SAXSdb — 8e7p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 14	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 15 ;(5R,6S,9aS)-N-benzyl-6-[(4-hydroxyphenyl)methyl]-8-[(naphthalen-1-yl)methyl]-4,7-dioxohexahydro-2H-pyrazino[1,2-a]pyrimidine-1(6H)-carboxamide ; × 13 water × 14	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLPP_STAA8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 B； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 C； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 D； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 E； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 F； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 G； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 I； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 K； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 L； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 M； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 N； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 S； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195 作者链 T； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e7p
沉积日期 deposition_date	2022-08-24
结构标题 title	Staphylococcus aureus ClpP in complex with compound 3421
关键词 keywords	ClpP, CYTOSOLIC PROTEIN, hydrolase; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8e7p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8e7p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8e7p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.40 Å
Rg（电子密度）	42.55 Å
总 Rg	42.92 Å
原子数	20066
残基数	2537
排除体积	359680 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8e7p__assembly_1__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit
分子量 formula_weight	22607.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.92
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,I,K,L,M,N,S,T
原子数 atom_count	22701

MNLIPTVIETTNRGERAYDIYSRLLKDRIIMLGSQIDDNVANSIVSQLLFLQAQDSEKDIYLYINSPGGSVTAGFAIYDTIQHIKPDVQTICIGMAASMGSFLLAAGAKGKRFALPNAEVMIHQPLGGAQGQATEIEIAANHILKTREKLNRILSERTGQSIEKIQKDTDRDNFLTAEEAKEYGLIDEVMVPETKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	93061
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(5R,6S,9aS)-N-benzyl-6-[(4-hydroxyphenyl)methyl]-8-[(naphthalen-1-yl)methyl]-4,7-dioxohexahydro-2H-pyrazino[1,2-a]pyrimidine-1(6H)-carboxamide ;
分子量 formula_weight	548.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1994

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8e7pE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	8e7pT01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

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晶胞边长 a length_a	94.073 Å
晶胞边长 b length_b	126.143 Å
晶胞边长 c length_c	145.475 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	28

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.680 Å
最低分辨率 resolution_low	49.900 Å
R 因子 r_factor	0.1668
R_work r_work	0.1660
R_free r_free	0.1816

Staphylococcus aureus ClpP in complex with compound 3421

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8e7p__assembly_1__model_1

8e7p__assembly_1__model_1 | I(q)

8e7p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Staphylococcus aureus ClpP in complex with compound 3421

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8e7p__assembly_1__model_1

8e7p__assembly_1__model_1 | I(q)

8e7p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)