8e15

A computationally stabilized hMPV F protein

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e15
沉积日期 deposition_date	2022-08-09
结构标题 title	A computationally stabilized hMPV F protein
关键词 keywords	Human metapneumovirus, fusion protein, computational stabilization, viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.64 Å
零角强度 I(0) i0	40448800.00
分子量 molecular_weight	48935.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60972 Å³
包络体积 envelope_volume	80309 Å³
水化壳体积 shell_volume	24029 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.6 Å
壳层 Rg shell_rg	34.90 Å
包络 Rg envelope_rg	29.62 Å
形状 Rg shape_rg	29.63 Å
总 Rg total_rg	30.21 Å
总原子数 total_atoms	3427
残基数 n_residues	443
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40450000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8254
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	24.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.438
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.602
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	6514000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.758; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.657; Smooth: 0.795

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	F2 protein
分子量 formula_weight	11687.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F
原子数 atom_count	3438

MSWKVVIIFSLLITPQHGLKESYLEESCSTITEGYLSVLRTGWYTNVFTLEVGDVENLTCADGPSLIKTELDLTKSALRELRTVSADQLNREEQIENPRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Human metapneumovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	162145
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	F1 protein with Fibritin peptide
分子量 formula_weight	45999.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

FVLGAIALGVAEAAAVTAGVAIAKTIRDESEVTAIKNALKKTNEAVSTLGNGVRVLLTAVRELKDFVSKNLTRAINKNKCDIPDLKMAVSFSQFNRRFLNIVRQFSDNAGITPAISLDLMTDAELARAVSNMPTSAGQIKLMLENRAMVRRKGFGILIGVYGSSVIYMVQLPIFGVIDTPCWIVKAAPSCSEKKGNYACLLREDQGWYCQNAGSTVYYPNEKDCETRGDHVFCDTAAGINVAEQSKECNINISTTNYPCKVSTGRHPISMVALSPLGALVACYKGVSCSIGSNRVGIIKQLNKGCSYITNQDADTVTIDNTVYQLSKQEGEQHVIKGRPVSSSFDPDKFPEDQFNVALDQVFESIENSQALVDQSNRILSSAEKGNTGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T2
通用名 common_name	Bacteriophage T2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10664
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	178.191 Å
晶胞边长 b length_b	178.191 Å
晶胞边长 c length_c	178.191 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 21 3
空间群编号 int_tables_number	199
晶系 crystal_system	cubic

分辨率 resolution	2.410 Å
最低分辨率 resolution_low	47.620 Å
R 因子 r_factor	0.2058
R_work r_work	0.2036
R_free r_free	0.2487

fit	/app/data/saxs_computation/e1/8e15/8e15.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e1/8e15/8e15.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e1/8e15/8e15.dat

A computationally stabilized hMPV F protein

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)