8ca4

Cryo-EM structure NDUFS4 knockout complex I from Mus musculus heart (Class 2 N-domain).

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial × 1 （Q91YT0） NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial × 1 （Q91VD9） NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 × 1 （Q9CQ75） NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial × 1 （Q8BK30） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NDUV2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248

NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

物种未注明

UniProt Q91YT0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial × 1 （Q9D6J6） NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial × 1 （Q91VD9） NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 × 1 （Q9CQ75） NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial × 1 （Q8BK30） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NDUV1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–464； UniProt 1–464

NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial

物种未注明

UniProt Q91VD9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial × 1 （Q9D6J6） NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial × 1 （Q91YT0） NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 × 1 （Q9CQ75） NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial × 1 （Q8BK30） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NDUS1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–727； UniProt 1–727

NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

物种未注明

UniProt Q9CQ75

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial × 1 （Q9D6J6） NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial × 1 （Q91YT0） NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial × 1 （Q91VD9） NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial × 1 （Q8BK30） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NDUA2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial

物种未注明

UniProt Q8BK30

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial × 1 （Q9D6J6） NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial × 1 （Q91YT0） NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial × 1 （Q91VD9） NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 × 1 （Q9CQ75） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NDUV3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 s； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ca4
沉积日期 deposition_date	2023-01-24
结构标题 title	Cryo-EM structure NDUFS4 knockout complex I from Mus musculus heart (Class 2 N-domain).
关键词 keywords	NADH ubiquinone oxidoreductase, Complex I, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8ca4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8ca4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8ca4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.45 Å
Rg（电子密度）	38.51 Å
总 Rg	38.47 Å
原子数	11113
残基数	1439
排除体积	198050 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8ca4__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	27318.3 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	11113

MFSLALRARATGLAAQWGRHARNLHKTAVHNGAGGALFVHRDTPENNPDTPFDFTPENYKRIEAIVKNYPEGHQAAAVLPVLDLAQRQNGWLPISAMNKVAEVLQVPPMRVYEVATFYTMYNRKPVGKYHIQVCTTTPCMLRDSDSILETLQRKLGIKVGETTPDKLFTLIEVECLGACVNAPMVQINDNYYEDLTPKDIEEIIDELKAGKVPKPGPRSGRFCCEPAGGLTSLTEPPKGPGFGVQAGL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	50904.2 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MLAARHFLGGLVPVRVSVRFSSGTTAPKKTSFGSLKDEDRIFTNLYGRHDWRLKGALRRGDWYKTKEILLKGPDWILGEMKTSGLRGRGGAGFPTGLKWSFMNKPSDGRPKYLVVNADEGEPGTCKDREIMRHDPHKLVEGCLVGGRAMGARAAYIYIRGEFYNEASNLQVAIREAYEAGLIGKNACGSDYDFDVFVVRGAGAYICGEETALIESIEGKQGKPRLKPPFPADVGVFGCPTTVANVETVAVSPTICRRGGTWFAGFGRERNSGTKLFNISGHVNHPCTVEEEMSVPLKELIEKHAGGVTGGWDNLLAVIPGGSSTPLIPKSVCETVLMDFDALVQAQTGLGTAAVIVMDRSTDIVKAIARLIEFYKHESCGQCTPCREGVDWMNKVMARFVKGDARPAEIDSLWEISKQIEGHTICALGDGAAWPVQGLIRHFRPELEDRMQRFAQQHRAWQAAS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
分子量 formula_weight	79866.7 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MLRIPIKRALIGLSNSPKGYVRTTGTAASNLIEVFVDGQSVMVEPGTTVLQACEKVGMQIPRFCYHERLSVAGNCRMCLVEIEKAPKVVAACAMPVMKGWNILTNSEKSKKAREGVMEFLLANHPLDCPICDQGGECDLQDQSMMFGSDRSRFLEGKRAVEDKNIGPLVKTIMTRCIQCTRCIRFASEIAGVDDLGTTGRGNDMQVGTYIEKMFMSELSGNVIDICPVGALTSKPYAFTARPWETRKTESIDVMDAVGSNIVVSTRTGEVMRILPRMHEDINEEWISDKTRFAYDGLKRQRLTEPMVRNEKGLLTYTSWEDALSRVAGMLQNFEGNAVAAIAGGLVDAEALVALKDLLNKVDSDNLCTEEIFPTEGAGTDLRSNYLLNTTIAGVEEADVVLLVGTNPRFEAPLFNARIRKSWLHNDLKVALIGSPVDLTYRYDHLGDSPKILQDIASGRHSFCEVLKDAKKPMVVLGSSALQRDDGAAILVAVSNMVQKIRVTTGVAAEWKVMNILHRIASQVAALDLGYKPGVEAIRKNPPKMLFLLGADGGCITRQDLPKDCFIVYQGHHGDVGAPMADVILPGAAYTEKSATYVNTEGRAQQTKVAVTPPGLAREDWKIIRALSEIAGITLPYDTLDQVRNRLEEVSPNLVRYDDIEETNYFQQASELAKLVNQEVLADPLVPPQLTIKDFYMTDSISRASQTMAKCVKAVTEGAQAVEEPSIC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
分子量 formula_weight	10932.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MAAAAASRAVGAKLGLREIRVHLCQRSPGSQGVRDFIVQRYVELKKAHPNLPILIRECSEVQPKLWARYAFGQEKTVSLNNLSADEVTRAMQNVLSGKA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
分子量 formula_weight	11833.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	s

MAVSLLLRGGRIRALKAVLLEARVFPGELVSVVRLSTESEKSAKEKELHPKTQSVLKEPEPTDTTTYKNLQHHDYNTYTFLDLNLDLSKFRLPQPSSGRESPRH

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.25 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	50914

Cryo-EM structure NDUFS4 knockout complex I from Mus musculus heart (Class 2 N-domain).

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ca4__assembly_1__model_1

8ca4__assembly_1__model_1 | I(q)

8ca4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)