SAXSdb — 8ee5

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ee5
沉积日期 deposition_date	2022-09-06
结构标题 title	Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ119-D in complex with ZIKV E glycoprotein
关键词 keywords	ZIKV, ZIKV-specific, cross-protomer epitopes, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.96 Å
零角强度 I(0) i0	126634000.00
分子量 molecular_weight	89719.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111440 Å³
包络体积 envelope_volume	172320 Å³
水化壳体积 shell_volume	34278 Å³
包络直径 envelope_diameter	147.9 Å
壳层 Rg shell_rg	45.83 Å
包络 Rg envelope_rg	43.28 Å
形状 Rg shape_rg	44.93 Å
总 Rg total_rg	45.13 Å
总原子数 total_atoms	6300
残基数 n_residues	821
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	147.9 Å
Rg (实空间) rg_real	44.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	126600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7531
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.324
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.917
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6444000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.601; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.388; Smooth: 0.594

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelope protein E
分子量 formula_weight	44214.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z
原子数 atom_count	6300

IRCIGVSNRDFVEGMSGGTWVDVVLEHGGCVTVMAQDKPTVDIELVTTTVSNMAEVRSYCYEASISDMASDSRCPTQGEAYLDKQSDTQYVCKRTLVDRGWGNGCGLFGKGSLVTCAKFACSKKMTGKSIQPENLEYRIMLSVHGSQHSGMIVNDTGHETDENRAKVEITPNSPRAEATLGGFGSLGLDCEPRTGLDFSDLYYLTMNNKHWLVHKEWFHDIPLPWHAGADTGTPHWNNKEALVEFKDAHAKRQTVVVLGSQEGAVHTALAGALEAEMDGAKGRLSSGHLKCRLKMDKLRLKGVSYSLCTAAFTFTKIPAETLHGTVTVEVQYAGTDGPCKVPAQMAVDMQTLTPVGRLITANPVITESTENSKMMLELDPPFGDSYIVIGVGEKKITHHWHRSGS

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2043570
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

Entity 2 polymer

描述 description	rhMZ119-D antibody heavy chain
分子量 formula_weight	23296.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVQSGAEVKRPGESLKISCKTSGYSFTSYWISWVRQMPGKGLEWMGAIDPSDSDTRYSPSFQGQVTISADKSISTAYLQWSSLKASDSATYYCAKEGIAARSLDVWGRGVLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGSLTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYVCNVNHKPSNTKVDKRVE

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	rhMZ119-D antibody light chain
分子量 formula_weight	22573.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

SYELTQPPSVSVSPGQTARITCSGDALPKKYAYWFQQKPGQSPVLIIYEDSKRPSGIPERFSGSSSGTVATLTISGAQVEDEADYYCYSTDSSGYHGLFGGGTRLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVEVAWKADGSAVNAGVETTKPSKQSNNKYAASSYLSLTSDQWKSHKSYSCQVTHEGSTVEKTVAPAE

来源 Source

来源生物 organism	Macaca mulatta
通用名 common_name	Rhesus monkey
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9544
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	8ee5H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ee5H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ee5L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ee5L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	8ee5Z01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.681 Å
晶胞边长 b length_b	103.672 Å
晶胞边长 c length_c	196.698 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 2 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.583 Å
最低分辨率 resolution_low	14.994 Å
R 因子 r_factor	0.2513
R_work r_work	0.2490
R_free r_free	0.2964

fit	/app/data/saxs_computation/ee/8ee5/8ee5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ee/8ee5/8ee5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ee/8ee5/8ee5.dat

Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ119-D in complex with ZIKV E glycoprotein

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)