8egd

Branched chain ketoacid dehydrogenase kinase in complex with inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 72.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8egd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8egd
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8egd
沉积日期 deposition_date2022-09-12
结构标题 titleBranched chain ketoacid dehydrogenase kinase in complex with inhibitor
关键词 keywords;Branched-chain ketoacid dehydrogenase, Branched-chain ketoacid dehydrogenase kinase, inhibitors, angiotensin receptor blocker, complex, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.21
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.04
零角强度 I(0) i025591900.00
分子量 molecular_weight38435.0 kDa
排除体积 excluded_volume48039 ų
包络体积 envelope_volume57381 ų
水化壳体积 shell_volume22666 ų
包络直径 envelope_diameter75.6
壳层 Rg shell_rg27.81
包络 Rg envelope_rg21.18
形状 Rg shape_rg21.04
总 Rg total_rg21.87
总原子数 total_atoms2721
残基数 n_residues325
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.7
Rg (实空间) rg_real22.13
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real2.5590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.15
I(0) (倒空间) i0_reciprocal25590000.0000
解质量估计 total_estimate0.8954
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.1
偏度 Skewness skewness0.204
峰度 Kurtosis kurtosis-0.472
角度范围 angular_range— – 0.3600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5941000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.999

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (7)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id8egdA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id8egdA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)