8c83

Cryo-EM structure of in vitro reconstituted Otu2-bound Ub-40S complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

OTU domain-containing protein 2

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	Ubiquitin × 1 （P05759） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S0-A × 1 （P32905） 40S ribosomal protein S2 × 1 （P25443） 40S ribosomal protein S4-A × 1 （P0CX35） 40S ribosomal protein S6-A × 1 （P0CX37） 40S ribosomal protein S7-A × 1 （P26786） 40S ribosomal protein S8-B × 1 （P0CX40） 40S ribosomal protein S9-A × 1 （O13516） 40S ribosomal protein S11-A × 1 （P0CX47） 40S ribosomal protein S13 × 1 （P05756） 40S ribosomal protein S21-A × 1 （P0C0V8） 40S ribosomal protein S22-A × 1 （P0C0W1） 40S ribosomal protein S23-A × 1 （P0CX29） 40S ribosomal protein S24-A × 1 （P0CX31） 40S ribosomal protein S27-A × 1 （P35997） 40S ribosomal protein S30-A × 1 （P0CX33）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	OTU2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 x； PDB构建体 1–307； UniProt 1–307

Ubiquitin

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P05759

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	OTU domain-containing protein 2 × 1 （P38747） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S0-A × 1 （P32905） 40S ribosomal protein S2 × 1 （P25443） 40S ribosomal protein S4-A × 1 （P0CX35） 40S ribosomal protein S6-A × 1 （P0CX37） 40S ribosomal protein S7-A × 1 （P26786） 40S ribosomal protein S8-B × 1 （P0CX40） 40S ribosomal protein S9-A × 1 （O13516） 40S ribosomal protein S11-A × 1 （P0CX47） 40S ribosomal protein S13 × 1 （P05756） 40S ribosomal protein S21-A × 1 （P0C0V8） 40S ribosomal protein S22-A × 1 （P0C0W1） 40S ribosomal protein S23-A × 1 （P0CX29） 40S ribosomal protein S24-A × 1 （P0CX31） 40S ribosomal protein S27-A × 1 （P35997） 40S ribosomal protein S30-A × 1 （P0CX33）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS31_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 y； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

40S ribosomal protein S0-A

物种未注明

UniProt P32905

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	OTU domain-containing protein 2 × 1 （P38747） Ubiquitin × 1 （P05759） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S2 × 1 （P25443） 40S ribosomal protein S4-A × 1 （P0CX35） 40S ribosomal protein S6-A × 1 （P0CX37） 40S ribosomal protein S7-A × 1 （P26786） 40S ribosomal protein S8-B × 1 （P0CX40） 40S ribosomal protein S9-A × 1 （O13516） 40S ribosomal protein S11-A × 1 （P0CX47） 40S ribosomal protein S13 × 1 （P05756） 40S ribosomal protein S21-A × 1 （P0C0V8） 40S ribosomal protein S22-A × 1 （P0C0W1） 40S ribosomal protein S23-A × 1 （P0CX29） 40S ribosomal protein S24-A × 1 （P0CX31） 40S ribosomal protein S27-A × 1 （P35997） 40S ribosomal protein S30-A × 1 （P0CX33）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RSSA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–252； UniProt 1–252

40S ribosomal protein S2

物种未注明

UniProt P25443

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	OTU domain-containing protein 2 × 1 （P38747） Ubiquitin × 1 （P05759） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S0-A × 1 （P32905） 40S ribosomal protein S4-A × 1 （P0CX35） 40S ribosomal protein S6-A × 1 （P0CX37） 40S ribosomal protein S7-A × 1 （P26786） 40S ribosomal protein S8-B × 1 （P0CX40） 40S ribosomal protein S9-A × 1 （O13516） 40S ribosomal protein S11-A × 1 （P0CX47） 40S ribosomal protein S13 × 1 （P05756） 40S ribosomal protein S21-A × 1 （P0C0V8） 40S ribosomal protein S22-A × 1 （P0C0W1） 40S ribosomal protein S23-A × 1 （P0CX29） 40S ribosomal protein S24-A × 1 （P0CX31） 40S ribosomal protein S27-A × 1 （P35997） 40S ribosomal protein S30-A × 1 （P0CX33）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254

