SAXSdb — 8bb1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-adenosylmethionine synthase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	S-Adenosylmethionine lyase × 4 （P07693） CHLORIDE ION × 4 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	METK_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–384； UniProt 1–384 作者链 B； PDB构建体 1–384； UniProt 1–384 作者链 C； PDB构建体 1–384； UniProt 1–384 作者链 D； PDB构建体 1–384； UniProt 1–384

S-Adenosylmethionine lyase

Enterobacteria phage T3

UniProt P07693

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	S-adenosylmethionine synthase × 4 （P0A817） CHLORIDE ION × 4 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ADOM_BPT3
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 F； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 G； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 H； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8bb1
沉积日期 deposition_date	2022-10-12
最后修订 last_revision	2023-08-23
结构标题 title	T3 SAM lyase in complex with S-adenosylmethionine synthase
关键词 keywords	SAM lyase, complex, LYASE; LYASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8bb1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8bb1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8bb1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.63 Å
Rg（电子密度）	46.59 Å
总 Rg	46.79 Å
原子数	16144
残基数	2100
排除体积	286580 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8bb1__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	S-adenosylmethionine synthase
分子量 formula_weight	41998.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	16168

MAKHLFTSESVSEGHPDKIADQISDAVLDAILEQDPKARVACETYVKTGMVLVGGEITTSAWVDIEEITRNTVREIGYVHSDMGFDANSCAVLSAIGKQSPDINQGVDRADPLEQGAGDQGLMFGYATNETDVLMPAPITYAHRLVQRQAEVRKNGTLPWLRPDAKSQVTFQYDDGKIVGIDAVVLSTQHSEEIDQKSLQEAVMEEIIKPILPAEWLTSATKFFINPTGRFVIGGPMGDCGLTGRKIIVDTYGGMARHGGGAFSGKDPSKVDRSAAYAARYVAKNIVAAGLADRCEIQVSYAIGVAEPTSIMVETFGTEKVPSEQLTLLVREFFDLRPYGLIQMLDLLHPIYKETAAYGHFGREHFPWEKTDKAQLLRDAAGLK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	S-Adenosylmethionine lyase
分子量 formula_weight	17863.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

MIFTKEPANVFYVLVSAFRSNLCDEVNMSRHRHMVSTLRAAPGLYGSVESTDLTGCYREAISSAPTEEKTVRVRCKDKAQALNVARLACNEWEQDCVLVYKSQTHTAGLVYAKGIDGYKAERLPGSFQEVPKGAPLQGCFTIDEFGRRWQVQHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10759
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	24

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	8bb1A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	8bb1B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	8bb1C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	8bb1D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	244912

T3 SAM lyase in complex with S-adenosylmethionine synthase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-adenosylmethionine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

S-Adenosylmethionine lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8bb1__assembly_1__model_1

8bb1__assembly_1__model_1 | I(q)

8bb1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

T3 SAM lyase in complex with S-adenosylmethionine synthase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-adenosylmethionine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

S-Adenosylmethionine lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8bb1__assembly_1__model_1

8bb1__assembly_1__model_1 | I(q)

8bb1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)