8e9b

Cryo-EM structure of S. pombe Arp2/3 complex in the branch junction

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin-related protein 3

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Actin-related protein 2 × 1 （Q9UUJ1） Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 × 1 （P78774） Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 （O14241） Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 （Q9Y7J4） Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 （Q92352） Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 （Q10316） Actin, alpha skeletal muscle × 8 （P68139） MAGNESIUM ION × 10 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARP3_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427

Actin-related protein 2

物种未注明

UniProt Q9UUJ1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Actin-related protein 3 × 1 （P32390） Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 × 1 （P78774） Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 （O14241） Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 （Q9Y7J4） Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 （Q92352） Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 （Q10316） Actin, alpha skeletal muscle × 8 （P68139） MAGNESIUM ION × 10 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ARP2_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–390； UniProt 1–390

Actin-related protein 2/3 complex subunit 1

物种未注明

UniProt P78774

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Actin-related protein 3 × 1 （P32390） Actin-related protein 2 × 1 （Q9UUJ1） Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 （O14241） Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 （Q9Y7J4） Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 （Q92352） Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 （Q10316） Actin, alpha skeletal muscle × 8 （P68139） MAGNESIUM ION × 10 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ARPC1_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377

Actin-related protein 2/3 complex subunit 2

物种未注明

UniProt O14241

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Actin-related protein 3 × 1 （P32390） Actin-related protein 2 × 1 （Q9UUJ1） Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 × 1 （P78774） Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 （Q9Y7J4） Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 （Q92352） Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 （Q10316） Actin, alpha skeletal muscle × 8 （P68139） MAGNESIUM ION × 10 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARPC2_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–317； UniProt 1–317

Actin-related protein 2/3 complex subunit 3

物种未注明

UniProt Q9Y7J4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Actin-related protein 3 × 1 （P32390） Actin-related protein 2 × 1 （Q9UUJ1） Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 × 1 （P78774） Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 （O14241） Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 （Q92352） Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 （Q10316） Actin, alpha skeletal muscle × 8 （P68139） MAGNESIUM ION × 10 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARPC3_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174

Actin-related protein 2/3 complex subunit 4

物种未注明

UniProt Q92352

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Actin-related protein 3 × 1 （P32390） Actin-related protein 2 × 1 （Q9UUJ1） Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 × 1 （P78774） Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 （O14241） Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 （Q9Y7J4） Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 （Q10316） Actin, alpha skeletal muscle × 8 （P68139） MAGNESIUM ION × 10 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARPC4_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–168； UniProt 1–168

Actin-related protein 2/3 complex subunit 5

物种未注明

UniProt Q10316

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Actin-related protein 3 × 1 （P32390） Actin-related protein 2 × 1 （Q9UUJ1） Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 × 1 （P78774） Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 （O14241） Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 （Q9Y7J4） Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 （Q92352） Actin, alpha skeletal muscle × 8 （P68139） MAGNESIUM ION × 10 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARPC5_SCHPO
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152

Actin, alpha skeletal muscle

物种未注明

UniProt P68139

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Actin-related protein 3 × 1 （P32390） Actin-related protein 2 × 1 （Q9UUJ1） Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 × 1 （P78774） Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 × 1 （O14241） Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 × 1 （Q9Y7J4） Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 × 1 （Q92352） Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 × 1 （Q10316） MAGNESIUM ION × 10 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACTS_CHICK
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–375； UniProt 3–377 作者链 I； PDB构建体 1–375； UniProt 3–377 作者链 M； PDB构建体 1–375； UniProt 3–377 作者链 N； PDB构建体 1–375； UniProt 3–377 作者链 O； PDB构建体 1–375； UniProt 3–377 作者链 P； PDB构建体 1–375； UniProt 3–377 作者链 Q； PDB构建体 1–375； UniProt 3–377 作者链 R； PDB构建体 1–375； UniProt 3–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8e9b
沉积日期 deposition_date	2022-08-26
最后修订 last_revision	2023-02-01
结构标题 title	Cryo-EM structure of S. pombe Arp2/3 complex in the branch junction
关键词 keywords	Arp2-3 complex, branch juction, polymerization, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8e9b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8e9b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8e9b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	63.06 Å
Rg（电子密度）	63.13 Å
总 Rg	63.21 Å
原子数	39160
残基数	4925
排除体积	696250 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8e9b__assembly_1__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Actin-related protein 3
分子量 formula_weight	47427.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	39160

MASFNVPIIMDNGTGYSKLGYAGNDAPSYVFPTVIATRSAGASSGPAVSSKPSYMASKGSGHLSSKRATEDLDFFIGNDALKKASAGYSLDYPIRHGQIENWDHMERFWQQSLFKYLRCEPEDHYFLLTEPPLNPPENRENTAEIMFESFNCAGLYIAVQAVLALAASWTSSKVTDRSLTGTVVDSGDGVTHIIPVAEGYVIGSSIKTMPLAGRDVTYFVQSLLRDRNEPDSSLKTAERIKEECCYVCPDIVKEFSRFDREPDRYLKYASESITGHSTTIDVGFERFLAPEIFFNPEIASSDFLTPLPELVDNVVQSSPIDVRKGLYKNIVLSGGSTLFKNFGNRLQRDLKRIVDERIHRSEMLSGAKSGGVDVNVISHKRQRNAVWFGGSLLAQTPEFGSYCHTKADYEEYGASIARRYQIFGNSL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Actin-related protein 2
分子量 formula_weight	44286.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MESAPIVLDNGTGFVKVGYAKDNFPRFQFPSIVGRPILRAEEKTGNVQIKDVMVGDEAEAVRSLLQVKYPMENGIIRDFEEMNQLWDYTFFEKLKIDPRGRKILLTEPPMNPVANREKMCETMFERYGFGGVYVAIQAVLSLYAQGLSSGVVVDSGDGVTHIVPVYESVVLNHLVGRLDVAGRDATRYLISLLLRKGYAFNRTADFETVREMKEKLCYVSYDLELDHKLSEETTVLMRNYTLPDGRVIKVGSERYECPECLFQPHLVGSEQPGLSEFIFDTIQAADVDIRKYLYRAIVLSGGSSMYAGLPSRLEKEIKQLWFERVLHGDPARLPNFKVKIEDAPRRRHAVFIGGAVLADIMAQNDHMWVSKAEWEEYGVRALDKLGPRTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Actin-related protein 2/3 complex subunit 1
分子量 formula_weight	41643.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MATSQVLHILPKPSYEHAFNSQRTEFVTTTATNQVELYEQDGNGWKHARTFSDHDKIVTCVDWAPKSNRIVTCSQDRNAYVYEKRPDGTWKQTLVLLRLNRAATFVRWSPNEDKFAVGSGARVISVCYFEQENDWWVSKHLKRPLRSTILSLDWHPNNVLLAAGCADRKAYVLSAYVRDVDAKPEASVWGSRLPFNTVCAEYPSGGWVHAVGFSPSGNALAYAGHDSSVTIAYPSAPEQPPRALITVKLSQLPLRSLLWANESAIVAAGYNYSPILLQGNESGWAHTRDLDAGTSKTSFTHTGNTGEGREEEGPVSFTALRSTFRNMDLKGSSQSISSLPTVHQNMIATLRPYAGTPGNITAFTSSGTDGRVVLWTL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Actin-related protein 2/3 complex subunit 2
分子量 formula_weight	37025.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MLSLDYNNIFIYELLTERFSSENPSSIDQVVTDFDGVTFHISTPEEKTKILISLSMKCYPELVNYGTLDLLKQIYGAYVHEPEMGYNFSILIDLQQLPATDEEKEQLAMSISMLKRNVLAAPFHRAFTKQAELADLARKDPENAPMLDKQATSQELMAIHYRDEETIVLWPEHDRVTVVFSTKFREETDRIFGKVFLQEFVDARRRPAIQTAPQVLFSYRDPPLEIRDIQGIQKGDDFGFVTFVLFERHFTPQNREDCISHIQVFRNTLHFHIKASKAYMHQRMRKRVADFQKVLNRAKPDVELERKTATGRSFVRA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Actin-related protein 2/3 complex subunit 3
分子量 formula_weight	19865.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MPAYHSSFLSLTDVPTTGNIAMLPLKTKFRGPAYPADESQMDIIDECIGLFRANCFFRNFEIKGPADRTLIYGTLFISECLGRVNGLNYRDAERQLNSLALENFSIPGSAGFPLNALYAPPLSPQDAEIMRTYLTQFRQELAYRLLSHVYATEKDHPSKWWTCFSKRRFMNKAL

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Actin-related protein 2/3 complex subunit 4
分子量 formula_weight	19637.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MSNTLRPYLNAVRSTLTASLALEEFSSEIVERQSQPEVEVGRSPEILLKPLVVSRNEQEQCLIESSVNSVRFSIRIKQVDEIERILVRKFMQFLMGRAESFFILRRKPVQGYDISFLITNYHTEEMLKHKLVDFIIEFMEEVDAEISEMKLFLNGRARLVAETYLSCF

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Actin-related protein 2/3 complex subunit 5
分子量 formula_weight	16922.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MTFRTLDVDSITEPVLTEQDIFPIRNETAEQVQAAVSQLIPQARSAIQTGNALQGLKTLLSYVPYGNDVQEVRTQYLNAFVDVLSNIRAADIPAFVKECSTEEIDNIVNFIYRGLANPQAYNSSVLLNWHEKVVEISGIGCIVRVLNSRPDL

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Actin, alpha skeletal muscle
分子量 formula_weight	41875.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R,H,I

DEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	8e9bA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	8e9bB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	8e9bC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	8e9bD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	8e9bG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — Actin-related protein 2/3 complex subunit 5

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	79467

Cryo-EM structure of S. pombe Arp2/3 complex in the branch junction

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin-related protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Actin-related protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Actin-related protein 2/3 complex subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Actin-related protein 2/3 complex subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Actin-related protein 2/3 complex subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Actin-related protein 2/3 complex subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Actin-related protein 2/3 complex subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Actin, alpha skeletal muscle

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8e9b__assembly_1__model_1

8e9b__assembly_1__model_1 | I(q)

8e9b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer