8e8x

9H2 Fab-Sabin poliovirus 3 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 103.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

物种未注明

UniProt B2X7G8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 360 PDB 声明:360-meric(360) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 22–300 未记录 Capsid protein VP2 × 60 (P03302) Capsid protein VP3 × 60 (A0A2H4WRH7) Capsid protein VP4 × 60 (A0A2H4Z5W5) 9H2 Fab heavy chain × 60 9H2 Fab light chain × 60 PLM PALMITIC ACID × 60 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 22–300 未记录 Capsid protein VP2 × 1 (P03302) Capsid protein VP3 × 1 (A0A2H4WRH7) Capsid protein VP4 × 1 (A0A2H4Z5W5) 9H2 Fab heavy chain × 1 9H2 Fab light chain × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 22–300 未记录 Capsid protein VP2 × 5 (P03302) Capsid protein VP3 × 5 (A0A2H4WRH7) Capsid protein VP4 × 5 (A0A2H4Z5W5) 9H2 Fab heavy chain × 5 9H2 Fab light chain × 5 PLM PALMITIC ACID × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 36 PDB 声明:36-meric(36) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 22–300 未记录 Capsid protein VP2 × 6 (P03302) Capsid protein VP3 × 6 (A0A2H4WRH7) Capsid protein VP4 × 6 (A0A2H4Z5W5) 9H2 Fab heavy chain × 6 9H2 Fab light chain × 6 PLM PALMITIC ACID × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 22–300 未记录 Capsid protein VP2 × 1 (P03302) Capsid protein VP3 × 1 (A0A2H4WRH7) Capsid protein VP4 × 1 (A0A2H4Z5W5) 9H2 Fab heavy chain × 1 9H2 Fab light chain × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2X7G8_9ENTO
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 1; PDB构建体 1–279; UniProt 22–300

Capsid protein VP2

物种未注明

UniProt P03302

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 360 PDB 声明:360-meric(360) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 78–340 未记录 Capsid protein VP1 × 60 (B2X7G8) Capsid protein VP3 × 60 (A0A2H4WRH7) Capsid protein VP4 × 60 (A0A2H4Z5W5) 9H2 Fab heavy chain × 60 9H2 Fab light chain × 60 PLM PALMITIC ACID × 60 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 78–340 未记录 Capsid protein VP1 × 1 (B2X7G8) Capsid protein VP3 × 1 (A0A2H4WRH7) Capsid protein VP4 × 1 (A0A2H4Z5W5) 9H2 Fab heavy chain × 1 9H2 Fab light chain × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 78–340 未记录 Capsid protein VP1 × 5 (B2X7G8) Capsid protein VP3 × 5 (A0A2H4WRH7) Capsid protein VP4 × 5 (A0A2H4Z5W5) 9H2 Fab heavy chain × 5 9H2 Fab light chain × 5 PLM PALMITIC ACID × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 36 PDB 声明:36-meric(36) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 78–340 未记录 Capsid protein VP1 × 6 (B2X7G8) Capsid protein VP3 × 6 (A0A2H4WRH7) Capsid protein VP4 × 6 (A0A2H4Z5W5) 9H2 Fab heavy chain × 6 9H2 Fab light chain × 6 PLM PALMITIC ACID × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 78–340 未记录 Capsid protein VP1 × 1 (B2X7G8) Capsid protein VP3 × 1 (A0A2H4WRH7) Capsid protein VP4 × 1 (A0A2H4Z5W5) 9H2 Fab heavy chain × 1 9H2 Fab light chain × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、57 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_POL3L
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 2; PDB构建体 1–263; UniProt 78–340

Capsid protein VP3

物种未注明

UniProt A0A2H4WRH7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 360 PDB 声明:360-meric(360) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 341–575 未记录 Capsid protein VP1 × 60 (B2X7G8) Capsid protein VP2 × 60 (P03302) Capsid protein VP4 × 60 (A0A2H4Z5W5) 9H2 Fab heavy chain × 60 9H2 Fab light chain × 60 PLM PALMITIC ACID × 60 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 341–575 未记录 Capsid protein VP1 × 1 (B2X7G8) Capsid protein VP2 × 1 (P03302) Capsid protein VP4 × 1 (A0A2H4Z5W5) 9H2 Fab heavy chain × 1 9H2 Fab light chain × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 341–575 未记录 Capsid protein VP1 × 5 (B2X7G8) Capsid protein VP2 × 5 (P03302) Capsid protein VP4 × 5 (A0A2H4Z5W5) 9H2 Fab heavy chain × 5 9H2 Fab light chain × 5 PLM PALMITIC ACID × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 36 PDB 声明:36-meric(36) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 341–575 未记录 Capsid protein VP1 × 6 (B2X7G8) Capsid protein VP2 × 6 (P03302) Capsid protein VP4 × 6 (A0A2H4Z5W5) 9H2 Fab heavy chain × 6 9H2 Fab light chain × 6 PLM PALMITIC ACID × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 341–575 未记录 Capsid protein VP1 × 1 (B2X7G8) Capsid protein VP2 × 1 (P03302) Capsid protein VP4 × 1 (A0A2H4Z5W5) 9H2 Fab heavy chain × 1 9H2 Fab light chain × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A2H4WRH7_9ENTO
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 3; PDB构建体 1–235; UniProt 341–575

Capsid protein VP4

物种未注明

UniProt A0A2H4Z5W5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 360 PDB 声明:360-meric(360) 与蛋白拷贝数一致 链 4; UniProt 2–69 未记录 Capsid protein VP1 × 60 (B2X7G8) Capsid protein VP2 × 60 (P03302) Capsid protein VP3 × 60 (A0A2H4WRH7) 9H2 Fab heavy chain × 60 9H2 Fab light chain × 60 PLM PALMITIC ACID × 60 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 4; UniProt 2–69 未记录 Capsid protein VP1 × 1 (B2X7G8) Capsid protein VP2 × 1 (P03302) Capsid protein VP3 × 1 (A0A2H4WRH7) 9H2 Fab heavy chain × 1 9H2 Fab light chain × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 4; UniProt 2–69 未记录 Capsid protein VP1 × 5 (B2X7G8) Capsid protein VP2 × 5 (P03302) Capsid protein VP3 × 5 (A0A2H4WRH7) 9H2 Fab heavy chain × 5 9H2 Fab light chain × 5 PLM PALMITIC ACID × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 36 PDB 声明:36-meric(36) 与蛋白拷贝数一致 链 4; UniProt 2–69 未记录 Capsid protein VP1 × 6 (B2X7G8) Capsid protein VP2 × 6 (P03302) Capsid protein VP3 × 6 (A0A2H4WRH7) 9H2 Fab heavy chain × 6 9H2 Fab light chain × 6 PLM PALMITIC ACID × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 4; UniProt 2–69 未记录 Capsid protein VP1 × 1 (B2X7G8) Capsid protein VP2 × 1 (P03302) Capsid protein VP3 × 1 (A0A2H4WRH7) 9H2 Fab heavy chain × 1 9H2 Fab light chain × 1 PLM PALMITIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.91 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A2H4Z5W5_9ENTO
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 4; PDB构建体 1–68; UniProt 2–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8e8x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8e8x
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8e8x
沉积日期 deposition_date2022-08-26
结构标题 title9H2 Fab-Sabin poliovirus 3 complex
关键词 keywordsComplex, Fab, poliovirus, neutralizing, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.04
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.15
零角强度 I(0) i0218545000.00
分子量 molecular_weight118270.0 kDa
排除体积 excluded_volume147770 ų
包络体积 envelope_volume189770 ų
水化壳体积 shell_volume47816 ų
包络直径 envelope_diameter110.3
壳层 Rg shell_rg40.22
包络 Rg envelope_rg32.47
形状 Rg shape_rg32.12
总 Rg total_rg32.88
总原子数 total_atoms8329
残基数 n_residues1066
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.2
Rg (实空间) rg_real32.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69
I(0) (实空间) i0_real2.1850e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal218600000.0000
解质量估计 total_estimate0.9015
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.7
偏度 Skewness skewness0.234
峰度 Kurtosis kurtosis-0.506
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha48360000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.894

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id8e8x101
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id8e8x201
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id8e8xH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8e8xL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)