SAXSdb — 8b2n

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Macrophage metalloelastase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tannerella forsythia potempin A (PotA) × 1 （A0A2A6E6U9） CALCIUM ION × 3 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Tannerella forsythia potempin A (PotA) × 1 （A0A2A6E6U9） CALCIUM ION × 3 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MMP12_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–158； UniProt 106–263 作者链 C； PDB构建体 1–158； UniProt 106–263

Tannerella forsythia potempin A (PotA)

Tannerella forsythia

UniProt A0A2A6E6U9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Macrophage metalloelastase × 1 （P39900） CALCIUM ION × 3 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Macrophage metalloelastase × 1 （P39900） CALCIUM ION × 3 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2A6E6U9_TANFO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–95； UniProt 24–118 作者链 D； PDB构建体 1–95； UniProt 24–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8b2n
沉积日期 deposition_date	2022-09-14
结构标题 title	Potempin A (PotA) from Tannerella forsythia in complex with the catalytic domain of human MMP-12
关键词 keywords	Metallopeptidase inhibitor, HYDROLASE INHIBITOR; HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8b2n__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8b2n__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8b2n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.66 Å
Rg（电子密度）	18.86 Å
总 Rg	19.83 Å
原子数	1971
残基数	250
排除体积	35083 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8b2n__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8b2n__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Macrophage metalloelastase
分子量 formula_weight	17484.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.65
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4246

GPVWRKHYITYRINNYTPDMNREDVDYAIRKAFQVWSNVTPLKFSKINTGMADILVVFARGAHGDDHAFDGKGGILAHAFGPGSGIGGDAHFDEDEFWTTHSGGTNLFLTAVHEIGHSLGLGHSSDPKAVMFPTYKYVDINTFRLSADDIRGIQSLYG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tannerella forsythia potempin A (PotA)
分子量 formula_weight	10759.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

DQSSCCDKEIIKDVSELTGIISYNTEVKRWYISVSDANSYDNVTLYFPCNLDSKYMKEKEKVIFSGQISKSTLKITLPAGTTSYCINLMSINKIN

来源 Source

来源生物 organism	Tannerella forsythia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	28112
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	276

▶

晶胞边长 a length_a	54.410 Å
晶胞边长 b length_b	63.000 Å
晶胞边长 c length_c	135.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	67.690 Å
R 因子 r_factor	0.1900
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2280

Potempin A (PotA) from Tannerella forsythia in complex with the catalytic domain of human MMP-12

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Macrophage metalloelastase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tannerella forsythia potempin A (PotA)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8b2n__assembly_1__model_1

8b2n__assembly_1__model_1 | I(q)

8b2n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (2)

Potempin A (PotA) from Tannerella forsythia in complex with the catalytic domain of human MMP-12

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Macrophage metalloelastase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tannerella forsythia potempin A (PotA)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8b2n__assembly_1__model_1

8b2n__assembly_1__model_1 | I(q)

8b2n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (2)