8c3j

Stapled peptide SP2 in complex with humanised RadA mutant HumRadA22

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 84.6 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair and recombination protein RadA

Pyrococcus furiosus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 107–349	未记录	Breast cancer type 2 susceptibility protein × 1 （P51587） TKI 2-[(4,6-diethyl-1,3,5-triazin-2-yl)-methyl-amino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein in 20 mM CHES pH 9.5, 100 mM NaCl. Condition: 8 % w/v PEG 8000 (precipitant) 0.08 M Potassium phosphate pH 5.6 (buffer) 200:200 uL drop	分辨率 3.02 Å R-free 0.281
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 107–349	未记录	Breast cancer type 2 susceptibility protein × 1 （P51587）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein in 20 mM CHES pH 9.5, 100 mM NaCl. Condition: 8 % w/v PEG 8000 (precipitant) 0.08 M Potassium phosphate pH 5.6 (buffer) 200:200 uL drop	分辨率 3.02 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8C3J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PZN Rad51 (RadA) 提交 2003-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–349（349 aa）链 B 1–349（349 aa）链 C 1–349（349 aa）链 D 1–349（349 aa）链 E 1–349（349 aa）链 F 1–349（349 aa）链 G 1–349（349 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 14 IMD IMIDAZOLE × 18 GOL GLYCEROL × 18 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.85 Å R-free 0.307
1PZN Rad51 (RadA) 提交 2003-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–349（349 aa）链 B 1–349（349 aa）链 C 1–349（349 aa）链 D 1–349（349 aa）链 E 1–349（349 aa）链 F 1–349（349 aa）链 G 1–349（349 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 7 IMD IMIDAZOLE × 9 GOL GLYCEROL × 9 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.85 Å R-free 0.307
4A6P RadA C-terminal ATPase domain from Pyrococcus furiosus 提交 2011-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, RESIDUES 108-288 AND 301-349	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；60 MM NA2HPO4 PH 6.0; 15% PEG 1000	分辨率 1.50 Å R-free 0.214
4A6X RadA C-terminal ATPase domain from Pyrococcus furiosus bound to ATP 提交 2011-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：RADA C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, RESIDUES 108-349	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；60MM NA2HPO4 PH 6.0; 15% PEG1000	分辨率 1.55 Å R-free 0.235
4A6X RadA C-terminal ATPase domain from Pyrococcus furiosus bound to ATP 提交 2011-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 108–349（242 aa）片段：RADA C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, RESIDUES 108-349	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；60MM NA2HPO4 PH 6.0; 15% PEG1000	分辨率 1.55 Å R-free 0.235
4B2I Humanised monomeric RadA in complex with indazole 提交 2012-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 LZ1 1H-indazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；10-15% PEG-1000, 50 MM NAKPHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.30 Å R-free 0.223
4B2L Humanised monomeric RadA in complex with L-methylester tryptophan 提交 2012-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 TR7 methyl L-tryptophanate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；10-15% PEG-1000, 50 MM NAKPHOSPHATE PH 6.2	分辨率 1.50 Å R-free 0.223
4B2P RadA C-terminal ATPase domain from Pyrococcus furiosus bound to GTP 提交 2012-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, RESIDUES 108-349	突变：YES	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；pH 6.2	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
4B32 Humanised monomeric RadA in complex with napht-1-ol 提交 2012-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 03V naphthalen-2-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.50 Å R-free 0.228
4B33 Humanised monomeric RadA in complex with napht-2-ol 提交 2012-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 1NP 1-NAPHTHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.50 Å R-free 0.227
4B34 Humanised monomeric RadA in complex with 2-amino benzothiazole 提交 2012-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 ABV 1,3-benzothiazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 50 MM NAKPHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.55 Å R-free 0.224
4B35 Humanised monomeric RadA in complex with 4-methylester indole 提交 2012-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 4ME methyl 1H-indole-4-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.40 Å R-free 0.223
4B3B Humanised monomeric RadA in complex with FHTA tetrapeptide 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–287（180 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-287,300-349 链 A 300–349（50 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-287,300-349	突变：YES 突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；pH 6.2	分辨率 1.19 Å R-free 0.167
