SAXSdb — 8df1

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8df1
沉积日期 deposition_date	2022-06-21
结构标题 title	Chi3l1 bound by antibody C59
关键词 keywords	Chi3l1, Fab, immunotherapeutic, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	68.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	68.63 Å
零角强度 I(0) i0	3871340000.00
分子量 molecular_weight	523790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	654120 Å³
包络体积 envelope_volume	1026100 Å³
水化壳体积 shell_volume	130120 Å³
包络直径 envelope_diameter	262.7 Å
壳层 Rg shell_rg	65.05 Å
包络 Rg envelope_rg	66.43 Å
形状 Rg shape_rg	68.63 Å
总 Rg total_rg	68.59 Å
总原子数 total_atoms	36890
残基数 n_residues	4698
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	232.5 Å
Rg (实空间) rg_real	68.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8690e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	68.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3867000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6292
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	80.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.473
峰度 Kurtosis kurtosis	0.017
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0193
最高正则化参数 α highest_alpha	170300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.002; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.644

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Chitinase-3-like protein 1
分子量 formula_weight	40536.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	36890

YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	C59 Fab Heavy chain
分子量 formula_weight	23486.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,H,O,Q,S,U

QSVEESGGDLVKPGASLTLTCTASGFTISSDYYMCWVRQAPGKGLEWIGCIYIGSGTDTYYASWAKGRFTISKTSSTTVTLQMTSLTAADTATYFCARDKGWSNAWGFYFQLWGPGTLVTVSSGQPKAPSVFPLAPCCGDTPSSTVTLGCLVKGYLPEPVTVTWNSGTLTNGVRTFPSVRQSSGLYSLSSVVSVTSSSQPVTCNVAHPATNTKVDKTVAPSTC

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	C59 Fab Light chain
分子量 formula_weight	22719.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,L,P,R,T,V

DPVLTQTPASVEVPVGGTVTINCQASQSIGKYLNWYQQKPGQPPKLLIYSSSSLASGVSSRFKGSGFGTQFTLTISGVQCADAATYYCQQGYSYVDLENGFGGGTELEILGDPVAPTVLIFPPAADQVATGTVTIVCVANKYFPDVTVTWEVDGTTQTTGIENSKTPQNSADCTYNLSSTLTLTSTQYNSHKEYTCKVTQGTTSVVQSFNRGDC

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	102.100 Å
晶胞边长 b length_b	172.920 Å
晶胞边长 c length_c	404.480 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	87.290 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2057
R_free r_free	0.2432

fit	/app/data/saxs_computation/df/8df1/8df1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/df/8df1/8df1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/df/8df1/8df1.dat

Chi3l1 bound by antibody C59

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 branched

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)