SAXSdb — 8egq

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8egq
沉积日期 deposition_date	2022-09-13
结构标题 title	Branched chain ketoacid dehydrogenase kinase complexes
关键词 keywords	;Branched-chain ketoacid dehydrogenase, Branched-chain ketoacid dehydrogenase kinase, inhibitors, angiotensin receptor blocker, SIGNALING PROTEIN, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex ;; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.18 Å
零角强度 I(0) i0	24761200.00
分子量 molecular_weight	38095.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47788 Å³
包络体积 envelope_volume	57030 Å³
水化壳体积 shell_volume	22406 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.5 Å
壳层 Rg shell_rg	27.85 Å
包络 Rg envelope_rg	21.39 Å
形状 Rg shape_rg	21.18 Å
总 Rg total_rg	22.05 Å
总原子数 total_atoms	2725
残基数 n_residues	324
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.0 Å
Rg (实空间) rg_real	22.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4760e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24760000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9006
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.230
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.483
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6126000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.994

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
分子量 formula_weight	44261.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2901

STSATDTHHVELARERSKTVTSFYNQSAIDVVAEKPSVRLTPTMMLYSGRSQDGSHLLKSGRYLQQELPVRIAHRIKGFRSLPFIIGCNPTILHVHELYIRAFQKLTDFPPIKDQADEAQYCQLVRQLLDDHKDVVTLLAEGLRESRKHIEDEKLVRYFLDKTLTSRLGIRMLATHHLALHEDKPDFVGIICTRLSPKKIIEKWVDFARRLCEHKYGNAPRVRINGHVAARFPFIPMPLDYILPELLKNAMRATMESHLDTPYNVPDVVITIANNDVDLIIRISDRGGGIAHKDLDRVMDYHFTTAEASTQDPRISPLFGHLDMHSGGQSGPMHGFGFGLPTSRAYAEYLGGSLQLQSLQGIGTDVYLRLRHIDGREESFRIHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	(2S)-2-ethyl-4-{[(2'M)-2'-(1H-tetrazol-5-yl)[1,1'-biphenyl]-4-yl]methyl}-3,4-dihydro-2H-pyrido[3,2-b][1,4]oxazine
分子量 formula_weight	398.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	176

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8egqA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	8egqA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	565 — Heat Shock Protein 90
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.267 Å
晶胞边长 b length_b	111.267 Å
晶胞边长 c length_c	140.111 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.955 Å
最低分辨率 resolution_low	96.360 Å
R 因子 r_factor	0.2311
R_work r_work	0.2291
R_free r_free	0.2665

fit	/app/data/saxs_computation/eg/8egq/8egq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eg/8egq/8egq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eg/8egq/8egq.dat

Branched chain ketoacid dehydrogenase kinase complexes

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction