SAXSdb — 8dew

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dew
沉积日期 deposition_date	2022-06-21
结构标题 title	Cryo-electron microscopy structure of Neisseria gonorrhoeae multidrug efflux pump MtrD with LL-37 complex
关键词 keywords	MtrD complex, multidrug efflux pump, Neisseria gonorrhoeae, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.74 Å
零角强度 I(0) i0	1552780000.00
分子量 molecular_weight	348840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	445720 Å³
包络体积 envelope_volume	603220 Å³
水化壳体积 shell_volume	103930 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.8 Å
壳层 Rg shell_rg	54.86 Å
包络 Rg envelope_rg	44.82 Å
形状 Rg shape_rg	45.76 Å
总 Rg total_rg	45.99 Å
总原子数 total_atoms	48792
残基数 n_residues	3172
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	145.8 Å
Rg (实空间) rg_real	46.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5530e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6280e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1553000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8181
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	60.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.121
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.453
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	284300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Efflux pump membrane transporter
分子量 formula_weight	113932.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	48792

MAKFFIDRPIFAWVISIFIIAAGIFGIKSLPVSQYPSVAAPTITLHAIYPGASAQVMEGSVLSVIERNMNGVEGLDYMSTSADSSGSGSVSLTFTPDTDENLAQVEVQNKLSEVLSTLPATVQQYGVTVSKARSNFLMIVMLSSDVQSTEEMNDYAQRNVVPELQRIEGVGQVRLFGAQRAMRIWVDPKKLQNYNLSFADVGSALSAQNIQISAGSIGSLPAVRGQTVTATVTAQGQLGTAEEFGNVILRANTDGSNIYLKDVAKVGLGMEDYSSSTRLNGVNTTGMAVMLSNSGNAMATAKAVKERLAVLEKYFPQGMSWKTPYDTSKFVEISIEKVIHTLIEAMVLVFVVMYLFLQNIRYTLIPTIVVPISLLGGFAFISYMGMSINVLTMFAMILVIGIVVDDAIVVVENVERIMAGEGLPPKEATKKAMGQISGAVIGITAVLISVFVPLAMFSGAAGNIYKQFALTMASSIAFSAFLALTLTPALCATMLKTIPKGHHEEKKGFFGWFNKKFDSWTHGYEGRVAKVLRKTFRMMVVYIGLAVVGVFLFMRLPTSFLPTEDQGFVMVSVQLPAGATKERTDATLAQVTQLAKSIPEIENIITVSGFSFSGSGQNMAMGFAILKDWNERTASGSDAVAVAGKLTGMMMGTLKDGFGIAVVPPPILELGNGSGLSINLQDRNNTGHTALLAKRNELIQKMRASGLFDPSTVRAGGLEDSPQLKIDINRAAAAAQGVSFADIRTALASALSSSYVSDFPNQGRLQRVMVQADGDARMQPADILNLTVPNSSGIAVPLSSIATVSWQMGTEQSVRFNGYPAMELSGSPATGVSTGQAMEAVQKMVDELGSGYSLEWGGQSREEAKGGSQTIALYALAAVAVFLVLAALYESWSIPLAVLLVMPLGLAGAAAGVTGRNLFEGLLGSVPSFANDIYFQVGFVTVMGLSAKNAILIIEFAKDLQAQGKSAVEAALEAARLRFRPIIMTSFAFILGVVPLYIAGGASSASQRAIGTTVFWGMLIGTLLSVFLVPLFYVVVRKFFKETAHEHEMAVRHASKAGITGSDDKQY

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria gonorrhoeae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	485
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Antibacterial peptide LL-37
分子量 formula_weight	2050.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

FKRIVQRIKDFLRNLV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	23

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	8dewA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	8dewA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	8dewB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1430 — Multidrug efflux transporter AcrB pore domain

结构域编号 domain_id	8dewC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	8dewC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.89 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	428882

fit	/app/data/saxs_computation/de/8dew/8dew.fit
pddf	/app/data/pr_computation/de/8dew/8dew.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/de/8dew/8dew.dat

Cryo-electron microscopy structure of Neisseria gonorrhoeae multidrug efflux pump MtrD with LL-37 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)