8dnk

Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound with Taiho WO2020/085493A1 compound 6

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 50.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8dnk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8dnk
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8dnk
沉积日期 deposition_date2022-07-11
结构标题 titleCrystal structure of human KRAS G12C covalently bound with Taiho WO2020/085493A1 compound 6
关键词 keywordsInhibitor, GTPase, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.64
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.20
零角强度 I(0) i08324940.00
分子量 molecular_weight20275.0 kDa
排除体积 excluded_volume24975 ų
包络体积 envelope_volume27571 ų
水化壳体积 shell_volume15050 ų
包络直径 envelope_diameter50.2
壳层 Rg shell_rg21.49
包络 Rg envelope_rg15.50
形状 Rg shape_rg15.19
总 Rg total_rg16.30
总原子数 total_atoms1419
残基数 n_residues169
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.3
Rg (实空间) rg_real16.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.20
I(0) (实空间) i0_real8.3250e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.1100e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.49
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8325000.0000
解质量估计 total_estimate0.9006
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.6
偏度 Skewness skewness0.006
峰度 Kurtosis kurtosis-0.521
角度范围 angular_range— – 0.4800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1527000.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.991

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (6)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id8dnkA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)