SAXSdb — 8f0m

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8f0m
沉积日期 deposition_date	2022-11-03
结构标题 title	Monobody 12D5 bound to KRAS(G12D)
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN-DE NOVO PROTEIN complex; SIGNALING PROTEIN/DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.96 Å
零角强度 I(0) i0	58018000.00
分子量 molecular_weight	58287.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72610 Å³
包络体积 envelope_volume	89018 Å³
水化壳体积 shell_volume	28979 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.6 Å
壳层 Rg shell_rg	33.22 Å
包络 Rg envelope_rg	26.05 Å
形状 Rg shape_rg	25.95 Å
总 Rg total_rg	26.81 Å
总原子数 total_atoms	4101
残基数 n_residues	512
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.4 Å
Rg (实空间) rg_real	27.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	58020000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9141
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.198
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.619
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9461000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.971; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.968

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 2B of GTPase KRas
分子量 formula_weight	19451.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
突变 mutation	G12D, C51S, C80L, C118S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4203

GSMTEYKLVVVGADGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETSLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLLVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPMVLVGNKSDLPSRTVDTKQAQDLARSYGIPFIETSAKTRQGVDDAFYTLVREIRKHKEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Monobody 12D5
分子量 formula_weight	10311.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GSSSVPTKLEVVAATPTSLLVSWDAPAVTVVFYDITYGETGGNSPVQEFTVPGSKSTATISGLSPGVDYTITVYAKYLFWSGYSSPISINYRTEIDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	539.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	102

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8f0mA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	8f0mC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	151.386 Å
晶胞边长 b length_b	44.733 Å
晶胞边长 c length_c	88.162 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 2 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.440 Å
最低分辨率 resolution_low	42.900 Å
R 因子 r_factor	0.2031
R_work r_work	0.2009
R_free r_free	0.2450

fit	/app/data/saxs_computation/f0/8f0m/8f0m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f0/8f0m/8f0m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f0/8f0m/8f0m.dat

Monobody 12D5 bound to KRAS(G12D)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)