8dwb

Neuraminidase from influenza virus A/Moscow/10/1999(H3N2) in complex with sialic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 73.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dwb
沉积日期 deposition_date	2022-08-01
结构标题 title	Neuraminidase from influenza virus A/Moscow/10/1999(H3N2) in complex with sialic acid
关键词 keywords	neuraminidase, influenza, VIRAL PROTEIN, Hydrolase; VIRAL PROTEIN, Hydrolase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.13 Å
零角强度 I(0) i0	37342100.00
分子量 molecular_weight	44727.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54810 Å³
包络体积 envelope_volume	62994 Å³
水化壳体积 shell_volume	25061 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.76 Å
包络 Rg envelope_rg	20.89 Å
形状 Rg shape_rg	20.10 Å
总 Rg total_rg	21.08 Å
总原子数 total_atoms	3128
残基数 n_residues	388
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.4 Å
Rg (实空间) rg_real	20.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1000e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7744
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.239
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.165
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.688; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Neuraminidase
分子量 formula_weight	43253.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA
原子数 atom_count	3428

GSPSRAEYRNWSKPQCNITGFAPFSKDNSIRLSAGGDIWVTREPYVSCDPDKCYQFALGQGTTLNNGHSNDTVHDRTPYRTLLMNELGVPFHLGTKQVCIAWSSSSCHDGKAWLHVCVTGDDENATASFIYNGRLVDSIGSWSKKILRTQESECVCINGTCTVVMTDGSASGKADTKILFIEEGKIVHTSPLSGSAQHVEECSCYPRYPGVRCVCRDNWKGSNRPIVDINVKDYSIVSSYVCSGLVGDTPRKNDSSSSSHCLDPNNEEGGHGVKGWAFDDGNDVWMGRTISEKLRSGYETFKVIEGWSKPNSKLQINRQVIVDRGNRSGYSGIFSVEGKSCINRCFYVELIRGRKQETEVLWTSNSIVVFCGTSGTYGTGSWPDGADINLMPI

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus (A/Moscow/10/1999(H3N2))
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	480019
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	241

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	136.217 Å
晶胞边长 b length_b	136.217 Å
晶胞边长 c length_c	150.155 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.602 Å
最低分辨率 resolution_low	100.889 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1693
R_free r_free	0.1819

fit	/app/data/saxs_computation/dw/8dwb/8dwb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dw/8dwb/8dwb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dw/8dwb/8dwb.dat