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8ee8

Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ100-C in complex with ZIKV E glycoprotein

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 182.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein E

Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013

UniProt A0A024B7W1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 291–695 链 B； UniProt 291–695 链 E； UniProt 291–695 链 Z； UniProt 291–695 未记录 rhMZ100-C antibody heavy chain × 2 rhMZ100-C antibody light chain × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；12% PEG 8000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1M Tris (pH 8.5) 分辨率 2.80 Å R-free 0.295

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8EE8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5GZR Zika virus E protein complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab 提交 2016-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 600 PDB 声明：600-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and blotted for 2s with filter paper before plugging into liquid ethane using the FEI Vitrobot Mark IV
分辨率 9.40 Å
5GZR Zika virus E protein complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab 提交 2016-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and blotted for 2s with filter paper before plugging into liquid ethane using the FEI Vitrobot Mark IV
分辨率 9.40 Å
5GZR Zika virus E protein complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab 提交 2016-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：50-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and blotted for 2s with filter paper before plugging into liquid ethane using the FEI Vitrobot Mark IV
分辨率 9.40 Å
5GZR Zika virus E protein complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab 提交 2016-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and blotted for 2s with filter paper before plugging into liquid ethane using the FEI Vitrobot Mark IV
分辨率 9.40 Å
5GZR Zika virus E protein complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab 提交 2016-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and blotted for 2s with filter paper before plugging into liquid ethane using the FEI Vitrobot Mark IV
分辨率 9.40 Å
5GZR Zika virus E protein complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab 提交 2016-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 600 PDB 声明：600-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and blotted for 2s with filter paper before plugging into liquid ethane using the FEI Vitrobot Mark IV
分辨率 9.40 Å
5H30 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5 提交 2016-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 720 PDB 声明：720-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
5H30 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5 提交 2016-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
5H30 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5 提交 2016-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
5H30 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5 提交 2016-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
5H30 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5 提交 2016-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
5H30 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5 提交 2016-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 720 PDB 声明：720-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
5H32 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 5.0 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 540 PDB 声明：540-meric
链 A 291–693（403 aa）
链 B 291–693（403 aa）
链 C 291–693（403 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å
5H32 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 5.0 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 291–693（403 aa）
链 B 291–693（403 aa）
链 C 291–693（403 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å
5H32 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 5.0 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric
链 A 291–693（403 aa）
链 B 291–693（403 aa）
链 C 291–693（403 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å
5H32 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 5.0 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 A 291–693（403 aa）
链 B 291–693（403 aa）
链 C 291–693（403 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å
5H32 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 5.0 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 291–693（403 aa）
链 B 291–693（403 aa）
链 C 291–693（403 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å
5H32 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 5.0 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 540 PDB 声明：540-meric
链 A 291–693（403 aa）
链 B 291–693（403 aa）
链 C 291–693（403 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å
5H37 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 8.0 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 720 PDB 声明：720-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 60 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5H37 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 8.0 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5H37 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 8.0 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5H37 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 8.0 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5H37 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 8.0 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5H37 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 8.0 提交 2016-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 720 PDB 声明：720-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 E 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 60 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
5IY3 Zika Virus Non-structural Protein NS1 提交 2016-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 966–1146（181 aa） 片段：UNP residues 966-1146
链 B 966–1146（181 aa） 片段：UNP residues 966-1146
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.09 M NPS mix[NaNO3, Na2HPO4, (NH4)2SO4], 0.1 M buffer mix (Imidazole, Sodium Cacodylate, MES; Bis-Tris) pH 6.5, 37.5% MPD_P1K_P3350 mix(MPD, PEG 1000, PEG 3350)
