8cf8

Eravacycline bound to the 30S head

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S rRNA × 1 Small ribosomal subunit protein uS3 × 1 （P0A7V3） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P02359） Small ribosomal subunit protein uS9 × 1 （P0A7X3） Small ribosomal subunit protein uS10 × 1 （P0A7R5） Small ribosomal subunit protein uS13 × 1 （P0A7S9） Small ribosomal subunit protein uS14 × 1 （P0AG59） Small ribosomal subunit protein uS19 × 1 （P0A7U3） Eravacycline × 1 MAGNESIUM ION × 32 POTASSIUM ION × 12 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS2_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241

Small ribosomal subunit protein uS3

物种未注明

UniProt P0A7V3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P0A7V0） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P02359） Small ribosomal subunit protein uS9 × 1 （P0A7X3） Small ribosomal subunit protein uS10 × 1 （P0A7R5） Small ribosomal subunit protein uS13 × 1 （P0A7S9） Small ribosomal subunit protein uS14 × 1 （P0AG59） Small ribosomal subunit protein uS19 × 1 （P0A7U3） Eravacycline × 1 MAGNESIUM ION × 32 POTASSIUM ION × 12 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS3_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233

30S ribosomal protein S7

物种未注明

UniProt P02359

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P0A7V0） Small ribosomal subunit protein uS3 × 1 （P0A7V3） Small ribosomal subunit protein uS9 × 1 （P0A7X3） Small ribosomal subunit protein uS10 × 1 （P0A7R5） Small ribosomal subunit protein uS13 × 1 （P0A7S9） Small ribosomal subunit protein uS14 × 1 （P0AG59） Small ribosomal subunit protein uS19 × 1 （P0A7U3） Eravacycline × 1 MAGNESIUM ION × 32 POTASSIUM ION × 12 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS7_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179

Small ribosomal subunit protein uS9

物种未注明

UniProt P0A7X3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P0A7V0） Small ribosomal subunit protein uS3 × 1 （P0A7V3） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P02359） Small ribosomal subunit protein uS10 × 1 （P0A7R5） Small ribosomal subunit protein uS13 × 1 （P0A7S9） Small ribosomal subunit protein uS14 × 1 （P0AG59） Small ribosomal subunit protein uS19 × 1 （P0A7U3） Eravacycline × 1 MAGNESIUM ION × 32 POTASSIUM ION × 12 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS9_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

Small ribosomal subunit protein uS10

物种未注明

UniProt P0A7R5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P0A7V0） Small ribosomal subunit protein uS3 × 1 （P0A7V3） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P02359） Small ribosomal subunit protein uS9 × 1 （P0A7X3） Small ribosomal subunit protein uS13 × 1 （P0A7S9） Small ribosomal subunit protein uS14 × 1 （P0AG59） Small ribosomal subunit protein uS19 × 1 （P0A7U3） Eravacycline × 1 MAGNESIUM ION × 32 POTASSIUM ION × 12 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS10_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Small ribosomal subunit protein uS13

物种未注明

UniProt P0A7S9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P0A7V0） Small ribosomal subunit protein uS3 × 1 （P0A7V3） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P02359） Small ribosomal subunit protein uS9 × 1 （P0A7X3） Small ribosomal subunit protein uS10 × 1 （P0A7R5） Small ribosomal subunit protein uS14 × 1 （P0AG59） Small ribosomal subunit protein uS19 × 1 （P0A7U3） Eravacycline × 1 MAGNESIUM ION × 32 POTASSIUM ION × 12 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS13_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

Small ribosomal subunit protein uS14

物种未注明

UniProt P0AG59

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P0A7V0） Small ribosomal subunit protein uS3 × 1 （P0A7V3） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P02359） Small ribosomal subunit protein uS9 × 1 （P0A7X3） Small ribosomal subunit protein uS10 × 1 （P0A7R5） Small ribosomal subunit protein uS13 × 1 （P0A7S9） Small ribosomal subunit protein uS19 × 1 （P0A7U3） Eravacycline × 1 MAGNESIUM ION × 32 POTASSIUM ION × 12 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS14_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101

Small ribosomal subunit protein uS19

物种未注明

UniProt P0A7U3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16S rRNA × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （P0A7V0） Small ribosomal subunit protein uS3 × 1 （P0A7V3） 30S ribosomal protein S7 × 1 （P02359） Small ribosomal subunit protein uS9 × 1 （P0A7X3） Small ribosomal subunit protein uS10 × 1 （P0A7R5） Small ribosomal subunit protein uS13 × 1 （P0A7S9） Small ribosomal subunit protein uS14 × 1 （P0AG59） Eravacycline × 1 MAGNESIUM ION × 32 POTASSIUM ION × 12 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS19_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–92； UniProt 1–92