40S ribosomal protein S4-A

物种未注明

UniProt P0CX35

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	OTU domain-containing protein 2 × 1 （P38747） Ubiquitin × 1 （P05759） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S0-A × 1 （P32905） 40S ribosomal protein S2 × 1 （P25443） 40S ribosomal protein S6-A × 1 （P0CX37） 40S ribosomal protein S7-A × 1 （P26786） 40S ribosomal protein S8-B × 1 （P0CX40） 40S ribosomal protein S9-A × 1 （O13516） 40S ribosomal protein S11-A × 1 （P0CX47） 40S ribosomal protein S13 × 1 （P05756） 40S ribosomal protein S21-A × 1 （P0C0V8） 40S ribosomal protein S22-A × 1 （P0C0W1） 40S ribosomal protein S23-A × 1 （P0CX29） 40S ribosomal protein S24-A × 1 （P0CX31） 40S ribosomal protein S27-A × 1 （P35997） 40S ribosomal protein S30-A × 1 （P0CX33）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS4A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–261； UniProt 1–261

40S ribosomal protein S6-A

物种未注明

UniProt P0CX37

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	OTU domain-containing protein 2 × 1 （P38747） Ubiquitin × 1 （P05759） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S0-A × 1 （P32905） 40S ribosomal protein S2 × 1 （P25443） 40S ribosomal protein S4-A × 1 （P0CX35） 40S ribosomal protein S7-A × 1 （P26786） 40S ribosomal protein S8-B × 1 （P0CX40） 40S ribosomal protein S9-A × 1 （O13516） 40S ribosomal protein S11-A × 1 （P0CX47） 40S ribosomal protein S13 × 1 （P05756） 40S ribosomal protein S21-A × 1 （P0C0V8） 40S ribosomal protein S22-A × 1 （P0C0W1） 40S ribosomal protein S23-A × 1 （P0CX29） 40S ribosomal protein S24-A × 1 （P0CX31） 40S ribosomal protein S27-A × 1 （P35997） 40S ribosomal protein S30-A × 1 （P0CX33）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS6A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–236； UniProt 1–236

40S ribosomal protein S7-A

物种未注明

UniProt P26786

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	OTU domain-containing protein 2 × 1 （P38747） Ubiquitin × 1 （P05759） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S0-A × 1 （P32905） 40S ribosomal protein S2 × 1 （P25443） 40S ribosomal protein S4-A × 1 （P0CX35） 40S ribosomal protein S6-A × 1 （P0CX37） 40S ribosomal protein S8-B × 1 （P0CX40） 40S ribosomal protein S9-A × 1 （O13516） 40S ribosomal protein S11-A × 1 （P0CX47） 40S ribosomal protein S13 × 1 （P05756） 40S ribosomal protein S21-A × 1 （P0C0V8） 40S ribosomal protein S22-A × 1 （P0C0W1） 40S ribosomal protein S23-A × 1 （P0CX29） 40S ribosomal protein S24-A × 1 （P0CX31） 40S ribosomal protein S27-A × 1 （P35997） 40S ribosomal protein S30-A × 1 （P0CX33）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS7A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–190； UniProt 1–190

40S ribosomal protein S8-B

物种未注明

UniProt P0CX40

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	OTU domain-containing protein 2 × 1 （P38747） Ubiquitin × 1 （P05759） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S0-A × 1 （P32905） 40S ribosomal protein S2 × 1 （P25443） 40S ribosomal protein S4-A × 1 （P0CX35） 40S ribosomal protein S6-A × 1 （P0CX37） 40S ribosomal protein S7-A × 1 （P26786） 40S ribosomal protein S9-A × 1 （O13516） 40S ribosomal protein S11-A × 1 （P0CX47） 40S ribosomal protein S13 × 1 （P05756） 40S ribosomal protein S21-A × 1 （P0C0V8） 40S ribosomal protein S22-A × 1 （P0C0W1） 40S ribosomal protein S23-A × 1 （P0CX29） 40S ribosomal protein S24-A × 1 （P0CX31） 40S ribosomal protein S27-A × 1 （P35997） 40S ribosomal protein S30-A × 1 （P0CX33）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS8B_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 1–200； UniProt 1–200

40S ribosomal protein S9-A

物种未注明

UniProt O13516

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	OTU domain-containing protein 2 × 1 （P38747） Ubiquitin × 1 （P05759） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S0-A × 1 （P32905） 40S ribosomal protein S2 × 1 （P25443） 40S ribosomal protein S4-A × 1 （P0CX35） 40S ribosomal protein S6-A × 1 （P0CX37） 40S ribosomal protein S7-A × 1 （P26786） 40S ribosomal protein S8-B × 1 （P0CX40） 40S ribosomal protein S11-A × 1 （P0CX47） 40S ribosomal protein S13 × 1 （P05756） 40S ribosomal protein S21-A × 1 （P0C0V8） 40S ribosomal protein S22-A × 1 （P0C0W1） 40S ribosomal protein S23-A × 1 （P0CX29） 40S ribosomal protein S24-A × 1 （P0CX31） 40S ribosomal protein S27-A × 1 （P35997） 40S ribosomal protein S30-A × 1 （P0CX33）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS9A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 W； PDB构建体 1–197； UniProt 1–197

40S ribosomal protein S11-A

物种未注明

UniProt P0CX47

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	OTU domain-containing protein 2 × 1 （P38747） Ubiquitin × 1 （P05759） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S0-A × 1 （P32905） 40S ribosomal protein S2 × 1 （P25443） 40S ribosomal protein S4-A × 1 （P0CX35） 40S ribosomal protein S6-A × 1 （P0CX37） 40S ribosomal protein S7-A × 1 （P26786） 40S ribosomal protein S8-B × 1 （P0CX40） 40S ribosomal protein S9-A × 1 （O13516） 40S ribosomal protein S13 × 1 （P05756） 40S ribosomal protein S21-A × 1 （P0C0V8） 40S ribosomal protein S22-A × 1 （P0C0W1） 40S ribosomal protein S23-A × 1 （P0CX29） 40S ribosomal protein S24-A × 1 （P0CX31） 40S ribosomal protein S27-A × 1 （P35997） 40S ribosomal protein S30-A × 1 （P0CX33）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS11A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–156； UniProt 1–156

40S ribosomal protein S13

物种未注明

UniProt P05756

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	OTU domain-containing protein 2 × 1 （P38747） Ubiquitin × 1 （P05759） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S0-A × 1 （P32905） 40S ribosomal protein S2 × 1 （P25443） 40S ribosomal protein S4-A × 1 （P0CX35） 40S ribosomal protein S6-A × 1 （P0CX37） 40S ribosomal protein S7-A × 1 （P26786） 40S ribosomal protein S8-B × 1 （P0CX40） 40S ribosomal protein S9-A × 1 （O13516） 40S ribosomal protein S11-A × 1 （P0CX47） 40S ribosomal protein S21-A × 1 （P0C0V8） 40S ribosomal protein S22-A × 1 （P0C0W1） 40S ribosomal protein S23-A × 1 （P0CX29） 40S ribosomal protein S24-A × 1 （P0CX31） 40S ribosomal protein S27-A × 1 （P35997） 40S ribosomal protein S30-A × 1 （P0CX33）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS13_YEAST
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 1–151； UniProt 1–151

40S ribosomal protein S21-A

物种未注明

UniProt P0C0V8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	OTU domain-containing protein 2 × 1 （P38747） Ubiquitin × 1 （P05759） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S0-A × 1 （P32905） 40S ribosomal protein S2 × 1 （P25443） 40S ribosomal protein S4-A × 1 （P0CX35） 40S ribosomal protein S6-A × 1 （P0CX37） 40S ribosomal protein S7-A × 1 （P26786） 40S ribosomal protein S8-B × 1 （P0CX40） 40S ribosomal protein S9-A × 1 （O13516） 40S ribosomal protein S11-A × 1 （P0CX47） 40S ribosomal protein S13 × 1 （P05756） 40S ribosomal protein S22-A × 1 （P0C0W1） 40S ribosomal protein S23-A × 1 （P0CX29） 40S ribosomal protein S24-A × 1 （P0CX31） 40S ribosomal protein S27-A × 1 （P35997） 40S ribosomal protein S30-A × 1 （P0CX33）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS21A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–87； UniProt 1–87

40S ribosomal protein S22-A

物种未注明

UniProt P0C0W1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	OTU domain-containing protein 2 × 1 （P38747） Ubiquitin × 1 （P05759） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S0-A × 1 （P32905） 40S ribosomal protein S2 × 1 （P25443） 40S ribosomal protein S4-A × 1 （P0CX35） 40S ribosomal protein S6-A × 1 （P0CX37） 40S ribosomal protein S7-A × 1 （P26786） 40S ribosomal protein S8-B × 1 （P0CX40） 40S ribosomal protein S9-A × 1 （O13516） 40S ribosomal protein S11-A × 1 （P0CX47） 40S ribosomal protein S13 × 1 （P05756） 40S ribosomal protein S21-A × 1 （P0C0V8） 40S ribosomal protein S23-A × 1 （P0CX29） 40S ribosomal protein S24-A × 1 （P0CX31） 40S ribosomal protein S27-A × 1 （P35997） 40S ribosomal protein S30-A × 1 （P0CX33）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS22A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 b； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

40S ribosomal protein S23-A

物种未注明

UniProt P0CX29

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	OTU domain-containing protein 2 × 1 （P38747） Ubiquitin × 1 （P05759） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S0-A × 1 （P32905） 40S ribosomal protein S2 × 1 （P25443） 40S ribosomal protein S4-A × 1 （P0CX35） 40S ribosomal protein S6-A × 1 （P0CX37） 40S ribosomal protein S7-A × 1 （P26786） 40S ribosomal protein S8-B × 1 （P0CX40） 40S ribosomal protein S9-A × 1 （O13516） 40S ribosomal protein S11-A × 1 （P0CX47） 40S ribosomal protein S13 × 1 （P05756） 40S ribosomal protein S21-A × 1 （P0C0V8） 40S ribosomal protein S22-A × 1 （P0C0W1） 40S ribosomal protein S24-A × 1 （P0CX31） 40S ribosomal protein S27-A × 1 （P35997） 40S ribosomal protein S30-A × 1 （P0CX33）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS23A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	15
链与序列区间	作者链 c； PDB构建体 1–145； UniProt 1–145

40S ribosomal protein S24-A

物种未注明

UniProt P0CX31

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	OTU domain-containing protein 2 × 1 （P38747） Ubiquitin × 1 （P05759） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S0-A × 1 （P32905） 40S ribosomal protein S2 × 1 （P25443） 40S ribosomal protein S4-A × 1 （P0CX35） 40S ribosomal protein S6-A × 1 （P0CX37） 40S ribosomal protein S7-A × 1 （P26786） 40S ribosomal protein S8-B × 1 （P0CX40） 40S ribosomal protein S9-A × 1 （O13516） 40S ribosomal protein S11-A × 1 （P0CX47） 40S ribosomal protein S13 × 1 （P05756） 40S ribosomal protein S21-A × 1 （P0C0V8） 40S ribosomal protein S22-A × 1 （P0C0W1） 40S ribosomal protein S23-A × 1 （P0CX29） 40S ribosomal protein S27-A × 1 （P35997） 40S ribosomal protein S30-A × 1 （P0CX33）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS24A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	16
链与序列区间	作者链 d； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135

40S ribosomal protein S27-A

物种未注明

UniProt P35997

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	OTU domain-containing protein 2 × 1 （P38747） Ubiquitin × 1 （P05759） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S0-A × 1 （P32905） 40S ribosomal protein S2 × 1 （P25443） 40S ribosomal protein S4-A × 1 （P0CX35） 40S ribosomal protein S6-A × 1 （P0CX37） 40S ribosomal protein S7-A × 1 （P26786） 40S ribosomal protein S8-B × 1 （P0CX40） 40S ribosomal protein S9-A × 1 （O13516） 40S ribosomal protein S11-A × 1 （P0CX47） 40S ribosomal protein S13 × 1 （P05756） 40S ribosomal protein S21-A × 1 （P0C0V8） 40S ribosomal protein S22-A × 1 （P0C0W1） 40S ribosomal protein S23-A × 1 （P0CX29） 40S ribosomal protein S24-A × 1 （P0CX31） 40S ribosomal protein S30-A × 1 （P0CX33）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS27A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	17
链与序列区间	作者链 f； PDB构建体 1–82； UniProt 1–82

