Capsid protein VP1
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 180 PDB 声明:180-meric(180) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 569–867 链 B; UniProt 70–330 链 C; UniProt 331–568 | 未记录 | 无其他共同聚合物 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.25;endosomal ionic composition buffer, pH 7.25, incubated at 37 C for 3 h 20 mM NaCl, 6 mM KH2PO4, 12 mM K2HPO4, 0.5 mM MgCl2, 0.45 mM CaCl2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE | 分辨率 3.30 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 8AXX | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1D4M THE CRYSTAL STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS A9 TO 2.9 A RESOLUTION 提交 1999-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 240 PDB 声明:240-MERIC |
链 1
568–866(299 aa)
片段:VP1
链 2
69–329(261 aa)
片段:VP2
链 3
330–567(238 aa)
片段:VP3
链 4
1–68(68 aa)
片段:VP4
|
未记录 | W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 120 MYR MYRISTIC ACID × 60 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1D4M THE CRYSTAL STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS A9 TO 2.9 A RESOLUTION 提交 1999-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 1
568–866(299 aa)
片段:VP1
链 2
69–329(261 aa)
片段:VP2
链 3
330–567(238 aa)
片段:VP3
链 4
1–68(68 aa)
片段:VP4
|
未记录 | W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1D4M THE CRYSTAL STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS A9 TO 2.9 A RESOLUTION 提交 1999-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric |
链 1
568–866(299 aa)
片段:VP1
链 2
69–329(261 aa)
片段:VP2
链 3
330–567(238 aa)
片段:VP3
链 4
1–68(68 aa)
片段:VP4
|
未记录 | W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 10 MYR MYRISTIC ACID × 5 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1D4M THE CRYSTAL STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS A9 TO 2.9 A RESOLUTION 提交 1999-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric |
链 1
568–866(299 aa)
片段:VP1
链 2
69–329(261 aa)
片段:VP2
链 3
330–567(238 aa)
片段:VP3
链 4
1–68(68 aa)
片段:VP4
|
未记录 | W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 12 MYR MYRISTIC ACID × 6 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1D4M THE CRYSTAL STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS A9 TO 2.9 A RESOLUTION 提交 1999-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 1
568–866(299 aa)
片段:VP1
链 2
69–329(261 aa)
片段:VP2
链 3
330–567(238 aa)
片段:VP3
链 4
1–68(68 aa)
片段:VP4
|
未记录 | W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 1D4M THE CRYSTAL STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS A9 TO 2.9 A RESOLUTION 提交 1999-10-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 120 PDB 声明:120-meric |
链 1
568–866(299 aa)
片段:VP1
链 2
69–329(261 aa)
片段:VP2
链 3
330–567(238 aa)
片段:VP3
链 4
1–68(68 aa)
片段:VP4
|
未记录 | W71 5-(7-(4-(4,5-DIHYDRO-2-OXAZOLYL)PHENOXY)HEPTYL)-3-METHYL ISOXAZOLE × 60 MYR MYRISTIC ACID × 30 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 3J2J Empty coxsackievirus A9 capsid 提交 2012-10-04 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 180 PDB 声明:180-meric |
链 A
631–852(222 aa)
片段:UNP residues 631-852
链 B
331–568(238 aa)
片段:UNP residues 331-568
链 C
79–330(252 aa)
片段:UNP residues 79-330
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
manual plunging;冷冻剂 ETHANE;manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)
|
分辨率 9.54 Å |
| 3J2J Empty coxsackievirus A9 capsid 提交 2012-10-04 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
631–852(222 aa)
片段:UNP residues 631-852
链 B
331–568(238 aa)
片段:UNP residues 331-568
链 C
79–330(252 aa)
片段:UNP residues 79-330
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
manual plunging;冷冻剂 ETHANE;manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)
|
分辨率 9.54 Å |
| 3J2J Empty coxsackievirus A9 capsid 提交 2012-10-04 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric |
链 A
631–852(222 aa)
片段:UNP residues 631-852
链 B
331–568(238 aa)
片段:UNP residues 331-568
链 C
79–330(252 aa)
片段:UNP residues 79-330
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
manual plunging;冷冻剂 ETHANE;manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)
|
分辨率 9.54 Å |
| 3J2J Empty coxsackievirus A9 capsid 提交 2012-10-04 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric |
链 A
631–852(222 aa)
片段:UNP residues 631-852
链 B
331–568(238 aa)
片段:UNP residues 331-568
链 C
79–330(252 aa)
片段:UNP residues 79-330
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
manual plunging;冷冻剂 ETHANE;manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)
|
分辨率 9.54 Å |
| 3J2J Empty coxsackievirus A9 capsid 提交 2012-10-04 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
