SAXSdb — 8c9h

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aquaporin-7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–342 链 B； UniProt 1–342 链 C； UniProt 1–342 链 D； UniProt 1–342 链 E； UniProt 1–342 链 F； UniProt 1–342 链 G； UniProt 1–342 链 H； UniProt 1–342	未记录	T60 ethyl 4-[(4-pyrazol-1-ylphenyl)methylcarbamoylamino]benzoate × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；3s blot, 3s wait, 0s drain time, 0 blot force	分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8C9H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6KXW Crystal structure of human aquaporin AQP7 in bound to glycerol 提交 2019-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–342（342 aa）链 B 1–342（342 aa）链 C 1–342（342 aa）链 D 1–342（342 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；30% v/v PEG 400, 50mM CAPS, pH 10.0, 0.16% w/v 1,5-Naphthalenedisulfonic acid disodium, 0.16% w/v Naphthalene-1,3,6-trisulfonic acid trisodium, 0.16% 1,4-piperazinediethanesulfonic acid	分辨率 3.70 Å R-free 0.322
6N1G Crystal structure of Aquaglyceroporin AQP7 提交 2018-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–342（342 aa）链 C 1–342（342 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；30% w/v polyethylene glycol 400, 100 mM MOPS pH 7.0, 100 mM NaCl.	分辨率 4.00 Å R-free 0.277
6N1G Crystal structure of Aquaglyceroporin AQP7 提交 2018-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–342（342 aa）链 D 1–342（342 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；30% w/v polyethylene glycol 400, 100 mM MOPS pH 7.0, 100 mM NaCl.	分辨率 4.00 Å R-free 0.277
6QZI Crystal structure of human Aquaporin 7 at 1.9 A resolution 提交 2019-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 33–279（247 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 56 PO4 PHOSPHATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；85 mM Tris pH 8.0, 37 % v/v PEG 200 and 0.80 % v/v OG	分辨率 1.90 Å R-free 0.195
6QZJ Crystal structure of human Aquaporin 7 at 2.2 A resolution 提交 2019-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 33–279（247 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 44 PO4 PHOSPHATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；85 mM Tris pH 8.0, 37 % v/v PEG 200 and 0.80 % v/v OG	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
8AMW AQP7 dimer of tetramers_C1 提交 2022-08-04	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–342（342 aa）链 B 1–342（342 aa）链 C 1–342（342 aa）链 D 1–342（342 aa）链 E 1–342（342 aa）链 F 1–342（342 aa）链 G 1–342（342 aa）链 H 1–342（342 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3s blot, 3s wait, 0s drain time, 0 blot force	分辨率 3.00 Å
8AMX AQP7 dimer of tetramers_D4 提交 2022-08-04	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–342（342 aa）链 B 1–342（342 aa）链 C 1–342（342 aa）链 D 1–342（342 aa）链 E 1–342（342 aa）链 F 1–342（342 aa）链 G 1–342（342 aa）链 H 1–342（342 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3s blot, 3s wait, 0s drain time, 0 blot force	分辨率 2.55 Å
8Y8V Cryo-EM structure of AQP7 in POPC nanodisc 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–342（342 aa）	未记录	P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
8Y8V Cryo-EM structure of AQP7 in POPC nanodisc 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–342（342 aa）	未记录	P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
8Y8V Cryo-EM structure of AQP7 in POPC nanodisc 提交 2024-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–342（342 aa）	未记录	P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AQP7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 B； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 C； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 D； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 E； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 F； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 G； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342 作者链 H； PDB构建体 1–342； UniProt 1–342

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8c9h
沉积日期 deposition_date	2023-01-22
结构标题 title	AQP7_inhibitor
关键词 keywords	aquaglyceroporin, glycerol channel, dimer of tetramers, inhibitor, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.85 Å
零角强度 I(0) i0	619733000.00
分子量 molecular_weight	223170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	286660 Å³
包络体积 envelope_volume	365190 Å³
水化壳体积 shell_volume	73903 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.7 Å
壳层 Rg shell_rg	47.54 Å
包络 Rg envelope_rg	39.09 Å
形状 Rg shape_rg	39.84 Å
总 Rg total_rg	40.32 Å
总原子数 total_atoms	15776
残基数 n_residues	2024
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.4 Å
Rg (实空间) rg_real	40.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1200e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	619800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8965
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.241
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.474
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	84340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.930

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	16851

描述 description	Aquaporin-7
分子量 formula_weight	37264.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	15776

AQP7_inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aquaporin-7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

描述 description	ethyl 4-[(4-pyrazol-1-ylphenyl)methylcarbamoylamino]benzoate
分子量 formula_weight	364.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

fit	/app/data/saxs_computation/c9/8c9h/8c9h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c9/8c9h/8c9h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c9/8c9h/8c9h.dat