分辨率 2.20 Å R-free 0.246
5IZ7 Cryo-EM structure of thermally stable Zika virus strain H/PF/2013 提交 2016-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 180 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 1s
分辨率 3.70 Å
5IZ7 Cryo-EM structure of thermally stable Zika virus strain H/PF/2013 提交 2016-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 1s
分辨率 3.70 Å
5IZ7 Cryo-EM structure of thermally stable Zika virus strain H/PF/2013 提交 2016-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 1s
分辨率 3.70 Å
5IZ7 Cryo-EM structure of thermally stable Zika virus strain H/PF/2013 提交 2016-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 1s
分辨率 3.70 Å
5IZ7 Cryo-EM structure of thermally stable Zika virus strain H/PF/2013 提交 2016-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 1s
分辨率 3.70 Å
5JMT Crystal structure of Zika virus NS3 helicase 提交 2016-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1674–2119（446 aa） 片段：UNP residues 1674-2119
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5.2；291 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.5), 22%(w/v) polyethylene glycol 1000
分辨率 1.80 Å R-free 0.200
5KVD Zika specific antibody, ZV-2, bound to ZIKA envelope DIII 提交 2016-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 589–697（109 aa） 片段：UNP residues 589-697
未记录 NA SODIUM ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES pH6.5, 0.6 M NaCl and 20.6% PEG 4000
分辨率 1.65 Å R-free 0.221
5KVF Zika specific antibody, ZV-64, bound to ZIKA envelope DIII 提交 2016-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 589–697（109 aa） 片段：UNP residues 589-697
未记录 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium acetate and 22% PEG4000
分辨率 1.40 Å R-free 0.186
5KVG Zika specific antibody, ZV-67, bound to ZIKA envelope DIII 提交 2016-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 589–697（109 aa） 片段：UNP residues 589-697
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ammonium formate, 20% PEG 3350
分辨率 1.40 Å R-free 0.179
6CO8 Structure of Zika virus at a resolution of 3.1 Angstrom 提交 2018-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric
链 A 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 B 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 C 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 D 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 E 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 F 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；12 mM Tris-HCl, pH 8, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6CO8 Structure of Zika virus at a resolution of 3.1 Angstrom 提交 2018-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 B 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 C 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 D 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 E 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 F 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；12 mM Tris-HCl, pH 8, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6CO8 Structure of Zika virus at a resolution of 3.1 Angstrom 提交 2018-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 A 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 B 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 C 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 D 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 E 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 F 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；12 mM Tris-HCl, pH 8, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6CO8 Structure of Zika virus at a resolution of 3.1 Angstrom 提交 2018-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 A 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 B 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 C 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 D 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 E 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 F 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；12 mM Tris-HCl, pH 8, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6CO8 Structure of Zika virus at a resolution of 3.1 Angstrom 提交 2018-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 B 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 C 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 D 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 E 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 F 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；12 mM Tris-HCl, pH 8, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6JFH The asymmetric-reconstructed cryo-EM structure of Zika virus-FabZK2B10 complex 提交 2019-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 B 216–290（75 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 20.00 Å
6JFI The symmetric-reconstructed cryo-EM structure of Zika virus-FabZK2B10 complex 提交 2019-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 600 PDB 声明：600-meric
链 B 216–290（75 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.00 Å
6JFI The symmetric-reconstructed cryo-EM structure of Zika virus-FabZK2B10 complex 提交 2019-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 216–290（75 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.00 Å
6JFI The symmetric-reconstructed cryo-EM structure of Zika virus-FabZK2B10 complex 提交 2019-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：50-meric
链 B 216–290（75 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.00 Å
6JFI The symmetric-reconstructed cryo-EM structure of Zika virus-FabZK2B10 complex 提交 2019-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 B 216–290（75 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.00 Å
6JFI The symmetric-reconstructed cryo-EM structure of Zika virus-FabZK2B10 complex 提交 2019-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 216–290（75 aa）
链 D 216–290（75 aa）
链 F 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.00 Å
6LD1 Zika NS5 polymerase domain 提交 2019-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2790–3411（622 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；10% PEG 6000, 0.2M HEPES pH 7.5
