8cwr

Complex structure of WhiB3 and the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera in space group R3

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Redox- and pH-responsive transcriptional regulator WhiB3

Mycobacterium tuberculosis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–90	未记录	RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 3 （P9WGI1,P9WGY9） SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 SO4 SULFATE ION × 6 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 NI NICKEL (II) ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；10-20 mM NiCl2, 0.8-1.0 M Li2SO4	分辨率 1.50 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8CWR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8CWT Complex structure of WhiB3 and the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera in space group P43212 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–90（90 aa）链 C 1–90（90 aa）链 E 1–90（90 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 SO4 SULFATE ION × 25 NI NICKEL (II) ION × 7 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；10-20 mM NiCl2, 0.8-1.0 M Li2SO4	分辨率 1.35 Å R-free 0.174
8CYF WhiB3 bound to SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera and DNA 提交 2022-05-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–102（102 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Ca(Ac)2, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, 10%~13% PEG8000	分辨率 2.44 Å R-free 0.251

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	WHIB3_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–90； UniProt 1–90

RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Mycobacterium tuberculosis

UniProt P9WGI1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 446–528	未记录	Redox- and pH-responsive transcriptional regulator WhiB3 × 3 （P9WF41） SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 SO4 SULFATE ION × 6 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 NI NICKEL (II) ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；10-20 mM NiCl2, 0.8-1.0 M Li2SO4	分辨率 1.50 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8CWR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5UH5 Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 3 nt of RNA 提交 2017-01-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；400 ul 50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 3.75 Å R-free 0.248
5UH6 Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 2ntRNA in complex with Rifampin 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 3.84 Å R-free 0.264
5UH8 Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 4nt RNA 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 4.18 Å R-free 0.257
5UH9 Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 2nt RNA 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.3, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 4.40 Å R-free 0.332
5UHA Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 3.91 Å R-free 0.279
5UHB Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex in complex with Rifampin 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 4.29 Å R-free 0.267
5UHC Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 3nt RNA in complex with Rifampin 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.5, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 3.80 Å R-free 0.267
5UHD Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 4nt RNA in complex with Rifampin 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 4.01 Å R-free 0.264
5UHE Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex in complex with D-AAP1 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 88G Nalpha-(benzenecarbonyl)-N-(2-methylphenyl)-D-phenylalaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.3, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 4.04 Å R-free 0.259
5UHF Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex in complex with D-IX336 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 88D N-(2-methylphenyl)-Nalpha-(selenophene-2-carbonyl)-D-phenylalaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.4, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 4.34 Å R-free 0.267
5UHG Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex in complex with D-AAP1 and Rifampin 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 88G Nalpha-(benzenecarbonyl)-N-(2-methylphenyl)-D-phenylalaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 3.97 Å R-free 0.260
6FBV Single particle cryo em structure of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase in complex with Fidaxomicin 提交 2017-12-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 FI8 Fidaxomicin × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；3.5 microliter 1 microM Mtb RNAP-Lpm and 50 microMolar Lpm in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 75 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5 mM dithiothreitol, and 0.1% n-octyl-beta-D-glucopyranoside cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.52 Å R-free 0.331
6ONO Complex structure of WhiB1 and region 4 of SigA in C2221 space group 提交 2019-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 417–528（112 aa）片段：region 4 (UNP residues 417-528)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM magnesium chloride, 25% PEG3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6ONO Complex structure of WhiB1 and region 4 of SigA in C2221 space group 提交 2019-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 417–528（112 aa）片段：region 4 (UNP residues 417-528)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM magnesium chloride, 25% PEG3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6ONU Complex structure of WhiB1 and region 4 of SigA in P21 space group. 提交 2019-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 417–528（112 aa）片段：region 4 (UNP residues 417-528)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM magnesium chloride, 25% PEG3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.235
6ONU Complex structure of WhiB1 and region 4 of SigA in P21 space group. 提交 2019-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 417–528（112 aa）片段：region 4 (UNP residues 417-528)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM magnesium chloride, 25% PEG3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.235
6ONU Complex structure of WhiB1 and region 4 of SigA in P21 space group. 提交 2019-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 417–528（112 aa）片段：region 4 (UNP residues 417-528)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM magnesium chloride, 25% PEG3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.235
6ONU Complex structure of WhiB1 and region 4 of SigA in P21 space group. 提交 2019-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 417–528（112 aa）片段：region 4 (UNP residues 417-528)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；100 mM Bis-Tris, pH 5.5, 200 mM magnesium chloride, 25% PEG3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.235
8CWT Complex structure of WhiB3 and the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera in space group P43212 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 446–528（83 aa）链 D 446–528（83 aa）链 F 446–528（83 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 SO4 SULFATE ION × 25 NI NICKEL (II) ION × 7 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；10-20 mM NiCl2, 0.8-1.0 M Li2SO4	分辨率 1.35 Å R-free 0.174
8D5V WhiB6 bound to the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera 提交 2022-06-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 446–528（83 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Na Citrate pH 5.5, 20% PEG3000	分辨率 1.80 Å R-free 0.231
8D5V WhiB6 bound to the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera 提交 2022-06-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 446–528（83 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Na Citrate pH 5.5, 20% PEG3000	分辨率 1.80 Å R-free 0.231
8HIH Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex with transcription factor GlnR 提交 2022-11-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.66 Å
9KET Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with two PhoP molecules(composite map) 提交 2024-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
9KEU Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with four PhoP molecules (composite map) 提交 2024-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9KEV Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with six PhoP molecules (composite map) 提交 2024-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SIGA_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 9–91； UniProt 446–528

RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Mycobacterium tuberculosis

UniProt P9WGY9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 815–829	未记录	Redox- and pH-responsive transcriptional regulator WhiB3 × 3 （P9WF41） SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 SO4 SULFATE ION × 6 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 NI NICKEL (II) ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；10-20 mM NiCl2, 0.8-1.0 M Li2SO4	分辨率 1.50 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8CWR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5UH5 Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 3 nt of RNA 提交 2017-01-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；400 ul 50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 3.75 Å R-free 0.248
5UH6 Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 2ntRNA in complex with Rifampin 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 3.84 Å R-free 0.264
5UH8 Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 4nt RNA 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 4.18 Å R-free 0.257
5UH9 Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 2nt RNA 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.3, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 4.40 Å R-free 0.332
5UHA Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 3.91 Å R-free 0.279
5UHB Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex in complex with Rifampin 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 4.29 Å R-free 0.267
5UHC Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 3nt RNA in complex with Rifampin 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.5, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 3.80 Å R-free 0.267
5UHD Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex containing 4nt RNA in complex with Rifampin 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 4.01 Å R-free 0.264
5UHE Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex in complex with D-AAP1 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 88G Nalpha-(benzenecarbonyl)-N-(2-methylphenyl)-D-phenylalaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.3, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 4.04 Å R-free 0.259
5UHF Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex in complex with D-IX336 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 88D N-(2-methylphenyl)-Nalpha-(selenophene-2-carbonyl)-D-phenylalaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.4, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 4.34 Å R-free 0.267
5UHG Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex in complex with D-AAP1 and Rifampin 提交 2017-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 88G Nalpha-(benzenecarbonyl)-N-(2-methylphenyl)-D-phenylalaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, and 10% PEG3350	分辨率 3.97 Å R-free 0.260
5ZX2 Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase transcription initiation complex with ECF sigma factor sigma H and 7nt RNA 提交 2018-05-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 7–1178（1172 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；2% Tacsimate pH 5.0, 0.1 M Sodium citrate pH5.6, 16 % PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
5ZX3 Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase holoenzyme with ECF sigma factor sigma H 提交 2018-05-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 7–1178（1172 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；0.2 M NaAc, 0.1 M sodium citrate pH5.5, 10% PEG4000	分辨率 2.75 Å R-free 0.258
6DV9 Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex(ECF sigma factor L) containing 5nt RNA with 4nt spacer 提交 2018-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.5, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000	分辨率 3.80 Å R-free 0.232
6DVB Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex(ECF sigma factor L) containing 5nt RNA with 5nt spacer 提交 2018-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.7, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000	分辨率 3.80 Å R-free 0.241
6DVC Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex(ECF sigma factor L) containing 5nt RNA with 6nt spacer 提交 2018-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 6.0, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000	分辨率 3.30 Å R-free 0.235
6DVD Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex(ECF sigma factor L) with 6 nt spacer and bromine labelled in position "-11 提交 2018-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 6.2, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000	分辨率 3.90 Å R-free 0.246
6DVE Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex(ECF selenomethionine-labelled sigma factor L) with 6 nt spacer 提交 2018-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.5, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000	分辨率 3.81 Å R-free 0.248
6FBV Single particle cryo em structure of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase in complex with Fidaxomicin 提交 2017-12-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 FI8 Fidaxomicin × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；3.5 microliter 1 microM Mtb RNAP-Lpm and 50 microMolar Lpm in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 75 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5 mM dithiothreitol, and 0.1% n-octyl-beta-D-glucopyranoside cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.52 Å R-free 0.331
6JCX Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex with ECF sigma factor sigma H and 6nt RNA 提交 2019-01-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 7–1178（1172 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.08M Magnesium acetate, 0.05M sodium cacodylate pH 6.5, 15% PEG 400	分辨率 2.90 Å R-free 0.256
6JCY Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase transcription initiation open complex with a chimeric ECF sigma factor sigH/E 提交 2019-01-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 7–1178（1172 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2M sodium acetate, 0.1M sodium citrate pH 5.5, 10% PEG4000	分辨率 3.11 Å R-free 0.238
6KON Mycobacterium tuberculosis initial transcription complex comprising sigma H and 5'-OH RNA of 5 nt 提交 2019-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 7–1178（1172 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.08 M Magnesium acetate, 0.05 M sodium cacodylate pH 6.5, 10% PEG 400	分辨率 3.00 Å R-free 0.271
6KOO Mycobacterium tuberculosis initial transcription complex comprising sigma H and 5'-OH RNA of 7 nt 提交 2019-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 7–1178（1172 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.08 M Magnesium acetate, 0.05 M sodium cacodylate pH 6.5, 15% PEG 400	分辨率 2.80 Å R-free 0.248
6KOP Mycobacterium tuberculosis initial transcription complex comprising sigma H and 5'-OH RNA of 9 nt 提交 2019-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 7–1178（1172 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.008 M magnesium acetate, 0.05 M sodium cacodylate pH6.5, 14% PEG 400	分辨率 3.30 Å R-free 0.255
6KOQ Mycobacterium tuberculosis initial transcription complex comprising sigma H and 5'-OH RNA of 10 nt 提交 2019-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 7–1178（1172 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.08 M magnesium acetate, 0.05 M sodium cacodylated pH 6.5, 15% PEG 400	分辨率 3.35 Å R-free 0.260
7PP4 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase holoenzyme comprising sigma factor SigB 提交 2021-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 c 6–1178（1173 aa）	突变：L2E3G4C5 -> V	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
7Q4U Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase holoenzyme octamer comprising sigma factor SigB 提交 2021-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 BA 6–1178（1173 aa）链 C 6–1178（1173 aa）链 HA 6–1178（1173 aa）链 I 6–1178（1173 aa）链 NA 6–1178（1173 aa）链 O 6–1178（1173 aa）链 TA 6–1178（1173 aa）链 V 6–1178（1173 aa）	突变：L2E3G4C5 -> V 突变：L2E3G4C5 -> V 突变：L2E3G4C5 -> V 突变：L2E3G4C5 -> V 突变：L2E3G4C5 -> V 突变：L2E3G4C5 -> V 突变：L2E3G4C5 -> V 突变：L2E3G4C5 -> V	ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.39 Å
7Q59 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase holoenzyme dimer comprising sigma factor SigB 提交 2021-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 6–1178（1173 aa）链 c 6–1178（1173 aa）	突变：L2E3G4C5 -> V 突变：L2E3G4C5 -> V	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.36 Å
7Z8Q Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase core 提交 2022-03-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 c 6–1178（1173 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.08 Å
8CWT Complex structure of WhiB3 and the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera in space group P43212 提交 2022-05-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 815–829（15 aa）链 D 815–829（15 aa）链 F 815–829（15 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 SO4 SULFATE ION × 25 NI NICKEL (II) ION × 7 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；10-20 mM NiCl2, 0.8-1.0 M Li2SO4	分辨率 1.35 Å R-free 0.174
8D5V WhiB6 bound to the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera 提交 2022-06-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 815–829（15 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Na Citrate pH 5.5, 20% PEG3000	分辨率 1.80 Å R-free 0.231
8D5V WhiB6 bound to the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera 提交 2022-06-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 815–829（15 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Na Citrate pH 5.5, 20% PEG3000	分辨率 1.80 Å R-free 0.231
8EHQ Mycobacterium tuberculosis paused transcription complex with Bacillus subtilis NusG 提交 2022-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4-5 seconds before plunging in liquid ethane	分辨率 3.00 Å
8EJ3 M. tuberculosis RNAP pause escaped complex with Bacillus subtilis NusG and GMPCPP 提交 2022-09-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4-5 seconds before plunging in liquid ethane	分辨率 3.13 Å
8EOE Mycobacterium tuberculosis transcription elongation complex with Bacillus subtilis NusG (EC_LG) 提交 2022-10-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4-5 seconds before plunging in liquid ethane	分辨率 3.20 Å
8EOF Mycobacterium tuberculosis transcription elongation complex with Bacillus subtilis NusG (EC_PG) 提交 2022-10-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4-5 seconds before plunging in liquid ethane	分辨率 3.30 Å
8EOS M. tuberculosis RNAP elongation complex with NusG and CMPCPP 提交 2022-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	2TM 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4-5 seconds before plunging in liquid ethane	分辨率 3.10 Å
8EOT M. tuberculosis RNAP elongation complex with NusG 提交 2022-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4-5 seconds before plunging in liquid ethane	分辨率 3.30 Å
8EXY M. tuberculosis RNAP paused complex with B. subtilis NusG and GMPCPP 提交 2022-10-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4-5 seconds before plunging in liquid ethane	分辨率 3.20 Å
8HIH Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription initiation complex with transcription factor GlnR 提交 2022-11-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.66 Å
9FJP Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis sigma-B RNA polymerase bound to -10 promoter element ssDNA oligo 提交 2024-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 c 6–1178（1173 aa）	突变：L2E3G4C5I6 -> V	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；8 mM CHAPSO added before vitrificaion cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9FJR Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis sigma-B RNA polymerase bound to -10 promoter element ssDNA oligo - sigma-B docked conformation 提交 2024-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 c 6–1178（1173 aa）	突变：L2E3G4C5I6 -> V	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；8 mM CHAPSO added before vitrificaion cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
9FJS Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis sigma-B RNA polymerase bound to -10 promoter element ssDNA oligo - sigma-B undocked conformation 提交 2024-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 c 6–1178（1173 aa）	突变：L2E3G4C5I6 -> V	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；8 mM CHAPSO added before vitrificaion cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.48 Å
9JI2 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with unphosphated PhoP 提交 2024-09-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
9JI3 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with two PhoP molecules 提交 2024-09-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
9JI4 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with four PhoP molecules 提交 2024-09-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
9JI5 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with six PhoP molecules 提交 2024-09-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9KET Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with two PhoP molecules(composite map) 提交 2024-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
9KEU Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with four PhoP molecules (composite map) 提交 2024-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9KEV Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with six PhoP molecules (composite map) 提交 2024-11-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
9M98 Structural Basis of Pausing During Transcription Initiation in Mycobacterium tuberculosis 提交 2025-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 C 7–1178（1172 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å
9M9D Structural Basis of Pausing During Transcription Initiation in Mycobacterium tuberculosis 提交 2025-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
9M9E Structural Basis of Pausing During Transcription Initiation in Mycobacterium tuberculosis 提交 2025-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
9MRQ Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase elongation complex bound to inhibitor N-aroyl-N-aryl-phenylalanine amide (AAP)-SO2 提交 2025-01-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric	链 C 1–1178（1178 aa）	未记录	A1BNV N-[2-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thiomorpholin-4-yl)phenyl]-Nalpha-(2-fluorobenzoyl)-D-phenylalaninamide × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å