4B3C Humanised monomeric RadA in complex with 5-hydroxy indole 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–287（180 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-287,300-349 链 A 300–349（50 aa）片段：ATPASE, RESIDUES 108-287,300-349	突变：YES 突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 5H1 1H-indol-5-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG1000, 100MM NA/K PHOSPHATE PH 6.2	分辨率 1.90 Å R-free 0.261
4B3D Humanised monomeric RadA in complex with 5-methyl indole 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–287（180 aa）片段：ATPASE 链 A 300–349（50 aa）片段：ATPASE	突变：YES 突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 5MI 5-METHYL INDOLE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.59 Å R-free 0.212
4B3D Humanised monomeric RadA in complex with 5-methyl indole 提交 2012-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 108–287（180 aa）片段：ATPASE 链 C 300–349（50 aa）片段：ATPASE	突变：YES 突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 5MI 5-METHYL INDOLE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.59 Å R-free 0.212
4D6P RADA C-TERMINAL ATPASE DOMAIN FROM PYROCOCCUS FURIOSUS BOUND TO AMPPNP 提交 2014-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；60 MM NA2HPO4 PH 6.0, 15% PEG 1000	分辨率 1.48 Å R-free 0.239
4D6P RADA C-TERMINAL ATPASE DOMAIN FROM PYROCOCCUS FURIOSUS BOUND TO AMPPNP 提交 2014-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 108–349（242 aa）片段：C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；60 MM NA2HPO4 PH 6.0, 15% PEG 1000	分辨率 1.48 Å R-free 0.239
4UQO RADA C-TERMINAL ATPASE DOMAIN FROM PYROCOCCUS FURIOSUS BOUND TO ADP 提交 2014-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, RESIDUES 108-349	突变：YES	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；60 MM NAPHOSPHATE PH 5.8, 15% PEG1000	分辨率 1.88 Å R-free 0.231
4UQO RADA C-TERMINAL ATPASE DOMAIN FROM PYROCOCCUS FURIOSUS BOUND TO ADP 提交 2014-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 108–349（242 aa）片段：C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, RESIDUES 108-349	突变：YES	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；60 MM NAPHOSPHATE PH 5.8, 15% PEG1000	分辨率 1.88 Å R-free 0.231
5FOS HUMANISED MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH OLIGOMERISATION PEPTIDE 提交 2015-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349 链 C 93–108（16 aa）片段：OLIGOMERISATION PEPTIDE, UNP RESIDUES 93-108	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.35 Å R-free 0.181
5FOT HUMANISED MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH FHTU TETRAPEPTIDE 提交 2015-11-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.19 Å R-free 0.157
5FOU HUMANISED MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH FHPA TETRAPEPTIDE 提交 2015-11-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.50 Å R-free 0.192
5FOV HUMANISED MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH FHTG TETRAPEPTIDE 提交 2015-11-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.74 Å R-free 0.216
5FOV HUMANISED MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH FHTG TETRAPEPTIDE 提交 2015-11-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.74 Å R-free 0.216
5FOW HUMANISED MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH WHTA TETRAPEPTIDE 提交 2015-11-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.80 Å R-free 0.218
5FOW HUMANISED MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH WHTA TETRAPEPTIDE 提交 2015-11-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.80 Å R-free 0.218
5FOX HUMANISED MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH FHAA TETRAPEPTIDE 提交 2015-11-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.30 Å R-free 0.182
5FPK MONOMERIC RADA IN COMPLEX WITH FATA TETRAPEPTIDE 提交 2015-12-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–349（242 aa）片段：ATPASE, UNP RESIDUES 108-349	突变：YES	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；8% PEG-1000, 100 MM NAK PHOSPHATE, PH 6.2	分辨率 1.34 Å R-free 0.164
5J4H Structure of humanised RadA-mutant humRadA22F in complex with indole-6-carboxylic acid 提交 2016-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	突变：V168A, I169M, W170Y, I182L, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, K221M	1F1 1H-indole-6-carboxylic acid × 1 NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.08M NaCacodylate pH=6.5, 0.16M CaAcetate, 18% PEG 8000, 20% glycerol soaking: 10% DMSO, 5mM compound	分辨率 1.37 Å R-free 0.170
5J4K Structure of humanised RadA-mutant humRadA22F in complex with 1-Indane-6-carboxylic acid 提交 2016-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	突变：V168A, I169M, W170Y, I182L, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, K221M	NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 6FZ 2,3-dihydro-1H-indene-2-carboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.08M NaCacodylate pH=6.5, 0.16M CaAcetate, 18% PEG8000, 20%glycerol soaking: 10% DMSO, 5mM compound	分辨率 1.35 Å R-free 0.164
