SAXSdb — 8e8x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 360	Capsid protein VP2 × 60 （P03302） Capsid protein VP3 × 60 （A0A2H4WRH7） Capsid protein VP4 × 60 （A0A2H4Z5W5） 9H2 Fab heavy chain × 60 9H2 Fab light chain × 60 PALMITIC ACID × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Capsid protein VP2 × 1 （P03302） Capsid protein VP3 × 1 （A0A2H4WRH7） Capsid protein VP4 × 1 （A0A2H4Z5W5） 9H2 Fab heavy chain × 1 9H2 Fab light chain × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Capsid protein VP2 × 5 （P03302） Capsid protein VP3 × 5 （A0A2H4WRH7） Capsid protein VP4 × 5 （A0A2H4Z5W5） 9H2 Fab heavy chain × 5 9H2 Fab light chain × 5 PALMITIC ACID × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Capsid protein VP2 × 6 （P03302） Capsid protein VP3 × 6 （A0A2H4WRH7） Capsid protein VP4 × 6 （A0A2H4Z5W5） 9H2 Fab heavy chain × 6 9H2 Fab light chain × 6 PALMITIC ACID × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Capsid protein VP2 × 1 （P03302） Capsid protein VP3 × 1 （A0A2H4WRH7） Capsid protein VP4 × 1 （A0A2H4Z5W5） 9H2 Fab heavy chain × 1 9H2 Fab light chain × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2X7G8_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–279； UniProt 22–300

Capsid protein VP2

物种未注明

UniProt P03302

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 360	Capsid protein VP1 × 60 （B2X7G8） Capsid protein VP3 × 60 （A0A2H4WRH7） Capsid protein VP4 × 60 （A0A2H4Z5W5） 9H2 Fab heavy chain × 60 9H2 Fab light chain × 60 PALMITIC ACID × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Capsid protein VP1 × 1 （B2X7G8） Capsid protein VP3 × 1 （A0A2H4WRH7） Capsid protein VP4 × 1 （A0A2H4Z5W5） 9H2 Fab heavy chain × 1 9H2 Fab light chain × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Capsid protein VP1 × 5 （B2X7G8） Capsid protein VP3 × 5 （A0A2H4WRH7） Capsid protein VP4 × 5 （A0A2H4Z5W5） 9H2 Fab heavy chain × 5 9H2 Fab light chain × 5 PALMITIC ACID × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Capsid protein VP1 × 6 （B2X7G8） Capsid protein VP3 × 6 （A0A2H4WRH7） Capsid protein VP4 × 6 （A0A2H4Z5W5） 9H2 Fab heavy chain × 6 9H2 Fab light chain × 6 PALMITIC ACID × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Capsid protein VP1 × 1 （B2X7G8） Capsid protein VP3 × 1 （A0A2H4WRH7） Capsid protein VP4 × 1 （A0A2H4Z5W5） 9H2 Fab heavy chain × 1 9H2 Fab light chain × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_POL3L
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 2； PDB构建体 1–263； UniProt 78–340

Capsid protein VP3

物种未注明

UniProt A0A2H4WRH7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 360	Capsid protein VP1 × 60 （B2X7G8） Capsid protein VP2 × 60 （P03302） Capsid protein VP4 × 60 （A0A2H4Z5W5） 9H2 Fab heavy chain × 60 9H2 Fab light chain × 60 PALMITIC ACID × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Capsid protein VP1 × 1 （B2X7G8） Capsid protein VP2 × 1 （P03302） Capsid protein VP4 × 1 （A0A2H4Z5W5） 9H2 Fab heavy chain × 1 9H2 Fab light chain × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Capsid protein VP1 × 5 （B2X7G8） Capsid protein VP2 × 5 （P03302） Capsid protein VP4 × 5 （A0A2H4Z5W5） 9H2 Fab heavy chain × 5 9H2 Fab light chain × 5 PALMITIC ACID × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Capsid protein VP1 × 6 （B2X7G8） Capsid protein VP2 × 6 （P03302） Capsid protein VP4 × 6 （A0A2H4Z5W5） 9H2 Fab heavy chain × 6 9H2 Fab light chain × 6 PALMITIC ACID × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Capsid protein VP1 × 1 （B2X7G8） Capsid protein VP2 × 1 （P03302） Capsid protein VP4 × 1 （A0A2H4Z5W5） 9H2 Fab heavy chain × 1 9H2 Fab light chain × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2H4WRH7_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 3； PDB构建体 1–235； UniProt 341–575

Capsid protein VP4

物种未注明

UniProt A0A2H4Z5W5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 360	Capsid protein VP1 × 60 （B2X7G8） Capsid protein VP2 × 60 （P03302） Capsid protein VP3 × 60 （A0A2H4WRH7） 9H2 Fab heavy chain × 60 9H2 Fab light chain × 60 PALMITIC ACID × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Capsid protein VP1 × 1 （B2X7G8） Capsid protein VP2 × 1 （P03302） Capsid protein VP3 × 1 （A0A2H4WRH7） 9H2 Fab heavy chain × 1 9H2 Fab light chain × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Capsid protein VP1 × 5 （B2X7G8） Capsid protein VP2 × 5 （P03302） Capsid protein VP3 × 5 （A0A2H4WRH7） 9H2 Fab heavy chain × 5 9H2 Fab light chain × 5 PALMITIC ACID × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	Capsid protein VP1 × 6 （B2X7G8） Capsid protein VP2 × 6 （P03302） Capsid protein VP3 × 6 （A0A2H4WRH7） 9H2 Fab heavy chain × 6 9H2 Fab light chain × 6 PALMITIC ACID × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Capsid protein VP1 × 1 （B2X7G8） Capsid protein VP2 × 1 （P03302） Capsid protein VP3 × 1 （A0A2H4WRH7） 9H2 Fab heavy chain × 1 9H2 Fab light chain × 1 PALMITIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2H4Z5W5_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 4； PDB构建体 1–68； UniProt 2–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e8x
沉积日期 deposition_date	2022-08-26
结构标题 title	9H2 Fab-Sabin poliovirus 3 complex
关键词 keywords	Complex, Fab, poliovirus, neutralizing, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8e8x__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8e8x__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8e8x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	140.20 Å
总 Rg	140.30 Å
原子数	499740
残基数	63960
排除体积	8866400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8e8x__assembly_1__model_1`	360-meric （360）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8e8x__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`8e8x__assembly_3__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`8e8x__assembly_4__model_1`	36-meric （36）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`8e8x__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	31358.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	8329

QDSLPDTKASGPAHSKEVPALTAVETGATNPLAPSDTVQTRHVVQRRSRSESTIESFFARGACVAIIEVDNEQPTTRAQKLFAMWRITYKDTVQLRRKLEFFTYSRFDMEFTFVVTANFTNANNGHALNQVYQIMYIPPGAPTPKSWDDYTWQTSSNPSIFYTYGAAPARISVPYVGLANAYSHFYDGFAKVPLKTDANDQIGDSLYSAMTVDDFGVLAVRVVNDHNPTKVTSKVRIYMKPKHVRVWCPRPPRAVPYYGPGVDYRNNLDPLSEKGLTTY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP2
分子量 formula_weight	29412.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

YSDRVLQLTLGNSTITTQEAANSVVAYGRWPEFIRDDEANPVDQPTEPDVATCRFYTLDTVMWGKESKGWWWKLPDALRDMGLFGQNMYYHYLGRSGYTVHVQCNASKFHQGALGVFAIPEYCLAGDSDKQRYTSYANANPGERGGKFYSQFNKDNAVTSPKREFCPVDYLLGCGVLLGNAFVYPHQIINLRTNNSATIVLPYVNALAIDSMVKHNNWGIAILPLSPLDFAQDSSVEIPITVTIAPMCSEFNGLRNVTAPKFQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	25950.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPVLNTPGSNQYLTSDNHQSPCAIPEFDVTPPIDIPGEVKNMMELAEIDTMIPLNLESTKRNTMDMYRVTLSDSADLSQPILCLSLSPAFDPRLSHTMLGEVLNYYTHWAGSLKFTFLFCGSMMATGKILVAYAPPGAQPPTSRKEAMLGTHVIWDLGLQSSCTMVVPWISNVTYRQTTQDSFTEGGYISMFYQTRIVVPLSTPKSMSMLGFVSACNDFSVRLLRDTTHISQSA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Capsid protein VP4
分子量 formula_weight	7320.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GAQVSSQKVGAHENSNRAYGGSTINYTTINYYKDSASNAASKQDYSQDPSKFTEPLKDVLIKTAPALN

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	9H2 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	14052.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

LVQSGAELKKPGASVKFSCQASGFTFTTYDIHWVRQAPGQGLEWMGMISPSRDSTIYAQKFQGRVTMTSDTSTSTVYMELTSLRSEDTALYYCATASRPSAWVFRSLYTYYYMDVWGTGTTVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	9H2 Fab light chain
分子量 formula_weight	11738.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QSALTQPASVSGSPGQSITISCTGTITDIGYYNYVSWYQQHPGKAPKLIIFDVTNRPSGVSDRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEGDYYCFSHRSNNIRVFGGGTKLTVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	8e8x101
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	8e8x201
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	8e8xH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8e8xL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.91 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	52115

9H2 Fab-Sabin poliovirus 3 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid protein VP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid protein VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid protein VP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8e8x__assembly_1__model_1

8e8x__assembly_1__model_1 | I(q)

8e8x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)