SAXSdb — 8ee1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-deoxyerythronolide B synthase

Saccharopolyspora erythraea

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	AA5 antibody heavy chain × 2 AA5 antibody light chain × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5UNP6_SACER
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 33–921； UniProt 2033–2921 作者链 D； PDB构建体 33–921； UniProt 2033–2921

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ee1
沉积日期 deposition_date	2022-09-06
结构标题 title	KS-AT didomain from module 2 of the 6-deoxyerythronolide B synthase in complex with antibody fragment AA5
关键词 keywords	polyketide synthase, BIOSYNTHETIC PROTEIN, TRANSFERASE-IMMUNE SYSTEM complex; BIOSYNTHETIC PROTEIN, TRANSFERASE/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8ee1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8ee1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8ee1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.90 Å
Rg（电子密度）	51.93 Å
总 Rg	51.97 Å
原子数	17683
残基数	2412
排除体积	311140 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8ee1__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	6-deoxyerythronolide B synthase
分子量 formula_weight	97601.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	17757

MASTDSEKVAEYLRRATLDLRAARQRIRELESEPIAIVGMACRLPGEVDSPERLWELITSGRDSAAEVPDDRGWVPDELMASDAAGTRRAHGNFMAGAGDFDAAFFGISPREALAMDPQQRQALETTWEALESAGIPPETLRGSDTGVFVGMSHQGYATGRPRPEDGVDGYLLTGNTASVASGRIAYVLGLEGPALTVDTACSSSLVALHTACGSLRDGDCGLAVAGGVSVMAGPEVFTEFSRQGALSPDGRCKPFSDEADGFGLGEGSAFVVLQRLSDARREGRRVLGVVAGSAVNQDGASNGLSAPSGVAQQRVIRRAWARAGITGADVAVVEAHGTGTRLGDPVEASALLATYGKSRGSSGPVLLGSVKSNIGHAQAAAGVAGVIKVLLGLERGVVPPMLCRGERSGLIDWSSGEIELADGVREWSPAADGVRRAGVSAFGVSGTNAHVIIAEPPEPEPVPQPRRMLPATGVVPVVLSARTGAALRAQAGRLADHLAAHPGIAPADVSWTMARARQHFEERAAVLAADTAEAVHRLRAVADGAVVPGVVTGSASDGGSVFVFPGQGAQWEGMARELLPVPVFAESIAECDAVLSEVAGFSVSEVLEPRPDAPSLERVDVVQPVLFAVMVSLARLWRACGAVPSAVIGHSQGEIAAAVVAGALSLEDGMRVVARRSRAVRAVAGRGSMLSVRGGRSDVEKLLADDSWTGRLEVAAVNGPDAVVVAGDAQAAREFLEYCEGVGIRARAIPVDYASHTAHVEPVRDELVQALAGITPRRAEVPFFSTLTGDFLDGTELDAGYWYRNLRHPVEFHSAVQALTDQGYATFIEVSPHPVLASSVQETLDDAESDAAVLGTLERDAGDADRFLTALADAHTRGVAVDWEAVLGRAGLVDLPGYPFQGKRFWLLPDRTTPRDELDGAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharopolyspora erythraea
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1836
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AA5 antibody heavy chain
分子量 formula_weight	26334.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

MAQVQLQQWGAGLLKPSETLSLTCAVYGGSFSGYYWSWIRQPPGKGLEWIGEINHSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGRGSSSSFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCAAAHHHHHHGAAEQKLISEEDLNGAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	AA5 antibody light chain
分子量 formula_weight	25238.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

LFAIPLVVPFYSHSALETTLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSYYLAWYQQKPGQAPRLLMYGASNRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTIARLEPEDFAVYFCQQYGTSPQTFGQGTNVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKLYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	74

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	8ee1A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thiolase/Chalcone synthase

结构域编号 domain_id	8ee1B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ee1B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ee1D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thiolase/Chalcone synthase

结构域编号 domain_id	8ee1G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	249.370 Å
晶胞边长 b length_b	252.440 Å
晶胞边长 c length_c	63.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	39.620 Å
R 因子 r_factor	0.2262
R_work r_work	0.2248
R_free r_free	0.2538

KS-AT didomain from module 2 of the 6-deoxyerythronolide B synthase in complex with antibody fragment AA5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-deoxyerythronolide B synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ee1__assembly_1__model_1

8ee1__assembly_1__model_1 | I(q)

8ee1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

KS-AT didomain from module 2 of the 6-deoxyerythronolide B synthase in complex with antibody fragment AA5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6-deoxyerythronolide B synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8ee1__assembly_1__model_1

8ee1__assembly_1__model_1 | I(q)

8ee1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)