共 53 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOB_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 98–112； UniProt 815–829

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8cwr
沉积日期 deposition_date	2022-05-19
结构标题 title	Complex structure of WhiB3 and the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera in space group R3
关键词 keywords	redox sensor, transcriptional factor, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.56 Å
零角强度 I(0) i0	11498800.00
分子量 molecular_weight	22777.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27451 Å³
包络体积 envelope_volume	34496 Å³
水化壳体积 shell_volume	16192 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.7 Å
壳层 Rg shell_rg	24.26 Å
包络 Rg envelope_rg	18.95 Å
形状 Rg shape_rg	18.54 Å
总 Rg total_rg	19.44 Å
总原子数 total_atoms	1570
残基数 n_residues	194
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.8 Å
Rg (实空间) rg_real	19.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1500e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8766
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.276
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.337
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1462000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.832; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.936; Smooth: 0.958

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Redox- and pH-responsive transcriptional regulator WhiB3
分子量 formula_weight	10268.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1689

MPQPEQLPGPNADIWNWQLQGLCRGMDSSMFFHPDGERGRARTQREQRAKEMCRRCPVIEACRSHALEVGEPYGVWGGLSESERDLLLKG

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	12650.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAHHHHHHVAVDAVSFTLLQDQLQSVLDTLSEREAGVVRLRFGLTDGQPRTLDEIGQVYGVTRERIRQIESKTMSKLRHPSRSQVLRDYLDGSSGSGTPEERLLRAIFGEKA

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	105

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8cwrB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	120.809 Å
晶胞边长 b length_b	120.809 Å
晶胞边长 c length_c	31.758 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	34.870 Å
R 因子 r_factor	0.1843
R_work r_work	0.1828
R_free r_free	0.2122

fit	/app/data/saxs_computation/cw/8cwr/8cwr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cw/8cwr/8cwr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cw/8cwr/8cwr.dat

Complex structure of WhiB3 and the SigmaAr4-RNAP Beta flap tip chimera in space group R3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Redox- and pH-responsive transcriptional regulator WhiB3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA polymerase sigma factor SigA,DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)