8ea9

NKG2D complexed with inhibitor 4d

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ea9
沉积日期 deposition_date	2022-08-28
结构标题 title	NKG2D complexed with inhibitor 4d
关键词 keywords	NKG2D, Immune System, IMMUNOSUPPRESSANT, IMMUNOSUPPRESSANT-INHIBITOR complex; IMMUNOSUPPRESSANT/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.98 Å
零角强度 I(0) i0	15264000.00
分子量 molecular_weight	29018.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35916 Å³
包络体积 envelope_volume	40415 Å³
水化壳体积 shell_volume	18108 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.2 Å
壳层 Rg shell_rg	25.02 Å
包络 Rg envelope_rg	19.31 Å
形状 Rg shape_rg	18.98 Å
总 Rg total_rg	19.80 Å
总原子数 total_atoms	2028
残基数 n_residues	241
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.1 Å
Rg (实空间) rg_real	19.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8068
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.333
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.397
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2996000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	NKG2-D type II integral membrane protein
分子量 formula_weight	14880.8 kDa
突变 mutation	S117E,I173S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	2198

MGPLTESYCGPCPKNWICYKNNCYQFFDEEKNWYESQASCMSQNASLLKVYSKEDQDLLKLVKSYHWMGLVHIPTNGSWQWEDGSSLSPNLLTIIEMQKGDCALYASSFKGYIENCSTPNTYICMQRTV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	N-[(1S)-1-[3,5-bis(trifluoromethyl)phenyl]-2-(dimethylamino)-2-oxoethyl]-4-[4-(trifluoromethyl)phenyl]pyridine-3-carboxamide
分子量 formula_weight	563.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	154

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	99.719 Å
晶胞边长 b length_b	43.400 Å
晶胞边长 c length_c	64.777 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.580 Å
最低分辨率 resolution_low	32.280 Å
R 因子 r_factor	0.1810
R_work r_work	0.1795
R_free r_free	0.2121

fit	/app/data/saxs_computation/ea/8ea9/8ea9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ea/8ea9/8ea9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ea/8ea9/8ea9.dat