SAXSdb — 8bwf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polypyrimidine tract-binding protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 57–140	未记录	Ligand × 1 SO4 SULFATE ION × 5 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.86；298 K；1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.340
10	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 57–140	未记录	Ligand × 1 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.86；298 K；1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.340
11	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 57–140	未记录	Ligand × 1 SO4 SULFATE ION × 2 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.86；298 K；1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.340
12	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 57–140	未记录	Ligand × 1 SO4 SULFATE ION × 1 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.86；298 K；1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.340
13	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 57–140	未记录	Ligand × 1 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.86；298 K；1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.340
14	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 57–140	未记录	Ligand × 1 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.86；298 K；1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.340
15	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 O； UniProt 57–140	未记录	Ligand × 1 SO4 SULFATE ION × 1 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.86；298 K；1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.340
16	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 57–140	未记录	Ligand × 1 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.86；298 K；1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.340
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 57–140	未记录	Ligand × 1 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.86；298 K；1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.340
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 57–140	未记录	Ligand × 1 SO4 SULFATE ION × 1 NH2 AMINO GROUP × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.86；298 K；1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.340
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 57–140	未记录	Ligand × 1 SO4 SULFATE ION × 2 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.86；298 K；1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.340
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 57–140	未记录	Ligand × 1 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.86；298 K；1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.340
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 57–140	未记录	Ligand × 1 SO4 SULFATE ION × 2 NH2 AMINO GROUP × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.86；298 K；1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.340
7	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 57–140	未记录	Ligand × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.86；298 K；1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.340
8	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 57–140	未记录	Ligand × 1 SO4 SULFATE ION × 1 NH2 AMINO GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.86；298 K；1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.340
9	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 57–140	未记录	Ligand × 1 NH2 AMINO GROUP × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.86；298 K；1.89M Ammoniumsulfate, 0.1 M HEPES, 2 v/v% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.340

