8c0d

UFL1/DDRGK1 bound to UFC1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 183.4 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 UFM1-protein ligase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–179	未记录	DDRGK domain-containing protein 1 × 1 （Q96HY6） Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 × 1 （Q9Y3C8）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；292 K；0.1M HEPES, 1.03M Li2SO4	分辨率 2.56 Å R-free 0.286
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–179	未记录	DDRGK domain-containing protein 1 × 1 （Q96HY6） Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 × 1 （Q9Y3C8）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；292 K；0.1M HEPES, 1.03M Li2SO4	分辨率 2.56 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8C0D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8B9X Chimeric protein of human UFM1 E3 ligase, UFL1, and DDRGK1 提交 2022-10-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–200（174 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Sodium acetate trihydrate Ammonium tartrate dibasic	分辨率 3.07 Å R-free 0.272
8B9X Chimeric protein of human UFM1 E3 ligase, UFL1, and DDRGK1 提交 2022-10-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–200（174 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Sodium acetate trihydrate Ammonium tartrate dibasic	分辨率 3.07 Å R-free 0.272
8OHD 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 3 (native) 提交 2023-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric	链 A 1–794（794 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8OJ0 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 2 (native) 提交 2023-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric	链 A 1–794（794 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8OJ5 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 3 (in-vitro reconstitution) 提交 2023-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric	链 A 1–794（794 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8OJ8 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 1 (native) 提交 2023-03-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric	链 A 1–794（794 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8QFC UFL1 E3 ligase bound 60S ribosome 提交 2023-09-04	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–794（794 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8QFD UFL1 E3 ligase bound 60S ribosome 提交 2023-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：45-meric	链 s 1–794（794 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 161 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å
9GY4 60S ribosomal subunit in complex with E3-UFM1 ligase and RQC machinery components NEMF and LTN1 (Composite map) 提交 2024-10-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric	链 E 1–794（794 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 219 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UFL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 16–194； UniProt 1–179 作者链 D； PDB构建体 16–194； UniProt 1–179

DDRGK domain-containing protein 1

Homo sapiens

UniProt Q96HY6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 205–314	未记录	E3 UFM1-protein ligase 1 × 1 （O94874） Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 × 1 （Q9Y3C8）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；292 K；0.1M HEPES, 1.03M Li2SO4	分辨率 2.56 Å R-free 0.286
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 205–314	未记录	E3 UFM1-protein ligase 1 × 1 （O94874） Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 × 1 （Q9Y3C8）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；292 K；0.1M HEPES, 1.03M Li2SO4	分辨率 2.56 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8C0D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7W3N Crystal structure of Ufm1 fused to UFBP1 UFIM 提交 2021-11-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 194–202（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；28% 2-propanol, 3% PEG 200, 0.1M MES at pH 6.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.200
8B9X Chimeric protein of human UFM1 E3 ligase, UFL1, and DDRGK1 提交 2022-10-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 207–305（99 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Sodium acetate trihydrate Ammonium tartrate dibasic	分辨率 3.07 Å R-free 0.272
8B9X Chimeric protein of human UFM1 E3 ligase, UFL1, and DDRGK1 提交 2022-10-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 207–305（99 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Sodium acetate trihydrate Ammonium tartrate dibasic	分辨率 3.07 Å R-free 0.272
8OHD 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 3 (native) 提交 2023-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric	链 C 1–314（314 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8OJ0 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 2 (native) 提交 2023-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric	链 C 1–314（314 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8OJ5 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 3 (in-vitro reconstitution) 提交 2023-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric	链 C 1–314（314 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8QFC UFL1 E3 ligase bound 60S ribosome 提交 2023-09-04	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 29–314（286 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9GY4 60S ribosomal subunit in complex with E3-UFM1 ligase and RQC machinery components NEMF and LTN1 (Composite map) 提交 2024-10-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric	链 C 1–314（314 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 219 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DDRGK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–110； UniProt 205–314 作者链 E； PDB构建体 1–110； UniProt 205–314