分辨率 1.40 Å R-free 0.218
6LD2 Zika NS5 polymerase domain 提交 2019-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2790–3411（622 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 KY3 (1S,2S,4S,5R)-2,4-dimethoxy-5-thiophen-2-yl-cyclohexane-1-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；10% PEG 6000, 0.2M HEPES pH7.5
分辨率 1.40 Å R-free 0.227
6LD3 Zika NS5 polymerase domain 提交 2019-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2790–3411（622 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 G8O 2,4-dimethoxy-5-thiophen-2-yl-benzoic acid × 1 FB2 benzenesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；10% PEG 6000, 0.2M HEPES pH 7.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.249
6LD4 Zika NS5 polymerase domain 提交 2019-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2790–3411（622 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 G8O 2,4-dimethoxy-5-thiophen-2-yl-benzoic acid × 1 G8F 3-methoxybenzenesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；10% PEG 6000, 0.2M HEPES pH7.5
分辨率 1.50 Å R-free 0.224
6LD5 Zika NS5 polymerase domain 提交 2019-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2790–3411（622 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 G8O 2,4-dimethoxy-5-thiophen-2-yl-benzoic acid × 1 G8L quinoline-8-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；10% PEG 6000, 0.2M HEPES pH 7.4
分辨率 1.94 Å R-free 0.226
6LNT Cryo-EM structure of immature Zika virus in complex with human antibody DV62.5 Fab 提交 2020-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 720 PDB 声明：720-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 128–290（163 aa）
链 E 128–290（163 aa）
链 F 128–290（163 aa）
链 M 6–122（117 aa）
链 N 6–122（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
6LNT Cryo-EM structure of immature Zika virus in complex with human antibody DV62.5 Fab 提交 2020-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 128–290（163 aa）
链 E 128–290（163 aa）
链 F 128–290（163 aa）
链 M 6–122（117 aa）
链 N 6–122（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
6LNT Cryo-EM structure of immature Zika virus in complex with human antibody DV62.5 Fab 提交 2020-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 128–290（163 aa）
链 E 128–290（163 aa）
链 F 128–290（163 aa）
链 M 6–122（117 aa）
链 N 6–122（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
6LNT Cryo-EM structure of immature Zika virus in complex with human antibody DV62.5 Fab 提交 2020-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 128–290（163 aa）
链 E 128–290（163 aa）
链 F 128–290（163 aa）
链 M 6–122（117 aa）
链 N 6–122（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
6LNT Cryo-EM structure of immature Zika virus in complex with human antibody DV62.5 Fab 提交 2020-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 128–290（163 aa）
链 E 128–290（163 aa）
链 F 128–290（163 aa）
链 M 6–122（117 aa）
链 N 6–122（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
6LNU Cryo-EM structure of immature Zika virus 提交 2020-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 128–290（163 aa）
链 E 128–290（163 aa）
链 F 128–290（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.00 Å
6LNU Cryo-EM structure of immature Zika virus 提交 2020-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 128–290（163 aa）
链 E 128–290（163 aa）
链 F 128–290（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.00 Å
6LNU Cryo-EM structure of immature Zika virus 提交 2020-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 128–290（163 aa）
链 E 128–290（163 aa）
链 F 128–290（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.00 Å
6LNU Cryo-EM structure of immature Zika virus 提交 2020-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 128–290（163 aa）
链 E 128–290（163 aa）
链 F 128–290（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.00 Å
6LNU Cryo-EM structure of immature Zika virus 提交 2020-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
链 D 128–290（163 aa）
链 E 128–290（163 aa）
链 F 128–290（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；10 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA, pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.00 Å
6MID Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195 提交 2018-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 480 PDB 声明：480-meric
链 A 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 B 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 C 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 D 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 E 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 F 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；NTE buffer at pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6MID Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195 提交 2018-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 B 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 C 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 D 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 E 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 F 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；NTE buffer at pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6MID Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195 提交 2018-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：40-meric
链 A 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 B 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 C 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 D 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 E 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 F 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；NTE buffer at pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6MID Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195 提交 2018-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 A 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 B 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 C 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 D 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 E 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 F 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；NTE buffer at pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6MID Cryo-EM structure of the ZIKV virion in complex with Fab fragments of the potently neutralizing human monoclonal antibody ZIKV-195 提交 2018-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 其他组合 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 B 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 C 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 D 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
