SAXSdb — 8b5r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transitional endoplasmic reticulum ATPase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	I3 sequence being threaded through the p97 channel × 1 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit × 1 （P36873） Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7 × 1 （Q15435） UBX domain-containing protein 2B × 1 （Q14CS0） UBX domain-containing protein 2B × 1 （Q14CS0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TERA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–812； UniProt 2–806 作者链 B； PDB构建体 8–812； UniProt 2–806 作者链 C； PDB构建体 8–812； UniProt 2–806 作者链 D； PDB构建体 8–812； UniProt 2–806 作者链 E； PDB构建体 8–812； UniProt 2–806 作者链 F； PDB构建体 8–812； UniProt 2–806

Serine/threonine-protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit

Homo sapiens

UniProt P36873

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Transitional endoplasmic reticulum ATPase × 6 （P55072） I3 sequence being threaded through the p97 channel × 1 Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7 × 1 （Q15435） UBX domain-containing protein 2B × 1 （Q14CS0） UBX domain-containing protein 2B × 1 （Q14CS0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PP1G_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323

Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7

Homo sapiens

UniProt Q15435

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Transitional endoplasmic reticulum ATPase × 6 （P55072） I3 sequence being threaded through the p97 channel × 1 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit × 1 （P36873） UBX domain-containing protein 2B × 1 （Q14CS0） UBX domain-containing protein 2B × 1 （Q14CS0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PP1R7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–360； UniProt 1–360

UBX domain-containing protein 2B

Homo sapiens

UniProt Q14CS0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Transitional endoplasmic reticulum ATPase × 6 （P55072） I3 sequence being threaded through the p97 channel × 1 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit × 1 （P36873） Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7 × 1 （Q15435）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBX2B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5, 6
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–11； UniProt 215–225 作者链 Y； PDB构建体 1–86； UniProt 246–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8b5r
沉积日期 deposition_date	2022-09-24
结构标题 title	p97-p37-SPI substrate complex
关键词 keywords	AAA+ ATPase, p97, VCP, Cdc48, unfoldase, protein phosphatase-1, protein maturation, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8b5r__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8b5r__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8b5r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	62.16 Å
Rg（电子密度）	62.32 Å
总 Rg	62.33 Å
原子数	25663
残基数	5198
排除体积	412990 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8b5r__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transitional endoplasmic reticulum ATPase
分子量 formula_weight	90265.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	25663

MHHHHHHASGADSKGDDLSTAILKQKNRPNRLIVDEAINEDNSVVSLSQPKMDELQLFRGDTVLLKGKKRREAVCIVLSDDTCSDEKIRMNRVVRNNLRVRLGDVISIQPCPDVKYGKRIHVLPIDDTVEGITGNLFEVYLKPYFLEAYRPIRKGDIFLVRGGMRAVEFKVVETDPSPYCIVAPDTVIHCEGEPIKREDEEESLNEVGYDDIGGCRKQLAQIKEMVELPLRHPALFKAIGVKPPRGILLYGPPGTGKTLIARAVANETGAFFFLINGPEIMSKLAGESESNLRKAFEEAEKNAPAIIFIDELDAIAPKREKTHGEVERRIVSQLLTLMDGLKQRAHVIVMAATNRPNSIDPALRRFGRFDREVDIGIPDATGRLEILQIHTKNMKLADDVDLEQVANETHGHVGADLAALCSEAALQAIRKKMDLIDLEDETIDAEVMNSLAVTMDDFRWALSQSNPSALRETVVEVPQVTWEDIGGLEDVKRELQELVQYPVEHPDKFLKFGMTPSKGVLFYGPPGCGKTLLAKAIANECQANFISIKGPELLTMWFGESEANVREIFDKARQAAPCVLFFDELDSIAKARGGNIGDGGGAADRVINQILTEMDGMSTKKNVFIIGATNRPDIIDPAILRPGRLDQLIYIPLPDEKSRVAILKANLRKSPVAKDVDLEFLAKMTNGFSGADLTEICQRACKLAIRESIESEIRRERERQTNPSAMEVEEDDPVPEIRRDHFEEAMRFARRSVSDNDIRKYEMFAQTLQQSRGFGSFRFPSGNQGGAGPSQGSGGGTGGSVYTEDNDDDLYG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	I3 sequence being threaded through the p97 channel
分子量 formula_weight	1890.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit
分子量 formula_weight	37030.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MADLDKLNIDSIIQRLLEVRGSKPGKNVQLQENEIRGLCLKSREIFLSQPILLELEAPLKICGDIHGQYYDLLRLFEYGGFPPESNYLFLGDYVDRGKQSLETICLLLAYKIKYPENFFLLRGNHECASINRIYGFYDECKRRYNIKLWKTFTDCFNCLPIAAIVDEKIFCCHGGLSPDLQSMEQIRRIMRPTDVPDQGLLCDLLWSDPDKDVLGWGENDRGVSFTFGAEVVAKFLHKHDLDLICRAHQVVEDGYEFFAKRQLVTLFSAPNYCGEFDNAGAMMSVDETLMCSFQILKPAEKKKPNATRPVTPPRGMITKQAKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7
分子量 formula_weight	41616.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MAAERGAGQQQSQEMMEVDRRVESEESGDEEGKKHSSGIVADLSEQSLKDGEERGEEDPEEEHELPVDMETINLDRDAEDVDLNHYRIGKIEGFEVLKKVKTLCLRQNLIKCIENLEELQSLRELDLYDNQIKKIENLEALTELEILDISFNLLRNIEGVDKLTRLKKLFLVNNKISKIENLSNLHQLQMLELGSNRIRAIENIDTLTNLESLFLGKNKITKLQNLDALTNLTVLSMQSNRLTKIEGLQNLVNLRELYLSHNGIEVIEGLENNNKLTMLDIASNRIKKIENISHLTELQEFWMNDNLLESWSDLDELKGARSLETVYLERNPLQKDPQYRRKVMLALPSVRQIDATFVRF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	UBX domain-containing protein 2B
分子量 formula_weight	1123.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

FSGEGQKLGSL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	UBX domain-containing protein 2B
分子量 formula_weight	9759.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

AVVLIDDSVPTTKIQIRLADGSRLIQRFNSTHRILDVRNFIVQSRPEFAALDFILVTSFPNKELTDESLTLLEADILNTVLLQQLK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

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分辨率 resolution	6.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	191477

p97-p37-SPI substrate complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transitional endoplasmic reticulum ATPase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Serine/threonine-protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

UBX domain-containing protein 2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8b5r__assembly_1__model_1

8b5r__assembly_1__model_1 | I(q)

8b5r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)