5J4L Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA22F 提交 2016-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	突变：V168A, I169M, W170Y, I182L, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, K221M	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.08M NaCacodylate, pH=6.5, 0.16M CaAcetate, 18% PEG8000, 20% glycerol	分辨率 1.13 Å R-free 0.145
5JEC Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA33F 提交 2016-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	突变：;S167K, V168A, I169M, W170Y, N175G, I182L, R183L, D192S, P193G D194S, E195D, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, E219S, K221M, I222M, K223V, V232Y ;	CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；22% PEG3350, 0.1M BisTris pH=5.0, 0.2M Li2SO4	分辨率 2.34 Å R-free 0.239
5JEC Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA33F 提交 2016-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 108–349（242 aa）	突变：;S167K, V168A, I169M, W170Y, N175G, I182L, R183L, D192S, P193G D194S, E195D, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, E219S, K221M, I222M, K223V, V232Y ;	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；22% PEG3350, 0.1M BisTris pH=5.0, 0.2M Li2SO4	分辨率 2.34 Å R-free 0.239
5JED Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA28 提交 2016-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	突变：;S167K, V168A, I169M, W170Y, I182L, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, K263R, H264F, A266R, D267M, L274E, Y275F ;	SO4 SULFATE ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.1M NaCacodylate pH=6.5, 5% PEG8000, 40% MPD	分辨率 1.33 Å R-free 0.171
5JEE Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA26F 提交 2016-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	突变：S167K, V168A, I169M, W170Y, I182L, R183L, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, E219S, K221M, I222M	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.1M NaAcetate pH=4.6, 15% PEG20K	分辨率 1.49 Å R-free 0.218
5JFG Structure of humanised RadA-mutant humRadA22F in complex with peptide FHTA 提交 2016-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 108–349（242 aa）片段：UNP residues 108-349	突变：YES	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.08M NaCacodylate pH=6.5, 0.16M CaAcetate, 18% PEG8000, 20% glycerol soaking: 5mM FHTA, 10% DMSO	分辨率 1.77 Å R-free 0.192
5KDD Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA22 提交 2016-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	突变：;V168A, I169M, W170Y, I182L, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, K263R, H264F, A266R, D267M, L274E, Y275F ;	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；20% PEG3350, 0.2M MgSO4	分辨率 1.99 Å R-free 0.250
5KDD Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA22 提交 2016-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 108–349（242 aa）	突变：;V168A, I169M, W170Y, I182L, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, K263R, H264F, A266R, D267M, L274E, Y275F ;	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；20% PEG3350, 0.2M MgSO4	分辨率 1.99 Å R-free 0.250
5L8V Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA4 提交 2016-06-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；12% PEG20K, 0.1 M MES pH 6.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.193
5LB2 Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA2 提交 2016-06-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；25% PEG6000, 100 mM MES pH 7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.252
5LB4 Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA14 提交 2016-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	突变：;V168A, I169M, W170Y, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, H264F, D267M, L274E, Y275F ;	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；25% PEG4000, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 1.98 Å R-free 0.260
5LBI Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA3 提交 2016-06-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；4-8% PEG1000, 100 mM Na/KPO4, pH 5.6	分辨率 1.43 Å R-free 0.193
6TUU Leishmania infantum Rad51 surrogate LiRadA10 in complex with 5,6,7,8-tetrahydro-2-naphthoic acid 提交 2020-01-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 NY5 5,6,7,8-tetrahydronaphthalene-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20 %w/v PEG 1K (Precipitant), 0.1 M Na K Phos 6.2 pH (Buffer), 0.2 M NaCl (Salt)	分辨率 1.74 Å R-free 0.230
6TUU Leishmania infantum Rad51 surrogate LiRadA10 in complex with 5,6,7,8-tetrahydro-2-naphthoic acid 提交 2020-01-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 108–349（242 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 NY5 5,6,7,8-tetrahydronaphthalene-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20 %w/v PEG 1K (Precipitant), 0.1 M Na K Phos 6.2 pH (Buffer), 0.2 M NaCl (Salt)	分辨率 1.74 Å R-free 0.230
6TUU Leishmania infantum Rad51 surrogate LiRadA10 in complex with 5,6,7,8-tetrahydro-2-naphthoic acid 提交 2020-01-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 108–349（242 aa）	未记录	NY5 5,6,7,8-tetrahydronaphthalene-2-carboxylic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20 %w/v PEG 1K (Precipitant), 0.1 M Na K Phos 6.2 pH (Buffer), 0.2 M NaCl (Salt)	分辨率 1.74 Å R-free 0.230