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

Homo sapiens

UniProt Q9Y3C8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–167	未记录	E3 UFM1-protein ligase 1 × 1 （O94874） DDRGK domain-containing protein 1 × 1 （Q96HY6）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；292 K；0.1M HEPES, 1.03M Li2SO4	分辨率 2.56 Å R-free 0.286
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–167	未记录	E3 UFM1-protein ligase 1 × 1 （O94874） DDRGK domain-containing protein 1 × 1 （Q96HY6）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；292 K；0.1M HEPES, 1.03M Li2SO4	分辨率 2.56 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8C0D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2K07 Solution NMR structure of human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (UFC1). Northeast Structural Genomics Consortium target HR41 提交 2008-01-25	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）na；压力 ambient NMR样品组成 1.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein UFC1, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2Z6O Crystal Structure of the Ufc1, Ufm1 conjugating enzyme 1 提交 2007-08-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–167（167 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；28% (w/v) PEG 4000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M MgCl2 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.221
2Z6P Crystal Structure of the Ufc1, Ufm1 conjugating enzyme 1 提交 2007-08-06	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–167（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.5M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 7.0, 10%(w/v) dioxan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
3EVX Crystal structure of the human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (Ufc1). Northeast Structural Genomics Consortium target HR41 提交 2008-10-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–167（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SCN THIOCYANATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution:100mM Sodium acetate, 18% PEG8000, 100mM (NH4)SCN, 50mM LiSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.54 Å R-free 0.279
3EVX Crystal structure of the human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (Ufc1). Northeast Structural Genomics Consortium target HR41 提交 2008-10-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–167（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SCN THIOCYANATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution:100mM Sodium acetate, 18% PEG8000, 100mM (NH4)SCN, 50mM LiSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.54 Å R-free 0.279
3EVX Crystal structure of the human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (Ufc1). Northeast Structural Genomics Consortium target HR41 提交 2008-10-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–167（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SCN THIOCYANATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution:100mM Sodium acetate, 18% PEG8000, 100mM (NH4)SCN, 50mM LiSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.54 Å R-free 0.279
3EVX Crystal structure of the human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (Ufc1). Northeast Structural Genomics Consortium target HR41 提交 2008-10-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–167（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SCN THIOCYANATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution:100mM Sodium acetate, 18% PEG8000, 100mM (NH4)SCN, 50mM LiSCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.54 Å R-free 0.279
7NVJ Crystal structure of UFC1 Y110A & F121A 提交 2021-03-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：Y110A, F121A	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES pH 7.5, 2M Ammonium sulfate	分辨率 2.20 Å R-free 0.246
7NVK Crystal structure of UBA5 fragment fused to the N-terminus of UFC1 提交 2021-03-15	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2% (v/v) Tacsimate pH 7.0, 20% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 6mM zinc sulfate	分辨率 2.65 Å R-free 0.264
7NW1 Crystal structure of UFC1 in complex with UBA5 提交 2021-03-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 1–167（167 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；35 mM citric acid, 65 mM bis-tris propane, 19% PEG3350, 100 mM lithium chloride	分辨率 1.95 Å R-free 0.280
7NW1 Crystal structure of UFC1 in complex with UBA5 提交 2021-03-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 BBB 1–167（167 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；35 mM citric acid, 65 mM bis-tris propane, 19% PEG3350, 100 mM lithium chloride	分辨率 1.95 Å R-free 0.280
7OVC Structure of the human UFC1 protein in complex with the UBA5 C-terminal UFC1-binding motif. 提交 2021-06-14	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–167（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1, 1.0 mM Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5, 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 5 mM AEBSF protease inhibitor, 0.15 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.2 mM Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1, 0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5, 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 5 mM AEBSF protease inhibitor, 0.15 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
8BZR UFC1-UFM1 conjugate 提交 2022-12-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–167（167 aa）	突变：C116K	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；30% v/v PEG400, 0.1M Tris, 0.2M Na citrate	分辨率 1.78 Å R-free 0.226
9GLH Crystal Structure of UFC1 T106S 提交 2024-08-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：T106S	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.4M Sodium Malonate dibasic monohydrate pH 6.0.	分辨率 1.11 Å R-free 0.192
9GLI Crystal Structure of UFC1 T106C 提交 2024-08-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1M Ammonium Citrate tribasic pH 7.0, 0.1M Bis-Tris Propane pH 7.0.	分辨率 1.43 Å R-free 0.208
9GLJ Crystal Structure of UFC1 T106A 提交 2024-08-27	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：T106A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 1.5M Ammonium sulfate.	分辨率 1.21 Å R-free 0.199
9GLK Crystal Structure of UFC1 E149I 提交 2024-08-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：E149I	IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 2.0M Ammonium sulfate	分辨率 2.03 Å R-free 0.247
9GLL Crystal Structure of UFC1 T106L 提交 2024-08-27	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：T106L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；1.4M Sodium potassium monobasic monohydrate/Potassium phosphate dibasic pH 9.0	分辨率 1.65 Å R-free 0.231
9GLM Crystal Structure of UFC1 W145F 提交 2024-08-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：W145F	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.5M Ammonium sulfate; 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0	分辨率 1.79 Å R-free 0.238
9GLN Crystal Structure of UFC1 C116E 提交 2024-08-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：C116E	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 1.8 M smmonium sulfate.	分辨率 1.92 Å R-free 0.227
9GLO Crystal Structure of UFC1 C116E&T106S 提交 2024-08-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：C116E, T106S	GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 2 M ammonium sulfate	分辨率 1.53 Å R-free 0.208
9GLP Crystal Structure of UFC1 C116E&T106I 提交 2024-08-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：C116E, T106I	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 2 M ammonium sulfate.	分辨率 1.77 Å R-free 0.200
9GMM Crystal Structure of UFC1 T106I 提交 2024-08-29	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：T106I	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.5M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris Propane pH 7.0	分辨率 1.35 Å R-free 0.201
9GMN Crystal Structure of UFC1 T106V 提交 2024-08-29	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：T106V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5M Ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 8.0.	分辨率 2.00 Å R-free 0.231
9GN8 Crystal Structure of UFC1 E149D 提交 2024-08-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：E149D	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2% (v/v) Tacsimate Ph 7.0, 0.1M Hepes pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.96 Å R-free 0.257
9I9M Crystal structure of chimeric UFC1, TAK MotiF replaced with HPN motif of other E2 proteins 提交 2025-02-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 20% w/v 2-propanol, 20% w/v PEG 4000	分辨率 1.54 Å R-free 0.209
9I9N Crystal Structure of UFC1 C116E & K108A 提交 2025-02-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：C116E, K108A	GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1M Tris pH 8.0, 2M Ammonium sulfate	分辨率 1.88 Å R-free 0.229
9I9O Crystal Structure of UFC1 K108M 提交 2025-02-06	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：K108M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.15M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium Hepes pH 7.0, 20%w/v PEG 4000	分辨率 2.05 Å R-free 0.253
9I9P Crystal Structure of UFC1 W145H 提交 2025-02-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：W145H	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG 3350	分辨率 2.02 Å R-free 0.267
9IA8 Crystal Structure of UFC1 K108R 提交 2025-02-08	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 1–167（167 aa）	突变：K08R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M Bis-Tris pH 5.5, 2M Ammonium Sulfate	分辨率 1.90 Å R-free 0.247