链 E 291–794（504 aa） 片段：UNP residues 291-794
链 F 216–290（75 aa） 片段：UNP residues 216-290
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；NTE buffer at pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6NIP Crystal structure of a human anti-ZIKV-DENV neutralizing antibody MZ1 in complex with ZIKV E glycoprotein 提交 2018-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 291–695（405 aa）
链 Z 291–695（405 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；0.06 M MgCl2, 0.1M Imidazole MES monohydrate (pH 6.5), 20% Ethylene glycol and 10% PEG 8,000
分辨率 4.16 Å R-free 0.237
6NIU Crystal structure of a human anti-ZIKV-DENV neutralizing antibody MZ4 in complex with ZIKV E glycoprotein 提交 2018-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 291–695（405 aa）
链 Z 291–695（405 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；291 K；1.26 M ammonium sulfate, 0.1 M CHES/NaOH (pH 9.5) and 0.2 M sodium chloride
分辨率 4.30 Å R-free 0.359
6NIU Crystal structure of a human anti-ZIKV-DENV neutralizing antibody MZ4 in complex with ZIKV E glycoprotein 提交 2018-12-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 291–695（405 aa）
链 B 291–695（405 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；291 K；1.26 M ammonium sulfate, 0.1 M CHES/NaOH (pH 9.5) and 0.2 M sodium chloride
分辨率 4.30 Å R-free 0.359
7BSD Complex structure of 1G5.3 Fab bound to ZIKV NS1c 提交 2020-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 966–1146（181 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；14% v/vPoly(acrylic acid-co-maleic acid) solution
分辨率 2.53 Å R-free 0.239
7BSD Complex structure of 1G5.3 Fab bound to ZIKV NS1c 提交 2020-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 966–1146（181 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；14% v/vPoly(acrylic acid-co-maleic acid) solution
分辨率 2.53 Å R-free 0.239
7BU8 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 6.5 提交 2020-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 720 PDB 声明：720-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 180 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7BU8 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 6.5 提交 2020-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7BU8 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 6.5 提交 2020-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7BU8 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 6.5 提交 2020-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7BU8 Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 6.5 提交 2020-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7BUA Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 8.0 提交 2020-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 720 PDB 声明：720-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 180 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7BUA Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 8.0 提交 2020-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7BUA Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 8.0 提交 2020-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7BUA Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 8.0 提交 2020-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7BUA Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab SIgN-3C at pH 8.0 提交 2020-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7CBP CryoEM structure of Zika virus with Fab at 4.1 Angstrom 提交 2020-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 600 PDB 声明：600-meric
链 K 291–791（501 aa）
链 N 291–791（501 aa）
链 Q 291–791（501 aa）
链 T 216–290（75 aa）
链 U 216–290（75 aa）
链 V 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7CBP CryoEM structure of Zika virus with Fab at 4.1 Angstrom 提交 2020-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 K 291–791（501 aa）
链 N 291–791（501 aa）
链 Q 291–791（501 aa）
链 T 216–290（75 aa）
链 U 216–290（75 aa）
链 V 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7CBP CryoEM structure of Zika virus with Fab at 4.1 Angstrom 提交 2020-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：50-meric
链 K 291–791（501 aa）
链 N 291–791（501 aa）
链 Q 291–791（501 aa）
链 T 216–290（75 aa）
链 U 216–290（75 aa）
链 V 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7CBP CryoEM structure of Zika virus with Fab at 4.1 Angstrom 提交 2020-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 K 291–791（501 aa）
链 N 291–791（501 aa）
链 Q 291–791（501 aa）
链 T 216–290（75 aa）
链 U 216–290（75 aa）
链 V 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7CBP CryoEM structure of Zika virus with Fab at 4.1 Angstrom 提交 2020-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 其他组合 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 K 291–791（501 aa）
链 N 291–791（501 aa）
链 Q 291–791（501 aa）
链 T 216–290（75 aa）
链 U 216–290（75 aa）
链 V 216–290（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7YAR ZIKV_Fab_G9E 提交 2022-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 720 PDB 声明：720-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
7YAR ZIKV_Fab_G9E 提交 2022-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
7YAR ZIKV_Fab_G9E 提交 2022-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
7YAR ZIKV_Fab_G9E 提交 2022-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
7YAR ZIKV_Fab_G9E 提交 2022-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
8EE5 Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ119-D in complex with ZIKV E glycoprotein 提交 2022-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Z 291–695（405 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.06M Nitrate Phosphate Sulfate , 0.1M Sodium HEPES and MOPS (acid) pH 7.5, 20% Ethylene glycol, 10 % PEG 8000 + 2% w/v Benzamidine hydrochloride
分辨率 3.58 Å R-free 0.296
8EED Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ107-B in complex with ZIKV E glycoprotein 提交 2022-09-07 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 291–695（405 aa）
