8ek8

Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAAAGGAGAAGGG)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 97.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor PU.1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 165–270	片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	;DNA (5'-D(APTPAPAPAPAPGPGPAPGPAPAPGPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PCPCPCPTPTPCPTPCPCPTPTPTPTPAPT)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Ammonium Acetate, 100 mM TRIS, pH=8.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.63 Å R-free 0.280
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 165–270	片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	;DNA (5'-D(APTPAPAPAPAPGPGPAPGPAPAPGPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PCPCPCPTPTPCPTPCPCPTPTPTPTPAPT)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；200 mM Ammonium Acetate, 100 mM TRIS, pH=8.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.63 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8EK8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8E3K Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAGCGGAAGTGGG) 提交 2022-08-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2% PEG 3350, 100 mM Sodium Acetate, pH 4.6	分辨率 1.28 Å R-free 0.151
8E3R Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAAAGGAAGTGGG) 提交 2022-08-17	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2% PEG 3350, 100 mM Sodium Acetate, pH 4.6	分辨率 1.45 Å R-free 0.153
8E4H Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAGAGGAAGTGGG) 提交 2022-08-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2% PEG 3350, 100 mM Sodium Acetate, pH 4.6	分辨率 1.39 Å R-free 0.153
8E5Y Human PU.1 ETS-Domain Bound to d(AATAAGCGGAAGTGGG) Acetate Free at pH 5.4 提交 2022-08-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；100 mM Bis-Tris pH 5.4, 2% PEG 3350	分辨率 1.32 Å R-free 0.162
8EBH Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAGCGGAATGGGG) 提交 2022-08-31	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2% PEG 3350, 100 mM Sodium Acetate, pH 4.6	分辨率 1.33 Å R-free 0.174
8EE9 Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAAAGGAATGGGG) 提交 2022-09-06	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2% PEG 3350, 100 mM Sodium Acetate, pH 4.6	分辨率 1.22 Å R-free 0.156
8EJ6 Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAGAGGAATGGGG) 提交 2022-09-16	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350	分辨率 1.39 Å R-free 0.168
8EJ8 Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Q226E Mutant Bound to d(AATAAAAGGAAGTGGG) 提交 2022-09-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	突变：Q226E	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.172
8EK3 Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Q226E Mutant Bound to d(AATAAGCGGAATGGGG) 提交 2022-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain (165-270)	突变：Q226E	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350	分辨率 1.38 Å R-free 0.167
8EKJ Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAATGGAAGTGGG) 提交 2022-09-21	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Sodium Acetate, 2% PEG 3350	分辨率 1.54 Å R-free 0.192
8EKU Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAATGGAATGGGG) 提交 2022-09-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350	分辨率 1.52 Å R-free 0.188
8EKV Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAGCGGATGTGGG) 提交 2022-09-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350	分辨率 1.62 Å R-free 0.200
8EKZ Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAGGAGAAGTAGG) 提交 2022-09-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350	分辨率 1.42 Å R-free 0.166
8EM9 Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAGGAGAAGTAGGG) 提交 2022-09-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350	分辨率 2.34 Å R-free 0.270
8EMD Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Q226E Mutant Bound to d(AATAAGCGGAAGTGGG) 提交 2022-09-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain (165-270)	突变：Q226E	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350	分辨率 1.55 Å R-free 0.202
8ENG Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAGCGGAAGTGGG) with Hemi-methylated CpG (forward strand) 提交 2022-09-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350	分辨率 1.25 Å R-free 0.158
8EO1 Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAGCGGAAGTGGG) with Hemi-methylated CpG (reverse strand) 提交 2022-10-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350	分辨率 1.28 Å R-free 0.180
8EO4 Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAGCGGAAGTGGG) with Di-methylated CpG sites 提交 2022-10-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG3350	分辨率 1.24 Å R-free 0.165
8EQG Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAA(DU)GGAAGTGGG) 提交 2022-10-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350	分辨率 1.39 Å R-free 0.184
8EQK Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAACCGGAAGTGGG) 提交 2022-10-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.179
8EQL Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Q226E Mutant Bound to d(AATAACCGGAAGTGGG) 提交 2022-10-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350	分辨率 1.52 Å R-free 0.195
8T9U Human PU.1 ETS-domain (165-270) in complex with d(AATAAGCGIAAGTGGG) 提交 2023-06-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350	分辨率 1.47 Å R-free 0.181