6TUU Leishmania infantum Rad51 surrogate LiRadA10 in complex with 5,6,7,8-tetrahydro-2-naphthoic acid 提交 2020-01-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 108–349（242 aa）	未记录	NY5 5,6,7,8-tetrahydronaphthalene-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；20 %w/v PEG 1K (Precipitant), 0.1 M Na K Phos 6.2 pH (Buffer), 0.2 M NaCl (Salt)	分辨率 1.74 Å R-free 0.230
6TV3 HumRadA1 in complex with 3-amino-2-naphthoic acid 提交 2020-01-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	未记录	NYE 3-azanylnaphthalene-2-carboxylic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；8% PEG-1000, 100 MM NA/K PHOSPHATE	分辨率 1.50 Å R-free 0.217
6TW3 HumRadA2 in complex with Naphthyl-HPA fragment-peptide chimera 提交 2020-01-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 O0E (2~{S})-1-[(2~{S})-2-[(3-azanylnaphthalen-2-yl)carbonylamino]-3-(1~{H}-imidazol-4-yl)propanoyl]-~{N}-[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-propan-2-yl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Na/K phosphate, 6 % PEG1000	分辨率 1.35 Å R-free 0.210
6TW4 HumRadA22F in complex with compound 6 提交 2020-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：humRadA22F	突变：;S167K, V168A, I169M, W170Y, N175G, I182L, R183L, D192S, P193G D194S, E195D, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, K263R, H264F, A266R, D267M, L274E, Y275F ;	NZW ~{N}-[2-[(2~{S})-2-[[(1~{S})-1-(4-methoxyphenyl)ethyl]carbamoyl]pyrrolidin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]quinoline-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；20% PEG8000, 0.08 M Na Cacodylate pH 6.5, 0.16M Ca acetate, 18% glycerol	分辨率 1.73 Å R-free 0.210
6TW9 HumRadA22F in complex with CAM833 提交 2020-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：humRadA22F	突变：;S167K, V168A, I169M, W170Y, N175G, I182L, R183L, D192S, P193G D194S, E195D, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, K263R, H264F, A266R, D267M, L274E, Y275F ;	O08 ~{N}-[2-[(2~{S},4~{R})-2-[[(1~{S})-1-(2-chloranyl-4-methoxy-phenyl)ethyl]carbamoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]-6-fluoranyl-quinoline-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；20% PEG8000, 0.08 M Na Cacodylate pH 6.5, 0.16M Ca acetate, 18% glycerol	分辨率 1.52 Å R-free 0.172
6XTW HumRadA33F in complex with peptidic inhibitor 6 提交 2020-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）片段：humRadA22F	突变：;S167K, V168A, I169M, W170Y, N175G, I182L, R183L, D192S, P193G D194S, E195D, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, K263R, H264F, A266R, D267M, L274E, Y275F ;	NZW ~{N}-[2-[(2~{S})-2-[[(1~{S})-1-(4-methoxyphenyl)ethyl]carbamoyl]pyrrolidin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]quinoline-2-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；22% PEG3350, 0.1 M BisTris pH5.0, 0.2 M LiSO4	分辨率 2.31 Å R-free 0.229
6XTW HumRadA33F in complex with peptidic inhibitor 6 提交 2020-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 108–349（242 aa）片段：humRadA22F	突变：;S167K, V168A, I169M, W170Y, N175G, I182L, R183L, D192S, P193G D194S, E195D, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, L213Q, V215L, Q216Y, E219S, D220A, K221M, I222M, K223V, L225S, V232Y, K263R, H264F, A266R, D267M, L274E, Y275F ;	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；22% PEG3350, 0.1 M BisTris pH5.0, 0.2 M LiSO4	分辨率 2.31 Å R-free 0.229
6XUF HumRadA1 in complex with 5-Ethyl-N-(1H-indol-5-ylmethyl)-1,3,4-thiadiazol-2-amine in P21 提交 2020-01-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 O1E 5-Ethyl-N-(1H-indol-5-ylmethyl)-1,3,4-thiadiazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；50 mM Na/K PHOSPHATE, 5% PEG1000	分辨率 1.24 Å R-free 0.186
6XUJ HumRadA1 in complex with 5-Ethyl-N-(1H-indol-5-ylmethyl)-1,3,4-thiadiazol-2-amine in P21212 提交 2020-01-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–349（242 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 O1E 5-Ethyl-N-(1H-indol-5-ylmethyl)-1,3,4-thiadiazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；50 mM Na/K Phosphate, 5% PEG1000	分辨率 1.54 Å R-free 0.205
8BR9 Stapled peptide SP24 in complex with humanised RadA mutant HumRadA22 提交 2022-11-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 107–349（243 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 RF6 4,6-diethylpyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M Na 3 Cit 4.2 pH (Buffer) 20 %w/v PEG 1K (Precipitant) 0.2 M Li 2 SO4 (Salt)	分辨率 1.63 Å R-free 0.282
8C3N Stapled peptide SP30 in complex with humanised RadA mutant HumRadA22 提交 2022-12-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 107–349（243 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 RF6 4,6-diethylpyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein: 0.5 mM SP30:HumRadA22 in 20 mM CHES pH 9.5, 100 mM NaCl, 20 mM ADP/MgCl 2 Condition: 14% w/v PEG 4000 (precipitant), 6% v/v MPD (precipitant), 0.1M Na K Phos pH 6.2 (buffer)	分辨率 1.21 Å R-free 0.218

