SAXSdb — 8afi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （C9JNW8） ACETATE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （C9JNW8） ACETATE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （C9JNW8） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （C9JNW8） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （C9JNW8） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （C9JNW8） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （C9JNW8） water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3 × 1 （C9JNW8） GLYCEROL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBRAP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–115； UniProt 2–116 作者链 C； PDB构建体 1–115； UniProt 2–116 作者链 E； PDB构建体 1–115； UniProt 2–116 作者链 G； PDB构建体 1–115； UniProt 2–116 作者链 I； PDB构建体 1–115； UniProt 2–116 作者链 K； PDB构建体 1–115； UniProt 2–116 作者链 M； PDB构建体 1–115； UniProt 2–116 作者链 O； PDB构建体 1–115； UniProt 2–116

Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3

物种未注明

UniProt C9JNW8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein × 1 （O95166） ACETATE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein × 1 （O95166） ACETATE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein × 1 （O95166） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein × 1 （O95166） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein × 1 （O95166） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein × 1 （O95166） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein × 1 （O95166） water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein × 1 （O95166） GLYCEROL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C9JNW8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–24； UniProt 3–26 作者链 D； PDB构建体 1–24； UniProt 3–26 作者链 F； PDB构建体 1–24； UniProt 3–26 作者链 H； PDB构建体 1–24； UniProt 3–26 作者链 J； PDB构建体 1–24； UniProt 3–26 作者链 L； PDB构建体 1–24； UniProt 3–26 作者链 N； PDB构建体 1–24； UniProt 3–26 作者链 P； PDB构建体 1–24； UniProt 3–26

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8afi
沉积日期 deposition_date	2022-07-18
结构标题 title	GABARAP in complex with LIR motif of HsATG3
关键词 keywords	Autophagy, LIR, ATG3, GABARAP, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8afi__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8afi__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8afi__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	15.71 Å
Rg（电子密度）	14.19 Å
总 Rg	15.48 Å
原子数	2162
残基数	131
排除体积	19595 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8afi__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8afi__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`8afi__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`8afi__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`8afi__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`8afi__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`8afi__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`8afi__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
分子量 formula_weight	13697.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	16646

KFVYKEEHPFEKRRSEGEKIRKKYPDRVPVIVEKAPKARIGDLDKKKYLVPSDLTVGQFYFLIRKRIHLRAEDALFFFVNNVIPPTSATMGQLYQEHHEEDFFLYIAYSDESVYG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3
分子量 formula_weight	2686.7 kDa
突变 mutation	N113G
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H,B,J,N,P,D,L

YSDELEAIIEEDDGDGGWVDTYHG

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	22

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	8afiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	8afiC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	8afiE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	8afiG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	8afiI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	8afiK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	8afiM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	8afiO01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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晶胞边长 a length_a	62.800 Å
晶胞边长 b length_b	63.800 Å
晶胞边长 c length_c	73.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	64.50 °
晶胞夹角 β angle_beta	86.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	70.30 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.660 Å
最低分辨率 resolution_low	49.100 Å
R 因子 r_factor	0.2170
R_work r_work	0.2146
R_free r_free	0.2618

GABARAP in complex with LIR motif of HsATG3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8afi__assembly_3__model_1

8afi__assembly_3__model_1 | I(q)

8afi__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

GABARAP in complex with LIR motif of HsATG3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8afi__assembly_3__model_1

8afi__assembly_3__model_1 | I(q)

8afi__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)