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8BWF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1QM9 NMR, REPRESENTATIVE STRUCTURE 提交 1999-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 335–531（197 aa）片段：RNA BINDING FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；302 K	分辨率未提供
1SJQ NMR Structure of RRM1 from Human Polypyrimidine Tract Binding Protein Isoform 1 (PTB1) 提交 2004-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 54–147（94 aa）片段：RRM1, residues 54-147	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.3 M；压力 ambient NMR样品组成 1 mM PTB1-1 U-15N,13C, 50 mM Na phosphate buffer, 100 mM NaCl, 2 mM NaN3,10% D2O \| 100 mM NaCl, 2 mM NaN3,10% D2O	分辨率未提供
1SJR NMR Structure of RRM2 from Human Polypyrimidine Tract Binding Protein Isoform 1 (PTB1) 提交 2004-03-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 147–301（155 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.3 M；压力 ambient NMR样品组成 0.25 mM PTB1-2, U-15N, 13C, 50 mM Na phosphate buffer, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, 2 mM NaN3,10% D2O \| 10% D2O	分辨率未提供
2AD9 Solution structure of Polypyrimidine Tract Binding protein RBD1 complexed with CUCUCU RNA 提交 2005-07-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 49–146（98 aa）片段：RBD1	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；313 K；离子强度（mmCIF原始值）30mM；压力 ambient NMR样品组成 1.5mM PTB RBD1 15N, 13C; 1.5mM CUCUCU-RNA; 20mM phosphate buffer; 10mM NaCl \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5mM PTB RBD1 15N; 1.5mM CUCUCU-RNA; 20mM phosphate buffer; 10mM NaCl \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5mM PTB RBD1 15N; 1.5mM CUCUCU-RNA; 20mM phosphate buffer; 10mM NaCl \| 100% D2O	分辨率未提供
2ADB Solution structure of Polypyrimidine Tract Binding protein RBD2 complexed with CUCUCU RNA 提交 2005-07-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 172–298（127 aa）片段：RBD2	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）30mM；压力 ambient NMR样品组成 1.5mM PTB RBD2 15N, 13C; 1.5mM CUCUCU-RNA; 20mM phosphate buffer; 10mM NaCl \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5mM PTB RBD2 15N; 1.5mM CUCUCU-RNA; 20mM phosphate buffer; 10mM NaCl \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5mM PTB RBD2 15N; 1.5mM CUCUCU-RNA; 20mM phosphate buffer; 10mM NaCl \| 100% D2O	分辨率未提供
2ADC Solution structure of Polypyrimidine Tract Binding protein RBD34 complexed with CUCUCU RNA 提交 2005-07-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 324–531（208 aa）片段：RBD34	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；313 K；离子强度（mmCIF原始值）30mM；压力 ambient NMR样品组成 1.5mM PTB RBD34 15N, 13C; 3mM CUCUCU-RNA; 20mM phosphate buffer; 10mM NaCl \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5mM PTB RBD34 15N; 3mM CUCUCU-RNA; 20mM phosphate buffer; 10mM NaCl \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5mM PTB RBD34 15N; 3mM CUCUCU-RNA; 20mM phosphate buffer; 10mM NaCl \| 100% D2O	分辨率未提供
2EVZ Structure of RNA Binding Domains 3 and 4 of Polypyrimidine Tract Binding Protein 提交 2005-11-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 324–531（208 aa）片段：RNA BINDING DOMAINS 3 AND 4	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM NaCl, 10mM Na-phosphate；压力 1 NMR样品组成 1mM PTB RBD34 15N; 20mM NaCl; 10mM sodium phosphate; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM PTB RBD34 15N, 13C; 20mM NaCl; 10mM sodium phosphate; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM PTB RBD34 15N; 20mM NaCl; 10mM sodium phosphate; 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1mM PTB RBD34 15N, 13C; 20mM NaCl; 10mM sodium phosphate; 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1mM PTB RBD3 15N, 13C, RBD4 unlabeled; 20mM NaCl; 10mM sodium phosphate; 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1mM PTB RBD3 unlabeled, RBD4 13C, 15N; 20mM NaCl; 10mM sodium phosphate; 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2N3O Structure of PTB RRM1(41-163) bound to an RNA stemloop containing a structured loop derived from viral internal ribosomal entry site RNA 提交 2015-06-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 41–163（123 aa）片段：UNP residues 41-163	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）0.020；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.020；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.5；278 K；离子强度（mmCIF原始值）0.020；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.020；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] PTBRRM1, 1 mM RNA, 10 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] PTBRRM1, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA, 10 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] PTBRRM1, 1 mM [U-13C; U-15N]-ribose-Cyt9,Ura11,Ura13,Gua15 RNA, 10 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] PTBRRM1, 1 mM [U-13C; U-15N]-Ura7,Ura10,Cyt11,Ura12,Ura13,Ura14,Cyt15,Cyt16,Ura20,Cyt21,Cyt22,Cyt23 RNA, 10 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA, 10 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM RNA, 10 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PTBRRM1, 1 mM RNA, 10 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] PTBRRM1, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA, 10 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] PTBRRM1, 1 mM [U-13C; U-15N]-ribose-Ura10,Ura12,Ura14 RNA, 10 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] PTBRRM1, 1 mM RNA, 10 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PTBRRM1, 1 mM RNA, 10 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] PTBRRM1, 1 mM RNA, 10 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 13 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] PTBRRM1, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA, 10 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 13 mg/mL Pf1 phage, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-99% 15N] PTBRRM1, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA, 10 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 13 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3ZZY Crystal structure of a Raver1 PRI3 peptide in complex with polypyrimidine tract binding protein RRM2 提交 2011-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 156–285（130 aa）片段：RNA RECOGNITION MOTIF 2, RESIDUES 172-301	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；SEE PAPER., pH 6.5	分辨率 1.40 Å R-free 0.234
3ZZY Crystal structure of a Raver1 PRI3 peptide in complex with polypyrimidine tract binding protein RRM2 提交 2011-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 156–285（130 aa）片段：RNA RECOGNITION MOTIF 2, RESIDUES 172-301	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；SEE PAPER., pH 6.5	分辨率 1.40 Å R-free 0.234
3ZZZ Crystal structure of a Raver1 PRI4 peptide in complex with polypyrimidine tract binding protein RRM2 提交 2011-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 156–285（130 aa）片段：RNA RECOGNITION MOTIF 2, RESIDUES 156-285	未记录	IOD IODIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；SEE PAPER., pH 6.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.224
3ZZZ Crystal structure of a Raver1 PRI4 peptide in complex with polypyrimidine tract binding protein RRM2 提交 2011-09-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 156–285（130 aa）片段：RNA RECOGNITION MOTIF 2, RESIDUES 156-285	未记录	IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；SEE PAPER., pH 6.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.224
8BGF NMR solution structure of the N-terminal RRM and flanking linker regions of Polypyrimidine tract binding protein 1 using the CYANA CONSENSUS method. 提交 2022-10-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–163（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）33.3；压力 1 NMR测量条件 pH 6.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）33.3；压力 1 NMR测量条件 pH 6.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）33.3；压力 1 NMR样品组成 0.8 mM [U-15N]-99% Polypyrimidine-tract binding protein N-terminal RNA recognition motif, 10 mM NaH2PO4/NaOH buffer, 20 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-13C,15N]-99% Polypyrimidine-tract binding protein N-terminal RNA recognition motif, 10 mM NaH2PO4/NaOH buffer, 20 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-15N]-99% Polypyrimidine-tract binding protein N-terminal RNA recognition motif, 10 mM NaH2PO4/NaOH buffer, 20 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-15N]-99% Polypyrimidine-tract binding protein N-terminal RNA recognition motif, 10 mM NaH2PO4/NaOH buffer, 20 mM sodium chloride, 0.8 mM [U-13C,15N]-99% UCUUU-SL-RNA, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9LGQ The crystal structure of SARS-CoV-2 NSP5 in complex with PTBP1 提交 2025-01-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 316–325（10 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.1 M MES pH 5.6, 7% PEG 6000, and 6% dimethyl sulfoxide (DMSO)	分辨率 1.82 Å R-free 0.218

共 12 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTBP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–86； UniProt 57–140 作者链 B； PDB构建体 3–86； UniProt 57–140 作者链 C； PDB构建体 3–86； UniProt 57–140 作者链 D； PDB构建体 3–86； UniProt 57–140 作者链 E； PDB构建体 3–86； UniProt 57–140 作者链 F； PDB构建体 3–86； UniProt 57–140 作者链 G； PDB构建体 3–86； UniProt 57–140 作者链 H； PDB构建体 3–86； UniProt 57–140 作者链 I； PDB构建体 3–86； UniProt 57–140 作者链 J； PDB构建体 3–86； UniProt 57–140 作者链 K； PDB构建体 3–86； UniProt 57–140 作者链 L； PDB构建体 3–86； UniProt 57–140 作者链 M； PDB构建体 3–86； UniProt 57–140 作者链 N； PDB构建体 3–86； UniProt 57–140 作者链 O； PDB构建体 3–86； UniProt 57–140 作者链 P； PDB构建体 3–86； UniProt 57–140

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8bwf
沉积日期 deposition_date	2022-12-06
结构标题 title	PTBP1 RRM1 bound to an allosteric inhibitor
关键词 keywords	RNA binding, protein-peptide interaction, inhibitor, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.84 Å
零角强度 I(0) i0	386726000.00
分子量 molecular_weight	166580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	211490 Å³
包络体积 envelope_volume	276030 Å³
水化壳体积 shell_volume	56873 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.8 Å
壳层 Rg shell_rg	44.91 Å
包络 Rg envelope_rg	41.47 Å
形状 Rg shape_rg	41.84 Å
总 Rg total_rg	41.98 Å
总原子数 total_atoms	11678
残基数 n_residues	1405
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.7 Å
Rg (实空间) rg_real	41.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	386600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6056
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.539
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.331
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	72750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.692; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.046; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.701

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polypyrimidine tract-binding protein 1
分子量 formula_weight	9612.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P
原子数 atom_count	11682

GPPSRVIHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNYYTSVTPVLRGQPIYIQFSNHKELKTDS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ligand
分子量 formula_weight	1565.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l,m,n,o,p

NQLRAQXALQXVN

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	AMINO GROUP
分子量 formula_weight	16.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	244.200 Å
晶胞边长 b length_b	76.630 Å
晶胞边长 c length_c	94.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	64

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	46.210 Å
R 因子 r_factor	0.2478
R_work r_work	0.2432
R_free r_free	0.3403

fit	/app/data/saxs_computation/bw/8bwf/8bwf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bw/8bwf/8bwf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bw/8bwf/8bwf.dat

PTBP1 RRM1 bound to an allosteric inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polypyrimidine tract-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)