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8cf8
沉积日期 deposition_date	2023-02-03
结构标题 title	Eravacycline bound to the 30S head
关键词 keywords	Antibiotic, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8cf8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8cf8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8cf8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.40 Å
Rg（电子密度）	42.63 Å
总 Rg	42.67 Å
原子数	18643
残基数	1559
排除体积	297190 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8cf8__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	16S rRNA
分子量 formula_weight	499197.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	19324

AAAUUGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGAAGAAGCUUGCUUCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGGGAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCUUCGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAGCUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGACCAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGCCCUUCGGGUUGUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGGAGUAAAGUUAAUACCUUUGCUCAUUGACGUUACCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGCACGCAGGCGGUUUGUUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACUGCAUCUGAUACUGGCAAGCUUGAGUCUCGUAGAGGGGGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACCGGUGGCGAAGGCGGCCCCCUGGACGAAGACUGACGCUCAGGUGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCGACUUGGAGGUUGUGCCCUUGAGGCGUGGCUUCCGGAGCUAACGCGUUAAGUCGACCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUUCAGAGAUGAGAAUGUGCCUUCGGGAACCGUGAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCCUUUGUUGCCAGCGGUCCGGCCGGGAACUCAAAGGAGACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGACCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUAGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCACCUCCU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S2
分子量 formula_weight	26781.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MATVSMRDMLKAGVHFGHQTRYWNPKMKPFIFGARNKVHIINLEKTVPMFNEALAELNKIASRKGKILFVGTKRAASEAVKDAALSCDQFFVNHRWLGGMLTNWKTVRQSIKRLKDLETQSQDGTFDKLTKKEALMRTRELEKLENSLGGIKDMGGLPDALFVIDADHEHIAIKEANNLGIPVFAIVDTNSDPDGVDFVIPGNDDAIRAVTLYLGAVAATVREGRSQDLASQAEESFVEAE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS3
分子量 formula_weight	26031.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGQKVHPNGIRLGIVKPWNSTWFANTKEFADNLDSDFKVRQYLTKELAKASVSRIVIERPAKSIRVTIHTARPGIVIGKKGEDVEKLRKVVADIAGVPAQINIAEVRKPELDAKLVADSITSQLERRVMFRRAMKRAVQNAMRLGAKGIKVEVSGRLGGAEIARTEWYREGRVPLHTLRADIDYNTSEAHTTYGVIGVKVWIFKGEILGGMAAVEQPEKPAAQPKKQQRKGRK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S7
分子量 formula_weight	20055.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MPRRRVIGQRKILPDPKFGSELLAKFVNILMVDGKKSTAESIVYSALETLAQRSGKSELEAFEVALENVRPTVEVKSRRVGGSTYQVPVEVRPVRRNALAMRWIVEAARKRGDKSMALRLANELSDAAENKGTAVKKREDVHRMAEANKAFAHYRWLSLRSFSHQAGASSKQPALGYLN

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS9
分子量 formula_weight	14886.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MAENQYYGTGRRKSSAARVFIKPGNGKIVINQRSLEQYFGRETARMVVRQPLELVDMVEKLDLYITVKGGGISGQAGAIRHGITRALMEYDESLRSELRKAGFVTRDARQVERKKVGLRKARRRPQFSKR

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS10
分子量 formula_weight	11755.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MQNQRIRIRLKAFDHRLIDQATAEIVETAKRTGAQVRGPIPLPTRKERFTVLISPHVNKDARDQYEIRTHLRLVDIVEPTEKTVDALMRLDLAAGVDVQISLG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS13
分子量 formula_weight	13128.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MARIAGINIPDHKHAVIALTSIYGVGKTRSKAILAAAGIAEDVKISELSEGQIDTLRDEVAKFVVEGDLRREISMSIKRLMDLGCYRGLRHRRGLPVRGQRTKTNARTRKGPRKPIKK

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS14
分子量 formula_weight	11606.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MAKQSMKAREVKRVALADKYFAKRAELKAIISDVNASDEDRWNAVLKLQTLPRDSSPSRQRNRCRQTGRPHGFLRKFGLSRIKVREAAMRGEIPGLKKASW

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS19
分子量 formula_weight	10455.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MPRSLKKGPFIDLHLLKKVEKAVESGDKKPLRTWSRRSTIFPNMIGLTIAVHNGRQHVPVFVTDEMVGHKLGEFAPTRTYRGHAADKKAKKK

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	Eravacycline
分子量 formula_weight	558.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	32

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 13 Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	681

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8cf8B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	610 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	8cf8G01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	455 — Ribosomal Protein S7
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein S7/S5

结构域编号 domain_id	8cf8M01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	159.740 Å
R 因子 r_factor	0.2726
R_work r_work	0.2726
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	275137

Eravacycline bound to the 30S head

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ribosomal subunit protein uS3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ribosomal subunit protein uS9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ribosomal subunit protein uS10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ribosomal subunit protein uS13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ribosomal subunit protein uS14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ribosomal subunit protein uS19

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8cf8__assembly_1__model_1

8cf8__assembly_1__model_1 | I(q)

8cf8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer