8bhi

GABA-A receptor a5 homomer - a5V3 - RO5211223

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 126.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5

Homo sapiens

UniProt P31644

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 32–315 链 A; UniProt 424–450 链 B; UniProt 32–315 链 B; UniProt 424–450 链 C; UniProt 32–315 链 C; UniProt 424–450 链 D; UniProt 32–315 链 D; UniProt 424–450 链 E; UniProt 32–315 链 E; UniProt 424–450 突变:;I79M,T82N,V98I,R101A,S103T,I142F,N145W,K151R,L152M,L155I,E156W,D157N,T160R,L161V,M165L,Q176D,A184E,H185Q,A186N,P287A,I336L,T340F,F344I,V335I ; NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 QKF [1,1-bis(oxidanylidene)-1,4-thiazinan-4-yl]-[6-[[5-methyl-3-(6-methylpyridin-3-yl)-1,2-oxazol-4-yl]methoxy]pyridin-3-yl]methanone × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.67 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBRA5_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–284; UniProt 32–315 作者链 A; PDB构建体 323–349; UniProt 424–450 作者链 B; PDB构建体 1–284; UniProt 32–315 作者链 B; PDB构建体 323–349; UniProt 424–450 作者链 C; PDB构建体 1–284; UniProt 32–315 作者链 C; PDB构建体 323–349; UniProt 424–450 作者链 D; PDB构建体 1–284; UniProt 32–315 作者链 D; PDB构建体 323–349; UniProt 424–450 作者链 E; PDB构建体 1–284; UniProt 32–315 作者链 E; PDB构建体 323–349; UniProt 424–450

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8bhi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8bhi
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8bhi
沉积日期 deposition_date2022-10-31
结构标题 titleGABA-A receptor a5 homomer - a5V3 - RO5211223
关键词 keywordspLGIC GABA Neurotransmission, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.15
零角强度 I(0) i0532800000.00
分子量 molecular_weight195890.0 kDa
排除体积 excluded_volume247830 ų
包络体积 envelope_volume313030 ų
水化壳体积 shell_volume66976 ų
包络直径 envelope_diameter125.5
壳层 Rg shell_rg45.33
包络 Rg envelope_rg37.78
形状 Rg shape_rg38.14
总 Rg total_rg38.61
总原子数 total_atoms27395
残基数 n_residues1680
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.2
Rg (实空间) rg_real38.44
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.21
I(0) (实空间) i0_real5.3280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0050e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.51
I(0) (倒空间) i0_reciprocal532800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8757
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary46.2
偏度 Skewness skewness0.318
峰度 Kurtosis kurtosis-0.290
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha80800000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.904

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)