40S ribosomal protein S30-A

物种未注明

UniProt P0CX33

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 17 RNA 1	OTU domain-containing protein 2 × 1 （P38747） Ubiquitin × 1 （P05759） 18S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S0-A × 1 （P32905） 40S ribosomal protein S2 × 1 （P25443） 40S ribosomal protein S4-A × 1 （P0CX35） 40S ribosomal protein S6-A × 1 （P0CX37） 40S ribosomal protein S7-A × 1 （P26786） 40S ribosomal protein S8-B × 1 （P0CX40） 40S ribosomal protein S9-A × 1 （O13516） 40S ribosomal protein S11-A × 1 （P0CX47） 40S ribosomal protein S13 × 1 （P05756） 40S ribosomal protein S21-A × 1 （P0C0V8） 40S ribosomal protein S22-A × 1 （P0C0W1） 40S ribosomal protein S23-A × 1 （P0CX29） 40S ribosomal protein S24-A × 1 （P0CX31） 40S ribosomal protein S27-A × 1 （P35997）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS30A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	18
链与序列区间	作者链 g； PDB构建体 1–63； UniProt 1–63

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8c83
沉积日期 deposition_date	2023-01-18
结构标题 title	Cryo-EM structure of in vitro reconstituted Otu2-bound Ub-40S complex
关键词 keywords	40S, Ubiquitin, Deubiquitinating enzyme, Otu2, Rps7, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8c83__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8c83__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8c83__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	58.91 Å
Rg（电子密度）	59.38 Å
总 Rg	59.30 Å
原子数	45803
残基数	3902
排除体积	723990 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8c83__assembly_1__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	OTU domain-containing protein 2
分子量 formula_weight	36157.0 kDa
突变 mutation	C178S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	x
原子数 atom_count	45803

MTGMESGENLENMEDILARHRKENKDLQNKITGMKKQATKSKRKEVNSKCLDLQDKLKTKQENEIRDWKIANNEVFDAEQEDEVTPEKLLEQLSISRDEKEQQNVPVQQQQQGQTKKRRNRQKERLAKRDAAIAKMKEEAALEASKQPDLKKMEQESIDQLCELKKLKQFDIQPDGHSLFASILDQLKLRHDPKKLDQDMDVMKLRWLSCNYVQEHRDDFIPYLFDEETMKMKDIDEYTKEMEHTAQWGGEIEILALSHVFDCPISILMSGRPIQVYNECGKNPELKLVYYKHSYALGEHYNSLHDS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escharichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	y

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	18S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	579871.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	2

UAUCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAGCAAUUUAUACAGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUCGUUUAUUUGAUAGUUCCUUUACUACAUGGUAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCUUAAAAUCUCGACCCUUUGGAAGAGAUGUAUUUAUUAGAUAAAAAAUCAAUGUCUUCGGACUCUUUGAUGAUUCAUAAUAACUUUUCGAAUCGCAUGGCCUUGUGCUGGCGAUGGUUCAUUCAAAUUUCUGCCCUAUCAACUUUCGAUGGUAGGAUAGUGGCCUACCAUGGUUUCAACGGGUAACGGGGAAUAAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUAAUUCAGGGAGGUAGUGACAAUAAAUAACGAUACAGGGCCCAUUCGGGUCUUGUAAUUGGAAUGAGUACAAUGUAAAUACCUUAACGAGGAACAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGAACUUUGGGCCCGGUUGGCCGGUCCGAUUUUUUCGUGUACUGGAUUUCCAACGGGGCCUUUCCUUCUGGCUAACCUUGAGUCCUUGUGGCUCUUGGCGAACCAGGACUUUUACUUUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCGUAUUGCUCGAAUAUAUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACGUUUGGUUCUAUUUUGUUGGUUUCUAGGACCAUCGUAAUGAUUAAUAGGGACGGUCGGGGGCAUCAGUAUUCAAUUGUCAGAGGUGAAAUUCUUGGAUUUAUUGAAGACUAACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGACGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGAUCGAAGAUGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUAACCAUAAACUAUGCCGACUAGGGAUCGGGUGGUGUUUUUUUAAUGACCCACUCGGCACCUUACGAGAAAUCAAAGUCUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCGCCACGUCCAGACACAAUAAGGAUUGACCGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUUUGUGGCUGGUAGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGCUUAAUUGCGAGAAGGAAGGGCAACUUAACCAUCUACAGAGCGGUGCUAGAAUUUGCUGGUUAUCCACUUCUUAGAGGGACUAUCGGUUUCAAGCCGAUGGAAGUUAGAGGAACUAACAAGUCUGUAAUGCCCUUAGAGGUUCUGGGCCGUACGCGUGCAACACUGACGGAGCCAGCGAGUCUAACCUUGGCCGAGAGGUCUUGGUAAUCUUGUGAAACUCCGUCGUGCUGGGGAUAGAGCAUUGUAAUUAUUGCUCUUCAACGAGGAAUUCCUAGUAAGCGCAAGUCAUCAGCUUGCGUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUAGUACCGAUUGAAUGGCUUAGUGAGGCCUCAGGAUCUGCUUAGAGAAGGGGGCAACUCCAUCUCAGAGCGGAGAAUUUGGACAAACUUGGUCAUUUAGAGGAACUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	40S ribosomal protein S0-A
分子量 formula_weight	28051.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MSLPATFDLTPEDAQLLLAANTHLGARNVQVHQEPYVFNARPDGVHVINVGKTWEKLVLAARIIAAIPNPEDVVAISSRTFGQRAVLKFAAHTGATPIAGRFTPGSFTNYITRSFKEPRLVIVTDPRSDAQAIKEASYVNIPVIALTDLDSPSEFVDVAIPCNNRGKHSIGLIWYLLAREVLRLRGALVDRTQPWSIMPDLYFYRDPEEVEQQVAEEATTEEAGEEEAKEEVTEEQAEATEWAEENADNVEW

