SAXSdb — 8dl7

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dl7
沉积日期 deposition_date	2022-07-07
结构标题 title	Cryo-EM structure of human ferroportin/slc40 bound to minihepcidin PR73 in nanodisc
关键词 keywords	SLC40, Fpn, ferroportin, iron, transporter, hepcidin, minihepcidin, PR73, human, nanodisc, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.42 Å
零角强度 I(0) i0	130549000.00
分子量 molecular_weight	93241.0 kDa
排除体积 excluded_volume	117240 Å³
包络体积 envelope_volume	171170 Å³
水化壳体积 shell_volume	41186 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.8 Å
壳层 Rg shell_rg	39.63 Å
包络 Rg envelope_rg	38.28 Å
形状 Rg shape_rg	36.53 Å
总 Rg total_rg	36.30 Å
总原子数 total_atoms	6574
残基数 n_residues	904
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.7 Å
Rg (实空间) rg_real	37.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	130500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7688
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.684
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.091
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.618; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.605; Smooth: 0.531

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Solute carrier family 40 member 1
分子量 formula_weight	63386.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6586

MTRAGDHNRQRGCCGSLADYLTSAKFLLYLGHSLSTWGDRMWHFAVSVFLVELYGNSLLLTAVYGLVVAGSVLVLGAIIGDWVDKNARLKVAQTSLVVQNVSVILCGIILMMVFLHKHELLTMYHGWVLTSCYILIITIANIANLASTATAITIQRDWIVVVAGEDRSKLANMNATIRRIDQLTNILAPMAVGQIMTFGSPVIGCGFISGWNLVSMCVEYVLLWKVYQKTPALAVKAGLKEEETELKQLNLHKDTEPKPLEGTHLMGVKDSNIHELEHEQEPTCASQMAEPFRTFRDGWVSYYNQPVFLAGMGLAFLYMTVLGFDCITTGYAYTQGLSGSILSILMGASAITGIMGTVAFTWLRRKCGLVRTGLISGLAQLSCLILCVISVFMPGSPLDLSVSPFEDIRSRFIQGESITPTKIPEITTEIYMSNGSNSANIVPETSPESVPIISVSLLFAGVIAARIGLWSFDLTVTQLLQENVIESERGIINGVQNSMNYLLDLLHFIMVILAPNPEAFGLLVLISVSFVAMGHIMYFRFAQNTLGNKLFACGPDAKEVRKENQANTSVVENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	11F9 light-chain
分子量 formula_weight	23493.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DIVMTQSQKFMSTSVGDRVSITCKASQNVGTAVAWYQKKPGQSPKLLIYSASNRYSGVPDRFTGSGSGTDFTLTISNMQSEDLADYFCQQYGSYPLTFGSGTKLEIKEAEAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNE

Entity 3 polymer

描述 description	11F9 heavy-chain
分子量 formula_weight	25815.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MKCSWVIFFLMAVVTGVNSEVQLQQSGAELVRPGALVKLSCKASGFNIKDYYMHWVKERPEQGLEWIGWIDPENGNTIYDPKFQGKASITADTSSNTAYLQLSSLTSEDTAVYYCARKRGYYGPYFDYWGQGTTLTVSSKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSGLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPA

Entity 4 polymer

描述 description	Minihepcidin PR73
分子量 formula_weight	1736.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

XTHXXRCRXXXX

Entity 5 non-polymer

描述 description	(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	8dl7A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — MFS general substrate transporter like domains

结构域编号 domain_id	8dl7C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8dl7C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	162586

fit	/app/data/saxs_computation/dl/8dl7/8dl7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dl/8dl7/8dl7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dl/8dl7/8dl7.dat

Cryo-EM structure of human ferroportin/slc40 bound to minihepcidin PR73 in nanodisc

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)