8UFF Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAAAGGAAGTGGG) in Ternary Complex with DB1976 提交 2023-10-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	Y5U (2M,2'M)-2,2'-(selenophene-2,5-diyl)di(1H-benzimidazole-6-carboximidamide) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；100mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350 well solution mixed 1:1 with 250uM Protein/DNA Complex	分辨率 1.66 Å R-free 0.201
8UFK Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAAAGCGGAAGTG) 提交 2023-10-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100mM TRIS Base (HCl adjusted), pH=8.5, 200mM Ammonium Acetate, 24% PEG3350 1:1 hanging drop with 250uM protein/DNA complex	分辨率 2.41 Å R-free 0.266
8UFK Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAAAGCGGAAGTG) 提交 2023-10-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 E 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100mM TRIS Base (HCl adjusted), pH=8.5, 200mM Ammonium Acetate, 24% PEG3350 1:1 hanging drop with 250uM protein/DNA complex	分辨率 2.41 Å R-free 0.266
8UFZ Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAAAGCGGAAGTG) in Ternary Complex with DB1976 提交 2023-10-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	Y5U (2M,2'M)-2,2'-(selenophene-2,5-diyl)di(1H-benzimidazole-6-carboximidamide) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100mM TRIS Base (HCl adjusted), pH=8.5, 200mM Ammonium Acetate, 24% PEG3350 1:1 hanging drop with 250uM protein/DNA complex - Ligand incorporated via soaking at 500uM concentration 24h	分辨率 3.06 Å R-free 0.286
8UFZ Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAAAGCGGAAGTG) in Ternary Complex with DB1976 提交 2023-10-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 E 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	Y5U (2M,2'M)-2,2'-(selenophene-2,5-diyl)di(1H-benzimidazole-6-carboximidamide) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100mM TRIS Base (HCl adjusted), pH=8.5, 200mM Ammonium Acetate, 24% PEG3350 1:1 hanging drop with 250uM protein/DNA complex - Ligand incorporated via soaking at 500uM concentration 24h	分辨率 3.06 Å R-free 0.286
8UHK Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AAAATAAAAGGAAGTG) 提交 2023-10-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100mM TRIS Base (HCl adjusted), pH=8.5, 200mM Ammonium Acetate, 24% PEG3350 1:1 hanging drop with 250uM protein/DNA complex	分辨率 3.08 Å R-free 0.304
8UHK Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AAAATAAAAGGAAGTG) 提交 2023-10-09	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 E 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100mM TRIS Base (HCl adjusted), pH=8.5, 200mM Ammonium Acetate, 24% PEG3350 1:1 hanging drop with 250uM protein/DNA complex	分辨率 3.08 Å R-free 0.304
8V9N Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAGAAGGAAGTGGG) 提交 2023-12-08	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；100mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG3350	分辨率 1.78 Å R-free 0.208
8VDH Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAGAAGGAAGTGGG) in Ternary Complex with DB2447 提交 2023-12-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	A1AAQ 4,4'-[pyridine-2,6-diylbis(methyleneoxy)]di(benzene-1-carboximidamide) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；100mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG3350	分辨率 1.64 Å R-free 0.208
8VDI Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAGAGGAAGTGGG) in Ternary Complex with DB2447 提交 2023-12-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）	未记录	A1AAQ 4,4'-[pyridine-2,6-diylbis(methyleneoxy)]di(benzene-1-carboximidamide) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；100mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG3350	分辨率 1.93 Å R-free 0.202
9CK2 Human PU.1 minimal ETS Domain (165-258) bound to d(AATAAGCGGAAGTGGG) 提交 2024-07-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–258（94 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2% PEG 3350, 100 mM Sodium Acetate, pH 4.6	分辨率 1.71 Å R-free 0.184
9CMB Human PU.1 ETS Domain (165-270) bound to d(AATAAAAGGAAGTGGG) 提交 2024-07-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 200 mM zinc acetate and 2% PEG 600	分辨率 2.15 Å R-free 0.246
9CMB Human PU.1 ETS Domain (165-270) bound to d(AATAAAAGGAAGTGGG) 提交 2024-07-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 200 mM zinc acetate and 2% PEG 600	分辨率 2.15 Å R-free 0.246
9OA4 Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(5'-AATAAGCGGAAGTGGG-3') d(5'-TCCCACTTTCGCTTAT-3') with a GT mismatch 提交 2025-04-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2% PEG 3350, 100 mM Sodium Acetate, pH 4.6	分辨率 1.42 Å R-free 0.195
9OB0 Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(5'-AATAAGCGIAAGTGGG-3') d(5'-TCCCACTTTCGCTTAT-3') with an IT mismatch 提交 2025-04-21	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2% PEG 3350, 100 mM Sodium Acetate, pH 4.6	分辨率 1.79 Å R-free 0.211
9YNZ Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(5'-AATAAGCGGAAGTGGG-3') d(5'-TCCCACTCPDCGCTTAT-3') 提交 2025-10-13	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 165–270（106 aa）片段：ETS-Domain UNP residues 165-270	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；2% PEG 3350, 100 mM Sodium Acetate, pH 4.6	分辨率 2.05 Å R-free 0.244