链 B 291–695（405 aa）
链 C 291–695（405 aa）
链 D 291–695（405 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；15% PEG 6000, 5% MPD, 0.1 M MES (pH 6.5)
分辨率 3.49 Å R-free 0.331
8EEE Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ104-d in complex with ZIKV E glycoprotein 提交 2022-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 291–695（405 aa）
链 Z 291–695（405 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；12% PEG 8000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1M Tris-HCl (pH 8.5)
分辨率 2.82 Å R-free 0.275
9JS6 cryoEM of antibody complexed with immature Zika virus 提交 2024-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 480 PDB 声明：480-meric
链 A 292–794（503 aa）
链 B 292–794（503 aa）
链 C 292–794（503 aa）
链 D 128–290（163 aa）
链 E 128–290（163 aa）
链 F 128–290（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.80 Å
9JS6 cryoEM of antibody complexed with immature Zika virus 提交 2024-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 292–794（503 aa）
链 B 292–794（503 aa）
链 C 292–794（503 aa）
链 D 128–290（163 aa）
链 E 128–290（163 aa）
链 F 128–290（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.80 Å
9JS6 cryoEM of antibody complexed with immature Zika virus 提交 2024-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：40-meric
链 A 292–794（503 aa）
链 B 292–794（503 aa）
链 C 292–794（503 aa）
链 D 128–290（163 aa）
链 E 128–290（163 aa）
链 F 128–290（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.80 Å
9JS6 cryoEM of antibody complexed with immature Zika virus 提交 2024-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 A 292–794（503 aa）
链 B 292–794（503 aa）
链 C 292–794（503 aa）
链 D 128–290（163 aa）
链 E 128–290（163 aa）
链 F 128–290（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.80 Å
9JS6 cryoEM of antibody complexed with immature Zika virus 提交 2024-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 292–794（503 aa）
链 B 292–794（503 aa）
链 C 292–794（503 aa）
链 D 128–290（163 aa）
链 E 128–290（163 aa）
链 F 128–290（163 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.80 Å
9JS7 cryoEM of antibody complexed with mature Zika virus 提交 2024-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 420 PDB 声明：420-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
9JS7 cryoEM of antibody complexed with mature Zika virus 提交 2024-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
9JS7 cryoEM of antibody complexed with mature Zika virus 提交 2024-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
9JS7 cryoEM of antibody complexed with mature Zika virus 提交 2024-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
9JS7 cryoEM of antibody complexed with mature Zika virus 提交 2024-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 291–794（504 aa）
链 B 291–794（504 aa）
链 C 291–794（504 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
9OD2 Cryo-EM structure of modified Zika virus E protein dimer complexed with a neutralizing antibody SMZAb2 Fab 提交 2025-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 290–695（406 aa）
链 B 290–695（406 aa）
突变：G5C, G102C 突变：G5C, G102C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.09 Å
9XYB Crystal structure of a ZIKV E glycoprotein DI-DIII vaccine candidate in complex with human neutralizing antibody MZ4 提交 2025-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 291–342（52 aa）
链 E 425–486（62 aa）
链 E 576–695（120 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；40% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 15% (v/v) ethanol
分辨率 2.85 Å R-free 0.316

共 35 个其他 PDB 条目、105 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_ZIKVF
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–405； UniProt 291–695 作者链 B； PDB构建体 1–405； UniProt 291–695 作者链 E； PDB构建体 1–405； UniProt 291–695 作者链 Z； PDB构建体 1–405； UniProt 291–695

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ee8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ee8
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ee8
沉积日期 deposition_date2022-09-06
结构标题 titleCrystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ100-C in complex with ZIKV E glycoprotein
关键词 keywordsZIKV, ZIKV-specific, cross-protomer epitopes, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier57.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron57.67 Å
零角强度 I(0) i01089870000.00
分子量 molecular_weight267380.0 kDa
排除体积 excluded_volume331310 ų
包络体积 envelope_volume523140 ų
水化壳体积 shell_volume79455 ų
包络直径 envelope_diameter188.1 Å
壳层 Rg shell_rg55.37 Å
包络 Rg envelope_rg56.41 Å
形状 Rg shape_rg57.64 Å
总 Rg total_rg57.69 Å
总原子数 total_atoms18752
残基数 n_residues2479
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax182.6 Å
Rg (实空间) rg_real57.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.04 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0900e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2470e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal57.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1090000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8523
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary60.9 Å
偏度 Skewness skewness0.264
峰度 Kurtosis kurtosis-0.571
角度范围 angular_range— – 0.1350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha39510000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.190
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id8ee8A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 —
结构域编号 domain_id8ee8B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 —
结构域编号 domain_id8ee8C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8ee8C02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8ee8D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8ee8D02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8ee8E01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 —
结构域编号 domain_id8ee8H01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8ee8H02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8ee8L01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8ee8L02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8ee8Z01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily350 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)