共 26 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UFC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–167； UniProt 1–167 作者链 F； PDB构建体 1–167； UniProt 1–167

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8c0d
沉积日期 deposition_date	2022-12-16
结构标题 title	UFL1/DDRGK1 bound to UFC1
关键词 keywords	UFM1, E3 ligase, ubiquitin, UFBP1, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.57 Å
零角强度 I(0) i0	129716000.00
分子量 molecular_weight	92111.0 kDa
排除体积 excluded_volume	115440 Å³
包络体积 envelope_volume	167870 Å³
水化壳体积 shell_volume	37048 Å³
包络直径 envelope_diameter	188.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.98 Å
包络 Rg envelope_rg	44.27 Å
形状 Rg shape_rg	43.57 Å
总 Rg total_rg	43.39 Å
总原子数 total_atoms	12900
残基数 n_residues	850
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	183.4 Å
Rg (实空间) rg_real	46.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	129600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5238
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.819
峰度 Kurtosis kurtosis	0.410
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.1210
最高正则化参数 α highest_alpha	8433000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.416; Stabil: 0.822; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.341; Smooth: 0.787

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 UFM1-protein ligase 1
分子量 formula_weight	22350.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	12907

MGHHHHHHENLYFQGMADAWEEIRRLAADFQRAQFAEATQRLSERNCIEIVNKLIAQKQLEVVHTLDGKEYITPAQISKEMRDELHVRGGRVNIVDLQQVINVDLIHIENRIGDIIKSEKHVQLVLGQLIDENYLDRLAEEVNDKLQESGQVTISELCKTYDLPGNFLTQALTQRLGRIISGHIDLDNRGVIFT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DDRGK domain-containing protein 1
分子量 formula_weight	12177.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

ETMTEEQSQSFLTEFINYIKQSKVVLLEDLASQVGLRTQDTINRIQDLLAEGTITGVIDDRGKFIYITPEELAAVANFIRQRGRVSIAELAQASNSLIAWGRESPAQAPA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1
分子量 formula_weight	19569.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MADEATRRVVSEIPVLKTNAGPRDRELWVQRLKEEYQSLIRYVENNKNADNDWFRLESNKEGTRWFGKCWYIHDLLKYEFDIEFDIPITYPTTAPEIAVPELDGKTAKMYRGGKIKLTDHFKPLWARNVPKFGLAHLMALGLGPWLAVEIPDLIQKGVIQHKEKCNQG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	79.210 Å
晶胞边长 b length_b	124.565 Å
晶胞边长 c length_c	131.292 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.564 Å
最低分辨率 resolution_low	65.732 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.2858

fit	/app/data/saxs_computation/c0/8c0d/8c0d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c0/8c0d/8c0d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c0/8c0d/8c0d.dat

UFL1/DDRGK1 bound to UFC1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 UFM1-protein ligase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DDRGK domain-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)