共 34 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–106； UniProt 165–270 作者链 F； PDB构建体 1–106； UniProt 165–270

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ek8
沉积日期 deposition_date	2022-09-20
结构标题 title	Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAAAGGAGAAGGG)
关键词 keywords	transcription factor, protein-DNA complex, ETS family, ETS, PU.1, TRANSCRIPTION-DNA complex; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.69 Å
零角强度 I(0) i0	42329300.00
分子量 molecular_weight	39522.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44615 Å³
包络体积 envelope_volume	60658 Å³
水化壳体积 shell_volume	20537 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.6 Å
壳层 Rg shell_rg	31.56 Å
包络 Rg envelope_rg	26.78 Å
形状 Rg shape_rg	26.64 Å
总 Rg total_rg	27.24 Å
总原子数 total_atoms	4914
残基数 n_residues	240
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.2 Å
Rg (实空间) rg_real	27.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	42330000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7823
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.589
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.266
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2712000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.601; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.385; Smooth: 0.978

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPAPAPAPAPGPGPAPGPAPAPGPGP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	5053.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,A
原子数 atom_count	4952

AATAAAAGGAGAAGGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPCPCPTPTPCPTPCPCPTPTPTPTPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	4436.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,B

CCCTTCTCCTTTTAT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Transcription factor PU.1
分子量 formula_weight	12436.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,E

GSKKKIRLYQFLLDLLRSGDMKDSIWWVDKDKGTFQFSSKHKEALAHRWGIQKGNRKKMTYQKMARALRNYGKTGEVKKVKKKLTYQFSGEVLGRGGLAERRHPPH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.058 Å
晶胞边长 b length_b	61.064 Å
晶胞边长 c length_c	154.255 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.630 Å
最低分辨率 resolution_low	34.810 Å
R 因子 r_factor	0.2410
R_work r_work	0.2367
R_free r_free	0.2797

fit	/app/data/saxs_computation/ek/8ek8/8ek8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ek/8ek8/8ek8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ek/8ek8/8ek8.dat

Human PU.1 ETS-Domain (165-270) Bound to d(AATAAAAGGAGAAGGG)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor PU.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)