8eg3

Structure of human placental steroid (estrone/DHEA) sulfatase at 2.0 angstrom resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 94.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8eg3
沉积日期 deposition_date	2022-09-10
结构标题 title	Structure of human placental steroid (estrone/DHEA) sulfatase at 2.0 angstrom resolution
关键词 keywords	Steroid, sulfatase, sex steroid biosynthesis, ER membrane-bound enzyme, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.56 Å
零角强度 I(0) i0	62977000.00
分子量 molecular_weight	63069.0 kDa
排除体积 excluded_volume	79220 Å³
包络体积 envelope_volume	92612 Å³
水化壳体积 shell_volume	31347 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.8 Å
壳层 Rg shell_rg	31.71 Å
包络 Rg envelope_rg	25.50 Å
形状 Rg shape_rg	24.54 Å
总 Rg total_rg	25.35 Å
总原子数 total_atoms	4442
残基数 n_residues	553
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	62980000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7816
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.591
峰度 Kurtosis kurtosis	0.578
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16470000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.458; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.860; Smooth: 0.923

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Steryl-sulfatase
分子量 formula_weight	65647.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.6.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4575

MPLRKMKIPFLLLFFLWEAESHAASRPNIILVMADDLGIGDPGCYGNKTIRTPNIDRLASGGVKLTQHLAASPLATPSRAAFMTGRYPVRSGMASWSRTGVFLFTASSGGLPTDEITFAKLLKDQGYSTALIGKWHLGMSCHSKTDFCHHPLHHGFNYFYGISLTNLRDCKPGEGSVFTTGFKRLVFLPLQIVGVTLLTLAALNCLGLLHVPLGVFFSLLFLAALILTLFLGFLHYFRPLNCFMMRNYEIIQQPMSYDNLTQRLTVEAAQFIQRNTETPFLLVLSYLHVHTALFSSKDFAGKSQHGVYGDAVEEMDWSVGQILNLLDELRLANDTLIYFTSDQGAHVEEVSSKGEIHGGSNGIYKGGKANNWEGGIRVPGILRWPRVIQAGQKIDEPTSNMDIFPTVAKLAGAPLPEDRIIDGRDLMPLLEGKSQRSDHEFLFHYCNAYLNAVRWHPQNSTSIWKAFFFTPNFNPVGSNGCFATHVCFCFGSYVTHHDPPLLFDISKDPRERNPLTPASEPRFYEILKVMQEAADRHTQTLPEVPDQFSWNNFLWKPWLQLCCPSTGLSCQCDREKQDKRLSR

Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	133

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	117.190 Å
晶胞边长 b length_b	117.190 Å
晶胞边长 c length_c	102.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.040 Å
最低分辨率 resolution_low	32.130 Å
R 因子 r_factor	0.2211
R_work r_work	0.2195
R_free r_free	0.2505

fit	/app/data/saxs_computation/eg/8eg3/8eg3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eg/8eg3/8eg3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eg/8eg3/8eg3.dat

Structure of human placental steroid (estrone/DHEA) sulfatase at 2.0 angstrom resolution

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction