）	未记录	CW8 (2S,4S)-1-[(2S)-2-amino-2-cyclohexylacetyl]-4-fluoropyrrolidine-2-carbonitrile × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；10% PEG 8000 25% glycerol 0.16 M calcium acetate 0.08 M cacodilate pH 6.25	分辨率 2.78 Å R-free 0.349
7SVN DPP9 IN COMPLEX WITH LIGAND ICeD-1 提交 2021-11-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–863（863 aa）链 D 1–863（863 aa）	未记录	CW8 (2S,4S)-1-[(2S)-2-amino-2-cyclohexylacetyl]-4-fluoropyrrolidine-2-carbonitrile × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；10% PEG 8000 25% glycerol 0.16 M calcium acetate 0.08 M cacodilate pH 6.25	分辨率 2.78 Å R-free 0.349
9GOC Crystal structure of DPP9 Ser730Ala in complex with sulphostin. 提交 2024-09-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–863（844 aa）链 B 20–863（844 aa）	未记录	A1INE Sulphostin × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 28 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG2000 MME 20% (w/v), 0.1 M Tris pH 6.75	分辨率 1.89 Å R-free 0.199
9GOC Crystal structure of DPP9 Ser730Ala in complex with sulphostin. 提交 2024-09-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 20–863（844 aa）链 D 20–863（844 aa）	未记录	A1INE Sulphostin × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 19 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG2000 MME 20% (w/v), 0.1 M Tris pH 6.75	分辨率 1.89 Å R-free 0.199
9GOD Crystal structure of DPP9 in complex with N-phosphono-(S)-3-aminopiperidine-2-one-based inhibitor 提交 2024-09-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–863（844 aa）链 D 20–863（844 aa）	未记录	A1INH ethoxy-[2-(4-pentylphenyl)sulfanylethyl]phosphinous acid × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18.0% w/v PEG 2K MME; 0.1 M Tris pH 7.25	分辨率 2.49 Å R-free 0.219
9GOD Crystal structure of DPP9 in complex with N-phosphono-(S)-3-aminopiperidine-2-one-based inhibitor 提交 2024-09-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–863（844 aa）链 C 20–863（844 aa）	未记录	A1INH ethoxy-[2-(4-pentylphenyl)sulfanylethyl]phosphinous acid × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 23 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18.0% w/v PEG 2K MME; 0.1 M Tris pH 7.25	分辨率 2.49 Å R-free 0.219
9GON Crystal structure of DPP9 in complex with sulphostin 提交 2024-09-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–863（844 aa）链 B 20–863（844 aa）	未记录	A1INF azanyl-oxidanylidene-(sulfoamino)phosphanium × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 37 CL CHLORIDE ION × 7 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1M Tris pH 6.75	分辨率 1.89 Å R-free 0.206
9GON Crystal structure of DPP9 in complex with sulphostin 提交 2024-09-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 20–863（844 aa）链 D 20–863（844 aa）	未记录	A1INF azanyl-oxidanylidene-(sulfoamino)phosphanium × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 34 CL CHLORIDE ION × 5 NA SODIUM ION × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1M Tris pH 6.75	分辨率 1.89 Å R-free 0.206

共 13 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPP9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–844； UniProt 20–863 作者链 C； PDB构建体 1–844； UniProt 20–863 作者链 B； PDB构建体 1–844； UniProt 20–863 作者链 D； PDB构建体 1–844； UniProt 20–863

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7zxs
沉积日期 deposition_date	2022-05-22
结构标题 title	Crystal structure of DPP9 in complex with a 4-oxo-b-lactam based inhibitor, A295
关键词 keywords	DIPEPTIDYL PEPTIDASE, DPP9, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.44 Å
零角强度 I(0) i0	2107860000.00
分子量 molecular_weight	389500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	488860 Å³
包络体积 envelope_volume	661190 Å³
水化壳体积 shell_volume	107090 Å³
包络直径 envelope_diameter	180.1 Å
壳层 Rg shell_rg	56.70 Å
包络 Rg envelope_rg	48.81 Å
形状 Rg shape_rg	49.43 Å
总 Rg total_rg	49.72 Å
总原子数 total_atoms	27531
残基数 n_residues	3362
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	165.1 Å
Rg (实空间) rg_real	49.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1080e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5060e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2108000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8681
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	67.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.251
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.259
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	883800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.782

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dipeptidyl peptidase 9
分子量 formula_weight	97408.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.14.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	29394

PAARFQVQKHSWDGLRSIIHGSRKYSGLIVNKAPHDFQFVQKTDESGPHSHRLYYLGMPYGSRENSLLYSEIPKKVRKEALLLLSWKQMLDHFQATPHHGVYSREEELLRERKRLGVFGITSYDFHSESGLFLFQASNSLFHCRDGGKNGFMVSPMKPLEIKTQCSGPRMDPKICPADPAFFSFINNSDLWVANIETGEERRLTFCHQGLSNVLDDPKSAGVATFVIQEEFDRFTGYWWCPTASWEGSEGLKTLRILYEEVDESEVEVIHVPSPALEERKTDSYRYPRTGSKNPKIALKLAEFQTDSQGKIVSTQEKELVQPFSSLFPKVEYIARAGWTRDGKYAWAMFLDRPQQWLQLVLLPPALFIPSTENEEQRLASARAVPRNVQPYVVYEEVTNVWINVHDIFYPFPQSEGEDELCFLRANECKTGFCHLYKVTAVLKSQGYDWSEPFSPGEDEFKCPIKEEIALTSGEWEVLARHGSKIWVNEETKLVYFQGTKDTPLEHHLYVVSYEAAGEIVRLTTPGFSHSCSMSQNFDMFVSHYSSVSTPPCVHVYKLSGPDDDPLHKQPRFWASMMEAASCPPDYVPPEIFHFHTRSDVRLYGMIYKPHALQPGKKHPTVLFVYGGPQVQLVNNSFKGIKYLRLNTLASLGYAVVVIDGRGSCQRGLRFEGALKNQMGQVEIEDQVEGLQFVAEKYGFIDLSRVAIHGWSYGGFLSLMGLIHKPQVFKVAIAGAPVTVWMAYDTGYTERYMDVPENNQHGYEAGSVALHVEKLPNEPNRLLILHGFLDENVHFFHTNFLVSQLIRAGKPYQLQIYPNERHSIRCPESGEHYEVTLLHFLQEYLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Dipeptidyl peptidase 9
分子量 formula_weight	97392.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.14.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

PAARFQVQKHSWDGLRSIIHGSRKYSGLIVNKAPHDFQFVQKTDESGPHSHRLYYLGMPYGSRENSLLYSEIPKKVRKEALLLLSWKQMLDHFQATPHHGVYSREEELLRERKRLGVFGITSYDFHSESGLFLFQASNSLFHCRDGGKNGFMVSPMKPLEIKTQCSGPRMDPKICPADPAFFSFINNSDLWVANIETGEERRLTFCHQGLSNVLDDPKSAGVATFVIQEEFDRFTGYWWCPTASWEGSEGLKTLRILYEEVDESEVEVIHVPSPALEERKTDSYRYPRTGSKNPKIALKLAEFQTDSQGKIVSTQEKELVQPFSSLFPKVEYIARAGWTRDGKYAWAMFLDRPQQWLQLVLLPPALFIPSTENEEQRLASARAVPRNVQPYVVYEEVTNVWINVHDIFYPFPQSEGEDELCFLRANECKTGFCHLYKVTAVLKSQGYDWSEPFSPGEDEFKCPIKEEIALTSGEWEVLARHGSKIWVNEETKLVYFQGTKDTPLEHHLYVVSYEAAGEIVRLTTPGFSHSCSMSQNFDMFVSHYSSVSTPPCVHVYKLSGPDDDPLHKQPRFWASMMEAASCPPDYVPPEIFHFHTRSDVRLYGMIYKPHALQPGKKHPTVLFVYGGPQVQLVNNSFKGIKYLRLNTLASLGYAVVVIDGRGSCQRGLRFEGALKNQMGQVEIEDQVEGLQFVAEKYGFIDLSRVAIHGWSYGGFLSLMGLIHKPQVFKVAIAGAPVTVWMAYDTGYTERYMDVPENNQHGYEAGSVALHVEKLPNEPNRLLILHGFLDENVHFFHTNFLVSQLIRAGKPYQLQIYPNERHSIRCPESGEHYEVTLLHFLQEYLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-ethyl-2-methanoyl-~{N}-[3-[[4-(quinolin-8-ylmethyl)piperazin-1-yl]methyl]phenyl]butanamide
分子量 formula_weight	458.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	41

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1653

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7zxsB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	7zxsB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	7zxsD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	7zxsD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.350 Å
晶胞边长 b length_b	106.176 Å
晶胞边长 c length_c	121.127 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	65.25 °
晶胞夹角 β angle_beta	70.43 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	75.86 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.810 Å
最低分辨率 resolution_low	106.090 Å
R 因子 r_factor	0.1754
R_work r_work	0.1752
R_free r_free	0.2031

fit	/app/data/saxs_computation/zx/7zxs/7zxs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zx/7zxs/7zxs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zx/7zxs/7zxs.dat

Crystal structure of DPP9 in complex with a 4-oxo-b-lactam based inhibitor, A295

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)