631–852(222 aa)
片段:UNP residues 631-852
链 B
331–568(238 aa)
片段:UNP residues 331-568
链 C
79–330(252 aa)
片段:UNP residues 79-330
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
manual plunging;冷冻剂 ETHANE;manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)
|
分辨率 9.54 Å |
| 8AT5 native Coxsackievirus A9 提交 2022-08-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 240 PDB 声明:240-meric |
链 A
569–867(299 aa)
链 B
70–330(261 aa)
链 C
331–568(238 aa)
链 D
2–69(68 aa)
|
未记录 | MYR MYRISTIC ACID × 60 PLM PALMITIC ACID × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.25;PBS containing 2mM MgCl2, pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8AW6 Expanded Coxsackievirus A9 after 0.01% faf-BSA treatment 提交 2022-08-29 | 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 180 PDB 声明:180-meric |
链 A
569–867(299 aa)
链 B
70–330(261 aa)
链 C
331–568(238 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.25;DPBS containing 0.01% faf-BSA, pH 7.25, incubated at 37 C for 1 h
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8S7J Coxsackievirus A9 bound with compound 20 (CL300) 提交 2024-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 240 PDB 声明:240-meric |
链 A
569–867(299 aa)
链 B
70–330(261 aa)
链 C
331–568(238 aa)
链 D
2–69(68 aa)
|
未记录 | A1H9Q ~{N}-[(4-methoxyphenyl)methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2;PBS containing 2 mM MgCl2 and 5% DMSO.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.
|
分辨率 2.26 Å |
| 9EXI Coxsackievirus A9 bound with compound 14 (CL275) 提交 2024-04-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 240 PDB 声明:240-meric |
链 A
569–851(283 aa)
链 B
79–329(251 aa)
链 C
331–568(238 aa)
链 D
2–69(68 aa)
|
未记录 | A1H8J 4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-N-[[4-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]aniline × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2;PBS containing 2 mM MgCl2 and 5% DMSO.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.
|
分辨率 2.31 Å |
| 9FA9 Coxsackievirus A9 bound with compound 16 (CL298) 提交 2024-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 240 PDB 声明:240-meric |
链 A
569–851(283 aa)
链 B
70–330(261 aa)
链 C
331–568(238 aa)
链 D
2–69(68 aa)
|
未记录 | A1IBS ~{N}-[(2-fluorophenyl)methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.
|
分辨率 2.75 Å |
| 9FCZ Coxsackievirus A9 bound with compound 17 (CL301) 提交 2024-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 240 PDB 声明:240-meric |
链 A
569–851(283 aa)
链 B
79–329(251 aa)
链 C
331–568(238 aa)
链 D
2–69(68 aa)
|
未记录 | A1IB2 ~{N}-[(3-fluorophenyl)methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2;PBS containing 2 mM MgCl2 and 5% DMSO.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.
|
分辨率 2.53 Å |
| 9FGN Coxsackievirus A9 bound with compound 18 (CL304) 提交 2024-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 240 PDB 声明:240-meric |
链 A
569–850(282 aa)
链 B
79–328(250 aa)
链 C
332–567(236 aa)
链 D
2–68(67 aa)
|
未记录 | A1ICH ~{N}-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2;PBS containing 2 mM MgCl2 and 5% DMSO.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.
|
分辨率 2.64 Å |
| 9FO2 Coxsackievirus A9 bound with compound 15 (CL278) 提交 2024-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 240 PDB 声明:240-meric |
链 A
569–867(299 aa)
链 B
79–329(251 aa)
链 C
331–568(238 aa)
链 D
2–69(68 aa)
|
未记录 | A1IEI ~{N}-[(4-fluorophenyl)methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Sample was blotted from the front for 1.5 s.
|
分辨率 2.58 Å |
| 9FO5 Coxsackievirus A9 bound with compound 19 (CL313) 提交 2024-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 240 PDB 声明:240-meric |
链 A
569–867(299 aa)
链 B
70–330(261 aa)
链 C
331–568(238 aa)
链 D
2–69(68 aa)
|
未记录 | A1IEH ~{N}-[[3,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]aniline × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.
|
分辨率 2.69 Å |
| 9FP5 Coxsackievirus A9 bound with CL213. 提交 2024-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 240 PDB 声明:240-meric |
链 A
569–867(299 aa)
链 B
70–330(261 aa)
链 C
331–568(238 aa)
链 D
2–69(68 aa)
|
未记录 | PLM PALMITIC ACID × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Sample was incubated for 15 s on the grid before blotted from the front for 1.5 s.
|
分辨率 2.50 Å |
共 12 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | POLG_CXA9 |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1, 2, 3 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–299; UniProt 569–867 作者链 B; PDB构建体 1–261; UniProt 70–330 作者链 C; PDB构建体 1–238; UniProt 331–568 |