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8ddd

Intramembrane recognition between transmembrane domains of IL-9R and common gamma chain

Method: SOLUTION NMR Dmax: 70.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytokine receptor common subunit gamma

Mus musculus

UniProt P34902

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 253–286 片段：Transmembrane domain, residues 253-286 突变：M271V, C282F Interleukin-9 receptor × 1 （Q01114） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 1 NMR样品组成：0.4 mM 15N, 13C, 85%2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 40 mM DMPC, 100 mM DH6PC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.4 mM 15N, 13C, 85%2H Transmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit, 40 mM DMPC, 100 mM DH6PC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.4 mM 13C Transmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit, 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 80 mM deuterated DMPC, 200 mM deuterated DH6PC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.4 mM 13C Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit, 80 mM deuterated DMPC, 200 mM deuterated DH6PC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.4 mM 13C Transmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit, 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 80 mM deuterated DMPC, 200 mM deuterated DH6PC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8DDD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6DG5 Structure of a de novo designed Interleukin-2/Interleukin-15 mimetic complex with IL-2Rb and IL-2Rg 提交 2018-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 56–254（199 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.091 M Tris pH 7.5 8 mM imidazole pH 8.0 4.2% DEXTRAN SULFATE 50 mM sodium citrate 2.2 M ammonium sulfate
分辨率 2.52 Å R-free 0.266
8DDC Intramembrane recognition between transmembrane domains of IL-7R and common gamma chain 提交 2022-06-17 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 253–286（34 aa） 片段：Transmembrane domain, residues 253-286
突变：M271V, C282F 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 1
NMR样品组成 0.4 mM 15N, 13C, 85%2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 40 mM DMPC, 100 mM DH6PC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.4 mM 15N, 13C, 85%2H Transmembrane domain of the Interleukin-7 receptor alpha subunit, 40 mM DMPC, 100 mM DH6PC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 0.4 mM 13C Transmembrane domain of the Interleukin-7 receptor alpha subunit, 40 mM deuterated DMPC (deuterated), 100 mM deuterated DH6PC (deuterated), 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the Interleukin-7 receptor alpha subunit, 0.4 mM 13C Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 40 mM deuterated DMPC (deuterated), 100 mM deuterated DH6PC (deuterated), 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.4 mM 15N, 13C Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 0.4 mM 15N, 13C Transmembrane domain of the Interleukin-7 receptor alpha subunit, 40 mM deuterated DMPC (deuterated), 100 mM deuterated DH6PC (deuterated), 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL2RG_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–34； UniProt 253–286

Interleukin-9 receptor

Mus musculus

UniProt Q01114

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 268–298 片段：Transmembrane domain, residues 268-298 Cytokine receptor common subunit gamma × 1 （P34902） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 1 NMR样品组成：0.4 mM 15N, 13C, 85%2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 40 mM DMPC, 100 mM DH6PC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.4 mM 15N, 13C, 85%2H Transmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit, 40 mM DMPC, 100 mM DH6PC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.4 mM 13C Transmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit, 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 80 mM deuterated DMPC, 200 mM deuterated DH6PC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.4 mM 13C Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit, 80 mM deuterated DMPC, 200 mM deuterated DH6PC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.4 mM 13C Transmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit, 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 80 mM deuterated DMPC, 200 mM deuterated DH6PC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL9R_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–31； UniProt 268–298

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ddd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ddd
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ddd
沉积日期 deposition_date2022-06-17
结构标题 titleIntramembrane recognition between transmembrane domains of IL-9R and common gamma chain
关键词 keywordscommon gamma-chain cytokine receptor, transmembrane domain, receptor sharing, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.18 Å
零角强度 I(0) i0110710000.00
分子量 molecular_weight111000.0 kDa
排除体积 excluded_volume148280 ų
包络体积 envelope_volume30377 ų
水化壳体积 shell_volume12867 ų
包络直径 envelope_diameter77.6 Å
壳层 Rg shell_rg26.30 Å
包络 Rg envelope_rg22.42 Å
形状 Rg shape_rg17.18 Å
总 Rg total_rg17.58 Å
总原子数 total_atoms16455
残基数 n_residues975
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.4 Å
Rg (实空间) rg_real18.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5280e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal110700000.0000
解质量估计 total_estimate0.5637
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.2 Å
偏度 Skewness skewness0.557
峰度 Kurtosis kurtosis-0.350
角度范围 angular_range— – 0.4450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha32900.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.076; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.097; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)