SAXSdb — 8do1

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8do1
沉积日期 deposition_date	2022-07-12
结构标题 title	Cryo-EM structure of the human Sec61 complex inhibited by ipomoeassin F
关键词 keywords	translocon, inhibitor, protein translocation, PROTEIN TRANSPORT, PROTEIN TRANSPORT-INHIBITOR complex; PROTEIN TRANSPORT/INHIBITOR
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.06 Å
零角强度 I(0) i0	51027700.00
分子量 molecular_weight	61582.0 kDa
排除体积 excluded_volume	79814 Å³
包络体积 envelope_volume	97626 Å³
水化壳体积 shell_volume	31957 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.2 Å
壳层 Rg shell_rg	32.78 Å
包络 Rg envelope_rg	25.31 Å
形状 Rg shape_rg	25.03 Å
总 Rg total_rg	26.10 Å
总原子数 total_atoms	4400
残基数 n_residues	551
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.5 Å
Rg (实空间) rg_real	26.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	51030000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8873
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.236
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.282
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.990

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1
分子量 formula_weight	52202.4 kDa
突变 mutation	V263L, D264E, K268R, A270T, R271K, Y272V, Y276I, N277G, T278I, L394F, E346D, Q348G, M401I, R402N, H404K, M409I, V410Y, H411R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4401

MAIKFLEVIKPFCVILPEIQKPERKIQFKEKVLWTAITLFIFLVCCQIPLFGIMSSDSADPFYWMRVILASNRGTLMELGISPIVTSGLIMQLLAGAKIIEVGDTPKDRALFNGAQKLFGMIITIGQSIVYVMTGMYGDPSEMGAGICLLITIQLFVAGLIVLLLDELLQKGYGLGSGISLFIATNICETIVWKAFSPTTVNTGRGMEFEGAIIALFHLLATRTDKVRALREAFYRQNLPNLMNLIATIFVFAVVIYFQGFRYELPIRSTKVRGQIGIYPIKLFYTSNIPIILQSALVSNLYVISQMLSARFSGNLLVSLLGTWSDTSSGGPARAYPVGGLCYYLSPPESFGSVLEDPVHAVVYIVFMLGSCAFFSKTWIEVSGSSPRDIAKQFKDQGMVINGKRETSIYRELKKIIPTAAAFGGLCIGALSVLADFLGAIGSGTGILLAVTIIYQYFEIFVKEQSEVGSMGALLF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Protein transport protein Sec61 subunit gamma
分子量 formula_weight	7752.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDQVMQFVEPSRQFVKDSIRLVKRCTKPDRKEFQKIAMATAIGFAIMGFIGFFVKLIHIPINNIIVGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	Protein transport protein Sec61 subunit beta
分子量 formula_weight	9987.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MPGPTPSGTNVGSSGRSPSKAVAARAAGSTVRQRKNASCGTRSAGRTTSAGTGGMWRFYTEDSPGLKVGPVPVLVMSLLFIASVFMLHIWGKYTRS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 non-polymer

描述 description	;[(1~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R},8~{R},10~{S},23~{R},24~{R},25~{R},26~{R})-5-acetyloxy-6-methyl-4,26-bis(oxidanyl)-17,20-bis(oxidanylidene)-10-pentyl-24-[(~{E})-3-phenylprop-2-enoyl]oxy-2,7,9,21,27-pentaoxatricyclo[21.3.1.0^{3,8}]heptacosan-25-yl] (~{E})-2-methylbut-2-enoate ;
分子量 formula_weight	831.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8do1A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3370 — Preprotein translocase SecY subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SecY subunit domain

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.01 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	324612

fit	/app/data/saxs_computation/do/8do1/8do1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/do/8do1/8do1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/do/8do1/8do1.dat

Cryo-EM structure of the human Sec61 complex inhibited by ipomoeassin F

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)