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	40S ribosomal protein S2
分子量 formula_weight	27490.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MSAPEAQQQKRGGFGGRNRGRPNRRGPRNTEEKGWVPVTKLGRLVKAGKITTIEEIFLHSLPVKEFQIIDTLLPGLQDEVMNIKPVQKQTRAGQRTRFKAVVVVGDSNGHVGLGIKTAKEVAGAIRAGIIIAKLSVIPIRRGYWGTNLGQPHSLATKTTGKCGSVTVRLIPAPRGSGIVASPAVKKLLQLAGVEDVYTQSNGKTRTLENTLKAAFVAIGNTYGFLTPNLWAEQPLPVSPLDIYSDEASAQKKRF

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	40S ribosomal protein S4-A
分子量 formula_weight	29469.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MARGPKKHLKRLAAPHHWLLDKLSGCYAPRPSAGPHKLRESLPLIVFLRNRLKYALNGREVKAILMQRHVKVDGKVRTDTTYPAGFMDVITLDATNENFRLVYDVKGRFAVHRITDEEASYKLGKVKKVQLGKKGVPYVVTHDGRTIRYPDPNIKVNDTVKIDLASGKITDFIKFDAGKLVYVTGGRNLGRIGTIVHKERHDGGFDLVHIKDSLDNTFVTRLNNVFVIGEQGKPYISLPKGKGIKLSIAEERDRRRAQQGL

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	40S ribosomal protein S6-A
分子量 formula_weight	27054.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MKLNISYPVNGSQKTFEIDDEHRIRVFFDKRIGQEVDGEAVGDEFKGYVFKISGGNDKQGFPMKQGVLLPTRIKLLLTKNVSCYRPRRDGERKRKSVRGAIVGPDLAVLALVIVKKGEQELEGLTDTTVPKRLGPKRANNIRKFFGLSKEDDVRDFVIRREVTKGEKTYTKAPKIQRLVTPQRLQRKRHQRALKVRNAQAQREAAAEYAQLLAKRLSERKAEKAEIRKRRASSLKA

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	40S ribosomal protein S7-A
分子量 formula_weight	21658.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MSAPQAKILSQAPTELELQVAQAFVELENSSPELKAELRPLQFKSIREIDVAGGKKALAIFVPVPSLAGFHKVQTKLTRELEKKFQDRHVIFLAERRILPKPSRTSRQVQKRPRSRTLTAVHDKILEDLVFPTEIVGKRVRYLVGGNKIQKVLLDSKDVQQIDYKLESFQAVYNKLTGKQIVFEIPSETH

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	40S ribosomal protein S8-B
分子量 formula_weight	22537.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

MGISRDSRHKRSATGAKRAQFRKKRKFELGRQPANTKIGAKRIHSVRTRGGNKKYRALRIETGNFSWASEGISKKTRIAGVVYHPSNNELVRTNTLTKAAIVQIDATPFRQWFEAHYGQTLGKKKNVKEEETVAKSKNAERKWAARAASAKIESSVESQFSAGRLYACISSRPGQSGRCDGYILEGEELAFYLRRLTAKK

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	40S ribosomal protein S9-A
分子量 formula_weight	22487.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

MPRAPRTYSKTYSTPKRPYESSRLDAELKLAGEFGLKNKKEIYRISFQLSKIRRAARDLLTRDEKDPKRLFEGNALIRRLVRVGVLSEDKKKLDYVLALKVEDFLERRLQTQVYKLGLAKSVHHARVLITQRHIAVGKQIVNIPSFMVRLDSEKHIDFAPTSPFGGARPGRVARRNAARKAEASGEAADEADEADEE

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	40S ribosomal protein S11-A
分子量 formula_weight	17785.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MSTELTVQSERAFQKQPHIFNNPKVKTSKRTKRWYKNAGLGFKTPKTAIEGSYIDKKCPFTGLVSIRGKILTGTVVSTKMHRTIVIRRAYLHYIPKYNRYEKRHKNVPVHVSPAFRVQVGDIVTVGQCRPISKTVRFNVVKVSAAAGKANKQFAKF

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	40S ribosomal protein S13
分子量 formula_weight	17059.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MGRMHSAGKGISSSAIPYSRNAPAWFKLSSESVIEQIVKYARKGLTPSQIGVLLRDAHGVTQARVITGNKIMRILKSNGLAPEIPEDLYYLIKKAVSVRKHLERNRKDKDAKFRLILIESRIHRLARYYRTVAVLPPNWKYESATASALVN

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	40S ribosomal protein S21-A
分子量 formula_weight	9758.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MENDKGQLVELYVPRKCSATNRIIKADDHASVQINVAKVDEEGRAIPGEYVTYALSGYVRSRGESDDSLNRLAQNDGLLKNVWSYSR

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	40S ribosomal protein S22-A
分子量 formula_weight	14650.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MTRSSVLADALNAINNAEKTGKRQVLIRPSSKVIIKFLQVMQKHGYIGEFEYIDDHRSGKIVVQLNGRLNKCGVISPRFNVKIGDIEKWTANLLPARQFGYVILTTSAGIMDHEEARRKHVSGKILGFVY

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	40S ribosomal protein S23-A
分子量 formula_weight	16073.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MGKGKPRGLNSARKLRVHRRNNRWAENNYKKRLLGTAFKSSPFGGSSHAKGIVLEKLGIESKQPNSAIRKCVRVQLIKNGKKVTAFVPNDGCLNFVDENDEVLLAGFGRKGKAKGDIPGVRFKVVKVSGVSLLALWKEKKEKPRS

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	40S ribosomal protein S24-A
分子量 formula_weight	15362.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MSDAVTIRTRKVISNPLLARKQFVVDVLHPNRANVSKDELREKLAEVYKAEKDAVSVFGFRTQFGGGKSVGFGLVYNSVAEAKKFEPTYRLVRYGLAEKVEKASRQQRKQKKNRDKKIFGTGKRLAKKVARRNAD

实体 17 Entity 17 polymer

描述 description	40S ribosomal protein S27-A
分子量 formula_weight	8893.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f

MVLVQDLLHPTAASEARKHKLKTLVQGPRSYFLDVKCPGCLNITTVFSHAQTAVTCESCSTILCTPTGGKAKLSEGTSFRRK

实体 18 Entity 18 polymer

描述 description	40S ribosomal protein S30-A
分子量 formula_weight	7137.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

MAKVHGSLARAGKVKSQTPKVEKTEKPKKPKGRAYKRLLYTRRFVNVTLVNGKRRMNPGPSVQ

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8c83P01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10490 — Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1

结构域编号 domain_id	8c83x01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	8c83y01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	31646

Cryo-EM structure of in vitro reconstituted Otu2-bound Ub-40S complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

OTU domain-containing protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

40S ribosomal protein S0-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

40S ribosomal protein S2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

40S ribosomal protein S4-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

40S ribosomal protein S6-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

40S ribosomal protein S7-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

40S ribosomal protein S8-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

40S ribosomal protein S9-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

40S ribosomal protein S11-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体