共 44 个其他 PDB 条目、57 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	RADA_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–231； UniProt 107–349 作者链 B； PDB构建体 1–231； UniProt 107–349

Breast cancer type 2 susceptibility protein

Homo sapiens

UniProt P51587

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1226–1244 链 C； UniProt 2050–2064	未记录	DNA repair and recombination protein RadA × 1 （O74036） TKI 2-[(4,6-diethyl-1,3,5-triazin-2-yl)-methyl-amino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein in 20 mM CHES pH 9.5, 100 mM NaCl. Condition: 8 % w/v PEG 8000 (precipitant) 0.08 M Potassium phosphate pH 5.6 (buffer) 200:200 uL drop	分辨率 3.02 Å R-free 0.281
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1226–1244 链 J； UniProt 2050–2064	未记录	DNA repair and recombination protein RadA × 1 （O74036）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein in 20 mM CHES pH 9.5, 100 mM NaCl. Condition: 8 % w/v PEG 8000 (precipitant) 0.08 M Potassium phosphate pH 5.6 (buffer) 200:200 uL drop	分辨率 3.02 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8C3J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1N0W Crystal structure of a RAD51-BRCA2 BRC repeat complex 提交 2002-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1517–1551（35 aa）片段：BRC repeat type 4	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；ETHYLENE GLYCOL, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.206
3EU7 Crystal Structure of a PALB2 / BRCA2 complex 提交 2008-10-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 21–39（19 aa）片段：Interaction with PALB2, residues 21-39	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Na-Cacodylate pH 6.5, 0.2M magnesium acetate, 10% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.253
7BDX Armadillo domain of HSF2BP in complex with BRCA2 peptide 提交 2020-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 2291–2343（53 aa）链 F 2291–2343（53 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；PEG 3350 : 16% (w/v) Mes ph 6.0 100 mM MgCl2 100 mM	分辨率 2.60 Å R-free 0.241
7LDG Crystal structure of the MEILB2-BRCA2 complex 提交 2021-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 2271–2335（65 aa）片段：MEILB2-binding domain (aa2271-2335) 链 D 2271–2335（65 aa）片段：MEILB2-binding domain (aa2271-2335)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；289 K；0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 2 M lithium acetate	分辨率 2.56 Å R-free 0.231
8BR9 Stapled peptide SP24 in complex with humanised RadA mutant HumRadA22 提交 2022-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1226–1263（38 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 RF6 4,6-diethylpyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M Na 3 Cit 4.2 pH (Buffer) 20 %w/v PEG 1K (Precipitant) 0.2 M Li 2 SO4 (Salt)	分辨率 1.63 Å R-free 0.282
8C3N Stapled peptide SP30 in complex with humanised RadA mutant HumRadA22 提交 2022-12-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1215–1243（29 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 RF6 4,6-diethylpyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein: 0.5 mM SP30:HumRadA22 in 20 mM CHES pH 9.5, 100 mM NaCl, 20 mM ADP/MgCl 2 Condition: 14% w/v PEG 4000 (precipitant), 6% v/v MPD (precipitant), 0.1M Na K Phos pH 6.2 (buffer)	分辨率 1.21 Å R-free 0.218
8PBC RAD51 filament on ssDNA bound by the BRCA2 c-terminus 提交 2023-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：22-meric	链 L 3260–3308（49 aa）链 M 3260–3308（49 aa）链 N 3260–3308（49 aa）链 O 3260–3308（49 aa）链 P 3260–3308（49 aa）链 Q 3260–3308（49 aa）链 R 3260–3308（49 aa）链 S 3260–3308（49 aa）链 T 3260–3308（49 aa）链 U 3260–3308（49 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11 CA CALCIUM ION × 22	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.61 Å
8PBD RAD51 filament on dsDNA bound by the BRCA2 c-terminus 提交 2023-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 K 3260–3308（49 aa）链 L 3260–3308（49 aa）链 M 3260–3308（49 aa）链 N 3260–3308（49 aa）链 O 3260–3308（49 aa）链 P 3260–3308（49 aa）链 Q 3260–3308（49 aa）链 R 3260–3308（49 aa）链 S 3260–3308（49 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 10 CA CALCIUM ION × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.83 Å
8QQE Crystal structure of the complex between DMC1 and the PhePP domain of BRCA2 提交 2023-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 C 2398–2417（20 aa）链 D 2398–2417（20 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；0.1M MES at pH 6, 2.4 M sodium formate	分辨率 3.46 Å R-free 0.261
8R2G Crystal structure of a BRCA2-DMC1 complex 提交 2023-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 I 2400–2413（14 aa）链 J 2400–2413（14 aa）链 K 2400–2413（14 aa）链 L 2400–2413（14 aa）链 M 2400–2413（14 aa）链 N 2400–2413（14 aa）链 O 2400–2413（14 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.4, 50 mM MgCl2, 500 mM NaCl, 8 % PEG 3350, 20 % glycerol	分辨率 3.45 Å R-free 0.306
8UVW Crystal structure of RAD51-BRCA2 Cter complex 提交 2023-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1517–1547（31 aa）链 D 3270–3305（36 aa）	突变：C319S 突变：S208E,A209D,C3287A,C3304A,C391S	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% v/v 1,4-Dioxane 0.05 M MOPS pH 7.0 0.005 M Magnesium chloride hexahydrate 0.001 M Spermine	分辨率 2.73 Å R-free 0.282

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BRCA2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–19； UniProt 1226–1244 作者链 C； PDB构建体 22–36； UniProt 2050–2064 作者链 J； PDB构建体 1–19； UniProt 1226–1244 作者链 J； PDB构建体 22–36； UniProt 2050–2064

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8c3j
沉积日期 deposition_date	2022-12-26
结构标题 title	Stapled peptide SP2 in complex with humanised RadA mutant HumRadA22
关键词 keywords	Stapled peptide, Rad51, BRCA2, BRC repeat, RECOMBINATION; RECOMBINATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.19 Å
零角强度 I(0) i0	47085800.00
分子量 molecular_weight	52848.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66175 Å³
包络体积 envelope_volume	78517 Å³
水化壳体积 shell_volume	27657 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.0 Å
壳层 Rg shell_rg	30.59 Å
包络 Rg envelope_rg	23.31 Å
形状 Rg shape_rg	23.15 Å
总 Rg total_rg	24.17 Å
总原子数 total_atoms	3714
残基数 n_residues	477
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.6 Å
Rg (实空间) rg_real	24.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	47090000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7892
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	29.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.171
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.521
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9867000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.756; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair and recombination protein RadA
分子量 formula_weight	25542.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3714

MATIGRISTGSKSLDKLLGGGIETQAITEVFGEFGSGKTQLAHTLAVMVQLPPEEGGLNGSAMYIDTENTFRPERLREIAQNRGLDPDEVLDNVAYARAFNSNHQMQLLYQASAMMVESLNTDRPYKLLIVDSLTSHFRSEYIGRGALAERQQKLARFLRMLHRLANEFDIAVFVTNQVQANGGHILAHSATLRVYLRKGKGGKRIARLIDAPHLPEGEAVFSITEKGIED

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Breast cancer type 2 susceptibility protein
分子量 formula_weight	3687.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,J

KLNVSCEALQKACKLFSDIGSVNSSAFSGFSTASGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-[(4,6-diethyl-1,3,5-triazin-2-yl)-methyl-amino]ethanoic acid
分子量 formula_weight	224.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	112.560 Å
晶胞边长 b length_b	112.560 Å
晶胞边长 c length_c	140.785 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	3.020 Å
最低分辨率 resolution_low	87.920 Å
R 因子 r_factor	0.2503
R_work r_work	0.2487
R_free r_free	0.2806

fit	/app/data/saxs_computation/c3/8c3j/8c3j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c3/8c3j/8c3j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c3/8c3j/8c3j.dat

Stapled peptide SP2 in complex with humanised RadA mutant HumRadA22

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair and recombination protein RadA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Breast cancer type 2 susceptibility protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)