SAXSdb — 8dea

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement factor D

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide × 1 GLYCEROL × 2 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CFAD_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–228； UniProt 26–253 作者链 B； PDB构建体 1–228； UniProt 26–253 作者链 C； PDB构建体 1–228； UniProt 26–253 作者链 D； PDB构建体 1–228； UniProt 26–253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dea
沉积日期 deposition_date	2022-06-20
结构标题 title	Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors
关键词 keywords	serine protease inhibitor complex, HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8dea__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8dea__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8dea__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.19 Å
Rg（电子密度）	15.99 Å
总 Rg	17.03 Å
原子数	1648
残基数	217
排除体积	29144 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8dea__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8dea__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`8dea__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`8dea__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Complement factor D
分子量 formula_weight	24597.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.46
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6688

ILGGREAEAHARPYMASVQLNGAHLCGGVLVAEQWVLSAAHCLEDAADGKVQVLLGAHSLSQPEPSKRLYDVLRAVPHPDSQPDTIDHDLLLLQLSEKATLGPAVRPLPWQRVDRDVAPGTLCDVAGWGIVNHAGRRPDSLQHVLLPVLDRATCNRRTHHDGAITERLMCAESNRRDSCKGDSGGPLVCGGVLEGVVTSGSRVCGNRKKPGIYTRVASYAAWIDSVLASA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1-[(3-acetylphenyl)acetyl]-N-(6-bromopyridin-2-yl)-L-prolinamide
分子量 formula_weight	430.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	84

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晶胞边长 a length_a	44.898 Å
晶胞边长 b length_b	73.032 Å
晶胞边长 c length_c	240.864 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.214 Å
最低分辨率 resolution_low	46.460 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2250
R_free r_free	0.2998

Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement factor D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8dea__assembly_1__model_1

8dea__assembly_1__model_1 | I(q)

8dea__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement factor D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8dea__assembly_1__model_1

8dea__assembly_1__model_1 | I(q)

8dea__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)