8axk

Type 3 secretion system export apparatus core, inner rod and needle of Shigella flexneri

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Surface presentation of antigens protein SpaP

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 85	Surface presentation of antigens protein SpaR × 1 （P0A1M6） Surface presentation of antigens protein SpaQ × 4 （P0A1M4） Surface presentation of antigens protein SpaS × 1 （P0A1M8） Protein MxiI × 6 （P0A225） Protein MxiH × 28 （P0A223） Outer membrane protein MxiD × 16 （Q04641） Lipoprotein MxiJ × 24 （Q06081）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPAP_SHIFL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216 作者链 B； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216 作者链 C； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216 作者链 D； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216 作者链 E； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216

Surface presentation of antigens protein SpaR

物种未注明

UniProt P0A1M6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 85	Surface presentation of antigens protein SpaP × 5 （P0A1L3） Surface presentation of antigens protein SpaQ × 4 （P0A1M4） Surface presentation of antigens protein SpaS × 1 （P0A1M8） Protein MxiI × 6 （P0A225） Protein MxiH × 28 （P0A223） Outer membrane protein MxiD × 16 （Q04641） Lipoprotein MxiJ × 24 （Q06081）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPAR_SHIFL
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256

Surface presentation of antigens protein SpaQ

物种未注明

UniProt P0A1M4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 85	Surface presentation of antigens protein SpaP × 5 （P0A1L3） Surface presentation of antigens protein SpaR × 1 （P0A1M6） Surface presentation of antigens protein SpaS × 1 （P0A1M8） Protein MxiI × 6 （P0A225） Protein MxiH × 28 （P0A223） Outer membrane protein MxiD × 16 （Q04641） Lipoprotein MxiJ × 24 （Q06081）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SPAQ_SHIFL
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86 作者链 H； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86 作者链 I； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86 作者链 J； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86

Surface presentation of antigens protein SpaS

物种未注明

UniProt P0A1M8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 85	Surface presentation of antigens protein SpaP × 5 （P0A1L3） Surface presentation of antigens protein SpaR × 1 （P0A1M6） Surface presentation of antigens protein SpaQ × 4 （P0A1M4） Protein MxiI × 6 （P0A225） Protein MxiH × 28 （P0A223） Outer membrane protein MxiD × 16 （Q04641） Lipoprotein MxiJ × 24 （Q06081）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SPAS_SHIFL
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342

Protein MxiI

物种未注明

UniProt P0A225

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 85	Surface presentation of antigens protein SpaP × 5 （P0A1L3） Surface presentation of antigens protein SpaR × 1 （P0A1M6） Surface presentation of antigens protein SpaQ × 4 （P0A1M4） Surface presentation of antigens protein SpaS × 1 （P0A1M8） Protein MxiH × 28 （P0A223） Outer membrane protein MxiD × 16 （Q04641） Lipoprotein MxiJ × 24 （Q06081）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	MXII_SHIFL
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 N； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 O； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 P； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 Q； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 R； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97

Protein MxiH

Shigella flexneri

UniProt P0A223

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 85	Surface presentation of antigens protein SpaP × 5 （P0A1L3） Surface presentation of antigens protein SpaR × 1 （P0A1M6） Surface presentation of antigens protein SpaQ × 4 （P0A1M4） Surface presentation of antigens protein SpaS × 1 （P0A1M8） Protein MxiI × 6 （P0A225） Outer membrane protein MxiD × 16 （Q04641） Lipoprotein MxiJ × 24 （Q06081）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	MXIH_SHIFL
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 T； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 U； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 V； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 W； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 a； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 b； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 c； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 d； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 e； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 f； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 g； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 h； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 i； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 j； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 k； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 l； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 m； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 n； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 o； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 p； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 q； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 r； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 s； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 t； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 u； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 v； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83 作者链 w； PDB构建体 16–98； UniProt 1–83

Outer membrane protein MxiD

物种未注明

UniProt Q04641

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 85	Surface presentation of antigens protein SpaP × 5 （P0A1L3） Surface presentation of antigens protein SpaR × 1 （P0A1M6） Surface presentation of antigens protein SpaQ × 4 （P0A1M4） Surface presentation of antigens protein SpaS × 1 （P0A1M8） Protein MxiI × 6 （P0A225） Protein MxiH × 28 （P0A223） Lipoprotein MxiJ × 24 （Q06081）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MXID_SHIFL
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 1； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 2； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 3； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 4； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 5； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 6； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 7； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 8； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 9； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 X； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 Y； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 Z； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 x； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 y； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566 作者链 z； PDB构建体 1–566； UniProt 1–566

Lipoprotein MxiJ

物种未注明

UniProt Q06081

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 85	Surface presentation of antigens protein SpaP × 5 （P0A1L3） Surface presentation of antigens protein SpaR × 1 （P0A1M6） Surface presentation of antigens protein SpaQ × 4 （P0A1M4） Surface presentation of antigens protein SpaS × 1 （P0A1M8） Protein MxiI × 6 （P0A225） Protein MxiH × 28 （P0A223） Outer membrane protein MxiD × 16 （Q04641）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MXIJ_SHIFL
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 a0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 b0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 c0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 d0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 e0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 f0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 g0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 h0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 i0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 j0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 k0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 l0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 m0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 n0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 o0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 p0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 q0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 r0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 s0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 t0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 u0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 v0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 w0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241 作者链 x0； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8axk
沉积日期 deposition_date	2022-08-31
结构标题 title	Type 3 secretion system export apparatus core, inner rod and needle of Shigella flexneri
关键词 keywords	type 3 secretion, needle complex, virulence factor, shigella, infection, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8axk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8axk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8axk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	68.27 Å
Rg（电子密度）	68.74 Å
总 Rg	68.63 Å
原子数	44141
残基数	5608
排除体积	798850 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8axk__assembly_1__model_1`	85-meric （85）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Surface presentation of antigens protein SpaP
分子量 formula_weight	24215.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	44141

MLSDMSLIATLSFFTLLPFLVAAGTCYIKFSIVFVMVRNALGLQQVPSNMTLNGIALIMALFVMKPIIEAGYENYLNGPQKFDTISDIVRFSDSGLMEYKQYLKKHTDLELARFFQRSEEENADLKSAENNDYSLFSLLPAYALSEIKDAFKIGFYLYLPFVVVDLVISSILLALGMMMMSPITISVPIKLVLFVALDGWGILSKALIEQYINIPA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Surface presentation of antigens protein SpaR
分子量 formula_weight	28513.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MDISSWFESIHVFLILLNGVFFRLAPLFFFLPFLNNGIISPSIRIPVIFLVASGLITSGKVDIGSSVFEHVYFLMFKEIIVGLLLSFCLSLPFWIFHAVGSIIDNQRGATLSSSIDPANGVDTSELAKFFNLFSAVVFLYSGGMVFILESIQLSYNICPLFSQCSFRISNILTFLTLLASQAVILASPVMIVLLLSEVLLGVLSRFAPQMNAFSVSLTIKSLLAIFIIFICSSTIYFSKVQFFLGEHKFFTNLFVR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Surface presentation of antigens protein SpaQ
分子量 formula_weight	9433.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J

MSDIVYMGNKALYLILIFSLWPVGIATVIGLSIGLLQTVTQLQEQTLPFGIKLIGVSISLLLLSGWYGEVLLSFCHEIMFLIKSGV

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Surface presentation of antigens protein SpaS
分子量 formula_weight	39903.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MANKTEKPTPKKLKDAAKKGQSFKFKDLTTVVIILVGTFTIISFFSLSDVMLLYRYVIINDFEINEGKYFFAVVIVFFKIIGFPLFFCVLSAVLPTLVQTKFVLATKAIKIDFSVLNPVKGLKKIFSIKTIKEFFKSILLLIILALTTYFFWINDRKIIFSQVFSSVDGLYLIWGRLFKDIILFFLAFSILVIILDFVIEFILYMKDMMMDKQEIKREYIEQEGHFETKSRRRELHIEILSEQTKSDIRNSKLVVMNPTHIAIGIYFNPEIAPAPFISLIETNQCALAVRKYANEVGIPTVRDVKLARKLYKTHTKYSFVDFEHLDEVLRLIVWLEQVENTH

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Protein MxiI
分子量 formula_weight	10640.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R

MNYIYPVNQVDIIKASDFQSQEISSLEDVVSAKYSDIKMDTDIQVSQIMEMVSNPESLNPESLAKLQTTLSNYSIGVSLAGTLARKTVSAVETLLKS

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Protein MxiH
分子量 formula_weight	11060.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	28

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T,U,V,W,a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p,q,r,s,t,u,v,w

MASWSHPQFEKIEGRMSVTVPNDDWTLSSLSETFDDGTQTLQGELTLALDKLAKNPSNPQLLAEYQSKLSEYTLYRNAQSNTVKVIKDVDAAIIQNFR

来源 Source

来源生物 organism	Shigella flexneri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	623
宿主生物 host_organism	Shigella flexneri

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Outer membrane protein MxiD
分子量 formula_weight	63230.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Y,Z,0,2,4,6,8,x,y,z,1,3,5,7,9

MKKFNIKSLTLLIVLLPLIVNANNIDSHLLEQNDIAKYVAQSDTVGSFFERFSALLNYPIVVSKQAAKKRISGEFDLSNPEEMLEKLTLLVGLIWYKDGNALYIYDSGELISKVILLENISLNYLIQYLKDANLYDHRYPIRGNISDKTFYISGPPALVELVANTATLLDKQVSSIGTDKVNFGVIKLKNTFVSDRTYNMRGEDIVIPGVATVVERLLNNGKALSNRQAQNDPMPPFNITQKVSEDSNDFSFSSVTNSSILEDVSLIAYPETNSILVKGNDQQIQIIRDIITQLDVAKRHIELSLWIIDIDKSELNNLGVNWQGTASFGDSFGASFNMSSSASISTLDGNKFIASVMALNQKKKANVVSRPVILTQENIPAIFDNNRTFYVSLVGERNSSLEHVTYGTLINVIPRFSSRGQIEMSLTIEDGTGNSQSNYNYNNENTSVLPEVGRTKISTIARVPQGKSLLIGGYTHETNSNEIISIPFLSSIPVIGNVFKYKTSNISNIVRVFLIQPREIKESSYYNTAEYKSLISEREIQKTTQIIPSETTLLEDEKSLVSYLNY

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Lipoprotein MxiJ
分子量 formula_weight	27542.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a0,b0,c0,d0,e0,f0,g0,h0,i0,j0,k0,l0,m0,n0,o0,p0,q0,r0,s0,t0,u0,v0,w0,x0

MIRYKGFILFLLLMLIGCEQREELISNLSQRQANEIISVLERHNITARKVDGGKQGISVQVEKGTFASAVDLMRMYDLPNPERVDISQMFPTDSLVSSPRAEKARLYSAIEQRLEQSLVSIGGVISAKIHVSYDLEEKNISSKPMHISVIAIYDSPKESELLVSNIKRFLKNTFSDVKYENISVILTPKEEYVYTNVQPVKEVKSEFLTNEVIYLFLGMAVLVVILLVWAFKTGWFKRNKI

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.05 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	90547

Type 3 secretion system export apparatus core, inner rod and needle of Shigella flexneri

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Surface presentation of antigens protein SpaP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Surface presentation of antigens protein SpaR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Surface presentation of antigens protein SpaQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Surface presentation of antigens protein SpaS

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein MxiI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein MxiH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer membrane protein MxiD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Lipoprotein MxiJ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8axk__assembly_1__model_1

8axk__assembly_1__model_1 | I(q)

8axk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer